基因页：Lig3

概括？
基因 3980
象征 Lig3
同义词 Lig2
描述 连接酶III，DNA，ATP依赖性
参考 MIM：600940|HGNC：HGNC：6600|Ensembl：ENSG00000005156|HPRD：02966|Vega：Otthumg00000128519
基因类型 蛋白质编码
地图位置 17Q11.2-Q12
Pascal P值 0.104
Sherlock P值 0.009
胎儿β 0.423
主持人 尾状基底神经节
小脑半球
小脑
皮质
额叶皮质BA9
海马
下丘脑
伏隔核基底神经节
梭子基底神经节
元
支持 Ascano FMRP目标

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS12945428 17 33307586 Lig3 ENSG00000005156.7 1.82E-6 0 73 gtex_brain_putamen_basal
RS3135967 17 33313729 Lig3 ENSG00000005156.7 2.62E-7 0 6216 gtex_brain_putamen_basal
RS2074518 17 33324382 Lig3 ENSG00000005156.7 3.165e-7 0 16869 gtex_brain_putamen_basal
RS1052536 17 33331575 Lig3 ENSG00000005156.7 3.165e-7 0 24062 gtex_brain_putamen_basal
RS1003918 17 33332177 Lig3 ENSG00000005156.7 5.073E-7 0 24664 gtex_brain_putamen_basal
RS12948362 17 33332629 Lig3 ENSG00000005156.7 3.165e-7 0 25116 gtex_brain_putamen_basal
RS10853174 17 33351917 Lig3 ENSG00000005156.7 3.165e-7 0 44404 gtex_brain_putamen_basal
RS1634802 17 33360374 Lig3 ENSG00000005156.7 2.007E-7 0 52861 gtex_brain_putamen_basal
RS810042 17 33382205 Lig3 ENSG00000005156.7 3.163E-7 0 74692 gtex_brain_putamen_basal
RS2339123 17 33382734 Lig3 ENSG00000005156.7 3.163E-7 0 75221 gtex_brain_putamen_basal
RS2339122 17 33382801 Lig3 ENSG00000005156.7 3.163E-7 0 75288 gtex_brain_putamen_basal
RS1634800 17 33383030 Lig3 ENSG00000005156.7 3.163E-7 0 75517 gtex_brain_putamen_basal
RS1088450 17 33399745 Lig3 ENSG00000005156.7 6.986e-8 0 92232 gtex_brain_putamen_basal
RS797990 17 33412739 Lig3 ENSG00000005156.7 1.463E-7 0 105226 gtex_brain_putamen_basal
RS797989 17 33414758 Lig3 ENSG00000005156.7 1.084E-7 0 107245 gtex_brain_putamen_basal

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
ITGB5 0.72 0.69
APCDD1 0.70 0.66
SLC12A4 0.70 0.61
LMCD1 0.70 0.76
GIMAP1 0.70 0.67
LSR 0.69 0.68
FZD6 0.69 0.61
A2ML1 0.67 0.60
BCAN 0.66 0.62
TMEM51 0.66 0.69
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
GPR22 -0.42 -0.41
C6orf115 -0.40 -0.39
GPR21 -0.40 -0.41
RLBP1L1 -0.40 -0.36
C18orf8 -0.40 -0.38
Nell2 -0.39 -0.38
Neurod6 -0.39 -0.38
提亚姆2 -0.39 -0.39
WASF1 -0.39 -0.34
NFIL3 -0.39 -0.37

V.途径注释

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
kegg基础切除修复 35 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome碱基切除修复 19 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome DNA修复 112 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AP位点通过单核苷酸替换途径的反应组分辨率 12 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UDayakumar Med1靶向 135 82 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林格伦膀胱癌群集3 329 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
血清剥夺的Graessmann凋亡 552 347 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿霉素的Graessmann凋亡 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿霉素DN的Graessmann凋亡 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graessmann对MC和阿霉素DN的反应 770 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gaussmann MLL AF4融合靶向 191 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Landis Erbb2乳腺肿瘤324向上 150 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC网络 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pujana BRCA2 PCC网络 423 265 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kauffmann DNA修复基因 230 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
考夫曼DNA复制基因 147 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEART HDAC增殖集群DN 76 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Li Wilms肿瘤与胎儿肾脏1 DN 163 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAIN NFKB信号 75 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Affar YY1靶向DN 234 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伊万诺娃造血早期祖先 532 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德韦尔老化的肾脏 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chiba对TSA DN的响应 23 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sansom APC MYC目标 217 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez RB1靶向DN 543 317 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez RB1和TP53靶向DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
华莱士前列腺癌 20 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Iwanaga癌变由Kras Pten DN 353 226 该途径中的所有SZGR 2.0基因
麦凯布（McCabe）由HOXC6绑定 469 239 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANASSE BCL2靶向DN 74 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Katsanou Elavl1靶向DN 148 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因