基因页：LMX1B
概括？
| 基因 | 4010 |
| 象征 | LMX1B |
| 同义词 | LMX1.2 | NPS1 |
| 描述 | Lim Homeobox转录因子1 Beta |
| 参考 | MIM：602575|HGNC：HGNC：6654|ENSEMBL：ENSG00000136944|HPRD：03986|Vega：Otthumg00000020692 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 9q33.3 |
| Pascal P值 | 0.063 |
| 胎儿β | -0.729 |
| DMG | 2（＃研究） |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 2 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 2 |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：3 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG02609692 | 9 | 129389125 | LMX1B | 1.025E-4 | -0.406 | 0.028 | DMG：Wockner_2014 |
| CG14642696 | 9 | 129386671 | LMX1B | 3.11e-11 | -0.021 | 3.6e-7 | DMG：JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| EP400 | 0.89 | 0.89 |
| Zzef1 | 0.88 | 0.87 |
| SRCAP | 0.88 | 0.87 |
| WDR81 | 0.88 | 0.88 |
| KIAA0467 | 0.88 | 0.88 |
| EP300 | 0.88 | 0.88 |
| UBR4 | 0.88 | 0.85 |
| HERC2 | 0.87 | 0.86 |
| ZFYVE26 | 0.87 | 0.87 |
| Huwe1 | 0.87 | 0.86 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| C1orf54 | -0.64 | -0.73 |
| GNG11 | -0.61 | -0.69 |
| AF347015.21 | -0.61 | -0.71 |
| ACOT13 | -0.60 | -0.59 |
| C5orf53 | -0.60 | -0.60 |
| GMFG | -0.60 | -0.67 |
| VAMP5 | -0.59 | -0.61 |
| SCRG1 | -0.59 | -0.62 |
| AF347015.31 | -0.59 | -0.63 |
| UQCRB | -0.59 | -0.61 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003700 | 转录因子活性 | 艾达 | 10767331 | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 12792813 | |
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO：0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
| GO：0043565 | 序列特异性DNA结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0001764 | 神经元迁移 | IEA | 神经元（GO期限：8） | - |
| GO：0030182 | 神经元分化 | ISS | 神经元（GO期限：8） | - |
| GO：0021954 | 中枢神经系统神经元发展 | IEA | 神经元（GO期限：10） | - |
| 去：0001701 | 在子宫胚胎开发中 | nas | 12792813 | |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | 艾达 | 10767331 | |
| 去：0009953 | 背/腹图形成 | ISS | - | |
| 去：0007275 | 多细胞生物发育 | nas | 9590287|9618165|9837817 |
|
| 去：0030199 | 胶原纤维组织 | IEA | - | |
| 去：0043010 | 相机型眼睛开发 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | 艾达 | 10767331 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CUI TCF21目标2 DN | 830 | 547 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bandres对Carmustin Mgmt 48hr DN的响应 | 161 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K27Me3 | 269 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner NPC HCP带有H3K4ME2 | 491 | 319 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen MCV6 HCP带有H3K27ME3 | 435 | 318 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 由MYC约束 | 1103 | 714 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 马顿人维甲酸的反应 | 857 | 456 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |