基因页：SHC4
概括？
| 基因 | 399694 |
| 象征 | SHC4 |
| 同义词 | ralp | shcd |
| 描述 | SHC（SRC同源2域包含）家庭成员4 |
| 参考 | HGNC：HGNC：16743|ENSEMBL：ENSG00000185634|HPRD：15289|Vega：Otthumg00000131513 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 15Q21.1-Q21.2 |
| Pascal P值 | 0.493 |
| Sherlock P值 | 0.746 |
| 胎儿β | -0.918 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 1 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中：1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG10581445 | 15 | 49170321 | SHC4 | 3.48e-11 | -0.013 | 3.6e-7 | DMG：JAFFE_2016 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS6924849 | CHR6 | 52567027 | SHC4 | 399694 | 0.13 | 反式 | ||
| RS921442 | Chr11 | 57920868 | SHC4 | 399694 | 0.12 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007242 | 细胞内信号传导级联 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0045211 | 突触后膜 | IEA | 突触，神经递质（GO期限：5） | - |
| GO：0045202 | 突触 | IEA | 神经元，突触，神经递质，神经胶质（GO期限：2） | - |
| 去：0005886 | 质膜 | IEA | - | |
| GO：0030054 | 细胞连接 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| kegg erbb信号通路 | 87 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG趋化因子信号传导途径 | 190 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| kegg焦点粘附 | 201 | 138 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| kegg天然杀伤细胞介导的细胞毒性 | 137 | 92 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG神经营养蛋白信号传导途径 | 126 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG胰岛素信号通路 | 137 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kegg神经胶质瘤 | 65 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG慢性髓细胞性白血病 | 73 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Perez TP63目标 | 355 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Perez TP53和TP63目标 | 205 | 145 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 清肝癌亚类polymomy7 | 79 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Winzen通过KHSRP退化 | 100 | 70 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ERBB2同工型的Pedersen转移1 | 46 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Wang MLL目标 | 289 | 188 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-124/506 | 345 | 351 | M8 | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
| HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| mir-182 | 432 | 439 | 1A，M8 | HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca |
| mir-216 | 387 | 393 | 1a | HSA-MIR-216 | uaaucucagcuggcaacugug |
| mir-218 | 284 | 291 | 1A，M8 | HSA-MIR-218脑 | uugugcuugaucuaaccaugu |
| mir-324-3p | 334 | 340 | M8 | HSA-MIR-324-3P | ccacugccccaggugcugcugg |
| mir-544 | 1025 | 1031 | M8 | HSA-MIR-544 | auucugcauuuuuuagcaagu |
| mir-96 | 433 | 439 | 1a | HSA-MIR-96脑 | uuuggcacuagcacauuuuugc |