Gene Page:LMO2
概括?
| GeneID | 4005 |
| Symbol | LMO2 |
| 同义词 | RBTN2|RBTNL1|RHOM2|TTG2 |
| 描述 | LIM domain only 2 |
| 参考 | MIM：180385|HGNC：HGNC：6642|ENSEMBL：ENSG00000135363|HPRD:01586|Vega:OTTHUMG00000157176 |
| Gene type | protein-coding |
| 地图位置 | 11p13 |
| Pascal P值 | 0.842 |
| Sherlock P值 | 0.453 |
| Fetal beta | -0.647 |
| DMG | 1（＃研究） |
| eGene | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | Info |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DMG:Jaffe_2016 | Genome-wide DNA methylation analysis | This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. | 1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
Differentially methylated gene
Differentially methylated gene| 探测 | Chromosome | Position | Nearest gene | P (dis) | beta（dis） | FDR (dis) | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG14789039 | 11 | 33850961 | LMO2 | 1.81E-9 | -0.015 | 1.56E-6 | DMG:Jaffe_2016 |
eQTL annotation
| SNP ID | Chromosome | Position | eGene | Gene Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS distance | eQTL type |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs16846456 | chr3 | 172757337 | LMO2 | 4005 | 0.04 | trans | ||
| rs12254965 | chr10 | 127297037 | LMO2 | 4005 | 0.17 | trans | ||
| RS10491968 | chr12 | 3689683 | LMO2 | 4005 | 0.05 | trans | ||
| RS17769954 | chr12 | 3699213 | LMO2 | 4005 | 0.09 | trans |
Section II. Transcriptome annotation
General gene expression (GTEx)
Gene expression during devlopment (BrainCloud)
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
大脑区域没有共表达基因
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| Interactors | Aliases B | Official full name B | Experimental | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| DAZAP2 | KIAA0058 |MGC14319 |MGC766 |PRTB | DAZ associated protein 2 | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| EHMT2 | BAT8 | C6orf30 | DKFZp686H08213 | FLJ35547 | G9A | KMT1C | NG36 | NG36/G9a | euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| ELF2 | EU32 |nerf |nerf-1a |nerf-1b |nerf-1a，b |nerf-2 | E74-like factor 2 (ets domain transcription factor) | - | HPRD | 9001422 |
| GATA1 | ERYF1 |GF-1 |GF1 |NFE1 | GATA binding protein 1 (globin transcription factor 1) | - | HPRD，Biogrid | 7568177 |
| GATA2 | MGC2306 | NFE1B | GATA binding protein 2 | Affinity Capture-Western Reconstituted Complex 两个杂交 |
BioGRID | 7568177 |
| GATA3 | HDR |MGC2346 |MGC5199 |MGC5445 | GATA binding protein 3 | - | HPRD，Biogrid | 9819382 |
| ISL1 | Isl-1 | ISL LIM homeobox 1 | - | HPRD，Biogrid | 9452425 |
| jarid1a | KDM5A | RBBP2 | RBP2 | jumonji, AT rich interactive domain 1A | - | HPRD，Biogrid | 9129143 |
| LDB1 | CLIM2 | NLI | LIM domain binding 1 | - | HPRD，Biogrid | 9391090|12727888 |
| LMO2 | RBTN2 | RBTNL1 | RHOM2 | TTG2 | Lim域仅2（菱形素状1） | - | HPRD，Biogrid | 7731680 | 9129143 |
| lyl1 | bHLHa18 | 淋巴细胞白血病衍生序列1 | - | HPRD，Biogrid | 7957052 |
| MAPRE2 | EB1 | EB2 | RP1 | microtubule-associated protein, RP/EB family, member 2 | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| MAPRE3 | EB3 | EBF3 | EBF3-S | RP3 | microtubule-associated protein, RP/EB family, member 3 | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| MLLT4 | AF-6 | AF6 | AFADIN | FLJ34371 | RP3-431P23.3 | myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 4 | - | HPRD，Biogrid | 12067721 |
| NHLH1 | HEN1 | NSCL | NSCL1 | bHLHa35 | nescient helix loop helix 1 | - | HPRD，Biogrid | 12878195 |
| RBBP8 | CTIP | RIM | 视网膜细胞瘤结合蛋白8 | The LIM domain protein LMO2 interacts with the cofactor CtIP. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between mouse LMO2 and humanCtIP proteins | BIND | 11751867 |
| RBBP8 | CTIP | RIM | 视网膜细胞瘤结合蛋白8 | - | HPRD | 11751867 |
| RNF12 | MGC15161 | NY-REN-43 | RLIM | ring finger protein 12 | - | HPRD | 10431247 |
| SP1 | - | Sp1 transcription factor | Reconstituted Complex | BioGRID | 12239153 |
| STAT1 | DKFZp686B04100 | ISGF-3 | STAT91 | signal transducer and activator of transcription 1, 91kDa | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| TAL1 | SCL | TCL5 | bHLHa17 | tal-1 | T-cell acute lymphocytic leukemia 1 | - | HPRD，Biogrid | 7568177|7957052 |
| TAL2 | bHLHa19 | T-cell acute lymphocytic leukemia 2 | - | HPRD，Biogrid | 7957052 |
V.途径注释
| Pathway name | Pathway size | ＃szgr 2.0基因 | Info |
|---|---|---|---|
| WINTER HYPOXIA DN | 52 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL DN | 634 | 384 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SCHUETZ BREAST CANCER DUCTAL INVASIVE UP | 351 | 230 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA DN | 663 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CORRE MULTIPLE MYELOMA UP | 74 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP | 1382 | 904 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GARGALOVIC RESPONSE TO OXIDIZED PHOSPHOLIPIDS GREY DN | 74 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ODONNELL TFRC TARGETS UP | 456 | 228 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MYC和TFRC的Odonnell目标 | 83 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION DN | 329 | 219 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 多德鼻咽癌 | 1821 | 933 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 甲状腺癌DN | 232 | 154 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 2A DN | 141 | 84 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARKEY RB1 CHRONIC LOF DN | 118 | 78 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARKEY RB1 ACUTE LOF UP | 215 | 137 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CONCANNON APOPTOSIS BY EPOXOMICIN UP | 239 | 157 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PEREZ TP63 TARGETS | 355 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN UP | 479 | 299 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GROSS HYPOXIA VIA ELK3 ONLY DN | 44 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NUYTTEN EZH2 TARGETS UP | 1037 | 673 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SHIN B CELL LYMPHOMA CLUSTER 6 | 11 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MORI PLASMA CELL DN | 33 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FERRANDO LYL1 NEIGHBORS | 15 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| hemin的addya红斑分化 | 73 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 公园HSC和多能祖先 | 50 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PETROVA ENDOTHELIUM LYMPHATIC VS BLOOD UP | 131 | 87 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CUI TCF21 TARGETS 2 DN | 830 | 547 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BROWNE INTERFERON RESPONSIVE GENES | 68 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 布朗感染4血巨细胞病毒8HR UP | 180 | 125 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WESTON VEGFA TARGETS | 108 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WANG CISPLATIN RESPONSE AND XPC UP | 202 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bacolod抗烷基化剂的抗性 | 26 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WESTON VEGFA TARGETS 3HR | 74 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| kyng DNA损坏紫外线 | 62 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KYNG DNA DAMAGE UP | 226 | 164 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RIZKI TUMOR INVASIVENESS 3D DN | 270 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| riggi ewing肉瘤祖先 | 430 | 288 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿塞维多肝癌 | 973 | 570 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP | 863 | 514 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACEVEDO LIVER CANCER WITH H3K27ME3 UP | 295 | 149 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRADE COLON CANCER UP | 871 | 505 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BOQUEST STEM CELL DN | 216 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LIN NPAS4靶向DN | 68 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP | 323 | 240 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WU SILENCED BY METHYLATION IN BLADDER CANCER | 55 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Rutella对CSF2RB和IL4 DN的响应 | 315 | 201 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RUTELLA RESPONSE TO HGF DN | 235 | 144 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 UP | 408 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SWEET LUNG CANCER KRAS DN | 435 | 289 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 陈代谢综合征网络 | 1210 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 具有H3K4ME3和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 142 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WONG ADULT TISSUE STEM MODULE | 721 | 492 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NIELSEN GIST | 98 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTENS BOUND BY PML RARA FUSION | 456 | 287 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Verhaak胶质母细胞瘤经典 | 162 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WANG RESPONSE TO GSK3 INHIBITOR SB216763 DN | 374 | 217 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACOSTA PROLIFERATION INDEPENDENT MYC TARGETS DN | 116 | 74 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PILON KLF1 TARGETS DN | 1972年 | 1213 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LEE BMP2 TARGETS UP | 745 | 475 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WINZEN DEGRADED VIA KHSRP | 100 | 70 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HUANG GATA2 TARGETS DN | 72 | 52 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |