Gene Page:ARNTL
Summary?
基因 | 406 |
象征 | ARNTL |
Synonyms | bmal1 | bmal1c | jap3 | mop3 | pasd3 | tic | bhlhe55 |
Description | 芳基烃受体nuclear translocator like |
Reference | MIM:602550|HGNC:HGNC:701|ENSEMBL:ENSG00000133794|HPRD:03973|Vega:Otthumg00000150623 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
Map location | 11p15 |
Pascal p-value | 0.016 |
Sherlock p-value | 0.475 |
胎儿β | -1.755 |
主持人 | 元 |
Gene in Data Sources
基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
---|---|---|---|
简历:Gwascat | 全基因组艾莎ciation Studies | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
CV:GWASdb | 全基因组艾莎ciation Studies | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
CV:PGCnp | 全基因组艾莎ciation Study | GWAS | |
PMID:cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![Not available](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/ARNTL_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
STK25 | 0.88 | 0.83 |
PSMB2 | 0.85 | 0.82 |
DDX41 | 0.85 | 0.80 |
TCF25 | 0.85 | 0.78 |
RXRB | 0.85 | 0.82 |
MARS | 0.84 | 0.80 |
AGAP3 | 0.84 | 0.77 |
GDI1 | 0.84 | 0.81 |
CACNB3 | 0.84 | 0.79 |
波尔萨 | 0.83 | 0.75 |
Top 10 negatively co-expressed genes | ||
Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
MT-CO2 | -0.76 | -0.67 |
AF347015.26 | -0.75 | -0.69 |
mt-cyb | -0.72 | -0.66 |
AF347015.31 | -0.72 | -0.67 |
AF347015.33 | -0.72 | -0.65 |
AF347015.2 | -0.72 | -0.64 |
AF347015.8 | -0.72 | -0.66 |
鼻孔 | -0.70 | -0.67 |
AF347015.21 | -0.69 | -0.67 |
AF347015.18 | -0.69 | -0.68 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
GO:0004871 | 信号传感器活性 | IEA | - | |
GO:0003700 | transcription factor activity | IEA | - | |
GO:0017162 | 芳基烃受体结合 | IPI | 9079689 | |
GO:0051879 | HSP90蛋白结合 | 艾达 | 9079689 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
GO:0007165 | 信号转导 | IEA | - | |
去:0007623 | circadian rhythm | TAS | 9616112 | |
GO:0045944 | RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 | IGI | 9576906 | |
Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | nucleus | IEA | - | |
去:0005667 | 转录因子复合物 | IPI | 9576906 |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
---|---|---|---|---|---|
啊 | - | 芳基烃受体 | - | HPRD,BioGRID | 9079689 |
BHLHB2 | dec1 |Sharp-2 |Stra13 |Stra14 |Bhlhe40 | basic helix-loop-helix domain containing, class B, 2 | - | HPRD | 12397359 |
钟 | kat13d |KIAA0334 |bhlhe8 | clock homolog (mouse) | Two-hybrid | Biogrid | 11439184|14701734 |
钟 | kat13d |KIAA0334 |bhlhe8 | clock homolog (mouse) | - | HPRD | 9989497 |
CRY1 | PHLL1 | cryptochrome 1 (photolyase-like) | - | HPRD,BioGRID | 10531061 |
CSNK1E | HCKIE | MGC10398 | 酪蛋白激酶1,Epsilon | - | HPRD,BioGRID | 11875063 |
EP300 | kat3b |P300 | E1A binding protein p300 | 重构的复合物 | Biogrid | 14645221 |
EPAS1 | ecyt4 |hif2a |HLF |mop2 |PASD2 | endothelial PAS domain protein 1 | - | HPRD,BioGRID | 9576906 |
hif1a | HIF-1Alpha |HIF1 |hif1-alpha |mop1 |PASD8 | 低氧诱导因子1,α亚基(基本螺旋 - 环螺旋转录因子) | - | HPRD,BioGRID | 9576906 |
HSP90AA1 | FLJ31884 |HSP86 |HSP89A |HSP90A |HSP90N |HSPC1 |HSPCA |HSPCAL1 |HSPCAL4 |HSPN | Hsp89 | Hsp90 | LAP2 | heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class A member 1 | - | HPRD,BioGRID | 9079689 |
kat2b | CAF | P | P/CAF | PCAF | K(赖氨酸)乙酰转移酶2B | 重构的复合物 | Biogrid | 14645221 |
NPAS2 | FLJ23138 |MGC71151 |mop4 |pasd4 |Bhlhe9 | 神经元PAS结构蛋白2 | 体外 in vivo Two-hybrid |
Biogrid | 9576906|11439184 |
NPAS4 | le-pas |nxf |PASD10 | 神经元PAS结构蛋白4 | - | HPRD,BioGRID | 14701734 |
拉拉 | NR1B1 | RAR | retinoic acid receptor, alpha | 重构的复合物 | Biogrid | 11439184 |
RXRA | FLJ00280 | FLJ00318 | FLJ16020 | FLJ16733 | MGC102720 | NR2B1 | 类维生素X受体,α | 重构的复合物 | Biogrid | 11439184 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-141/200a | 193 | 199 | M8 | HSA-MIR-141 | uaacacugucugugugugugaugg |
hsa-miR-200a | UAACACUGUCUGGUAACGAUGU | ||||
miR-142-3p | 352 | 359 | 1A,M8 | HSA-MIR-142-3P | UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA |
miR-153 | 317 | 323 | 1a | HSA-MIR-153 | UUGCAUAGUCACAAAAGUGA |
miR-155 | 238 | 244 | 1a | HSA-MIR-155 | uuaaugcuaaucgugauagggg |
mir-203.1 | 329 | 335 | 1a | hsa-miR-203 | ugaaauguuuaggaccacuag |
miR-27 | 65 | 71 | 1a | HSA-MIR-27Abrain | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27Bbrain | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
miR-381 | 245 | 251 | 1a | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |
mir-448 | 316 | 323 | 1A,M8 | hsa-miR-448 | UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU |
miR-494 | 490 | 496 | M8 | HSA-MIR-494brain | ugaaacauacgggaaaccucuu |
mir-505 | 267 | 274 | 1A,M8 | hsa-miR-505 | gucaacuugcugguuccuc |