基因页：limk1

概括?
GeneID 3984
Symbol limk1
同义词 limk | limk-1
描述 LIM domain kinase 1
参考 MIM:601329|HGNC：HGNC：6613|Ensembl:ENSG00000106683|HPRD:03210|Vega:OTTHUMG00000023448
Gene type protein-coding
地图位置 7q11.23
Pascal P值 0.021
Sherlock P值 0.432
度p-value DEG：ZHAO_2015：P = 7.12E-06：Q = 0.0257
Fetal beta -0.626

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
CNV:YES 拷贝数变异研究 手动策划
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DEG：Zhao_2015 RNA测序分析 Transcriptome sequencing and genome-wide association analyses reveal lysosomal function and actin cytoskeleton remodeling in schizophrenia and bipolar disorder.
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症Co-occurance关键词:schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 2
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 1.9241

第一节遗传学和表观遗传学注释


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0005515 protein binding IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 12361576|15220930|16837009
GO:0005524 ATP结合 IEA -
GO:0004672 protein kinase activity IEA -
GO:0004674 蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性 塔斯 8537403
去：0004713 protein tyrosine kinase activity IEA -
GO:0016740 transferase activity IEA -
GO:0008270 zinc ion binding IEA -
GO:0046872 金属离子结合 IEA -
GO:0046982 protein heterodimerization activity IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0045773 positive regulation of axon extension IEA Axon（GO术语级别：15） -
去：0007399 神经系统的发展 塔斯 neurite (GO term level: 5) 8689688
GO:0006468 蛋白氨基酸磷酸化 IEA -
GO:0006468 蛋白氨基酸磷酸化 塔斯 8537403
GO:0007266 RHO蛋白信号转导 塔斯 10436159
去：0007165 signal transduction 塔斯 10428028|10436159
去：0030036 actin cytoskeleton organization 塔斯 10428028
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 核 IEA -
GO:0005737 细胞质 塔斯 8537403
去：0005925 focal adhesion IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
BMPR2 BMPR-II |BMPR3 |BMR2 |BRK-3 |FLJ41585 |FLJ76945 |pph1 |讲话 骨形态发生蛋白受体，II型（丝氨酸/苏氨酸激酶） - HPRD，Biogrid 12963706
CDKN1C BWCR | BWS | KIP2 | WBS | p57 cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) - HPRD，Biogrid 14530263
CFL1 CFL cofilin 1 (non-muscle) - HPRD 9655398
CFL1 CFL cofilin 1 (non-muscle) Biochemical Activity BioGRID 10436159|12963706
LATS1 WARTS | wts LATS，大肿瘤抑制剂，同源1（果蝇） LATS1与Limk1相互作用。 BIND 15220930
limk1 肢体 LIM domain kinase 1 - HPRD，Biogrid 8980133
limk2 - LIM domain kinase 2 - HPRD，Biogrid 8980133
NRG1 咏叹调|GGF |GGF2 |HGL |HRG |HRG1 |hrga |ndf |SMDF neuregulin 1 - HPRD，Biogrid 9685409
PAK1 MGC130000 | MGC130001 | PAKalpha p21 protein (Cdc42/Rac)-activated kinase 1 - HPRD，Biogrid 10559936
PAK4 - p21 protein (Cdc42/Rac)-activated kinase 4 PAK4interacts with and phosphorylates LIMK1. BIND 15660133
PAK4 - p21 protein (Cdc42/Rac)-activated kinase 4 - HPRD，Biogrid 11413130
PXN FLJ16691 paxillin - HPRD 15023529
RNF12 MGC15161 | NY-REN-43 | RLIM ring finger protein 12 - HPRD 10431247
ROCK1 MGC131603 |MGC43611 |P160ROCK |Pro0435 Rho-associated, coiled-coil containing protein kinase 1 - HPRD 10436159
SSH1 FLJ38102 | KIAA1298 | SSH-1 slingshot homolog 1 (Drosophila) SSH-1S interacts with LIMK1. BIND 15660133
SSH1 FLJ38102 | KIAA1298 | SSH-1 slingshot homolog 1 (Drosophila) SSH-1L interacts with and dephosphorylates LIMK1. BIND 15660133
SSH2 KIAA1725 | MGC78588 | SSH-2 slingshot homolog 2 (Drosophila) The shorter isoform, SSH-2S, interacts with LIMK1. BIND 15660133
SSH3 FLJ10928 |FLJ20515 |SSH-3 弹弓同源物3（果蝇） SSH-3S interacts with LIMK1. BIND 15660133
ywhaz KCIP-1 | MGC111427 | MGC126532 | MGC138156 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptide - HPRD，Biogrid 12323073


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG AXON GUIDANCE 129 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG FC GAMMA R MEDIATED PHAGOCYTOSIS 97 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG REGULATION OF ACTIN CYTOSKELETON 216 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CCR3 PATHWAY 23 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA RAC1 PATHWAY 23 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA RHO PATHWAY 32 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta mal通路 19 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SIG趋化性 45 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SIG REGULATION OF THE ACTIN CYTOSKELETON BY RHO GTPASES 35 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RHOA PATHWAY 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CDC42 PATHWAY 70 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CXCR4途径 102 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CASPASE PATHWAY 52 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID Rac1途径 54 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome sema3a pak依赖性轴突排斥 15 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SEMA4D IN SEMAPHORIN SIGNALING 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SEMAPHORIN INTERACTIONS 68 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome SemA4D诱导细胞迁移和生长锥塌陷 27 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES NTN1 TARGETS DN 158 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Castellano NRAS靶向DN 14 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM1 229 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP 769 437 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 2 72 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE AGING NEOCORTEX UP 89 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kayo卡路里限制肌肉 95 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HILLION HMGA1 TARGETS 90 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HILLION HMGA1B TARGETS 92 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IWANAGA CARCINOGENESIS BY KRAS DN 120 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bhati G2M被2methoxyestradiol逮捕 125 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
QI PLASMACYTOMA UP 259 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Firestein增殖 175 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHRAETS MLL TARGETS DN 33 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
卡mir302a目标 77 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP A 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ivanovska mir106b目标 90 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINSLEY MIR16 TARGETS 206 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG TNF TARGETS 24 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gobert少突胶质细胞分化 570 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RATTENBACHER BOUND BY CELF1 467 251 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROESSLER LIVER CANCER METASTASIS UP 107 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-128 1057 1063 1A HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
mir-138 801 808 1A,m8 hsa-miR-138脑 AGCUGGUGUUGUGAAUC
mir-143 824 831 1A,m8 hsa-miR-143脑 ugagaugaagcacuguagcuca
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 1076 1082 m8 hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
mir-27 1057 1064 1A,m8 hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
miR-369-3p 932 938 m8 HSA-MIR-369-3P AAUAAUACAUGGUUGAUCUUU