基因页：LY75
Summary？
| 基因 | 4065 |
| 象征 | LY75 |
| 同义词 | CD205 | CLEC13B | DEC-205 | GP200-MR6 | LY-75 |
| 描述 | 淋巴细胞抗原75 |
| Reference | MIM：604524|HGNC:HGNC:6729|Ensembl:ENSG00000054219|ENSEMBL：ENSG00000248672|HPRD:05161|Vega：Otthumg00000132025Vega：Otthumg00000161661 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 2Q24 |
| Pascal P值 | 0.003 |
| 胎儿β | -1.36 |
| DMG | 1(# studies) |
| 主持人 | Frontal Cortex BA9 伏隔核基底神经节 硬膜基底神经节 |
基因in Data Sources
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析（所有样品） | PSR：0.02395 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | β(dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG10107725 | 2 | 160761556 | LY75 | 1.559E-4 | -0.294 | 0.032 | DMG：Wockner_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS6711770 | 2 | 160692761 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 2.221E-6 | 0.01 | 67355 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS61010155 | 2 | 160699166 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 1.535E-6 | 0.01 | 60950 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS2162500 | 2 | 160708645 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 3.823e-7 | 0.01 | 51471 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs66814375 | 2 | 160716059 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 3.789E-7 | 0.01 | 44057 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS9636280 | 2 | 160717852 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 3.871E-7 | 0.01 | 42264 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS7564243 | 2 | 160726868 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 3.588e-7 | 0.01 | 33248 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS67017730 | 2 | 160732793 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 4.645e-7 | 0.01 | 27323 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS72957552 | 2 | 160734382 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 4.713E-7 | 0.01 | 25734 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS66496937 | 2 | 160738509 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 4.744e-7 | 0.01 | 21607 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3792198 | 2 | 160760338 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 3.63E-6 | 0.01 | -222 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS3806603 | 2 | 160761808 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 3.598E-6 | 0.01 | -1692 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS72957586 | 2 | 160762687 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 4.282E-6 | 0.01 | -2571 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS57771571 | 2 | 160767804 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 3.598E-6 | 0.01 | -7688 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS4664304 | 2 | 160794008 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 2.063E-6 | 0.01 | -33892 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs62175471 | 2 | 160861886 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 4.74E-6 | 0.01 | -101770 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS3792175 | 2 | 160862804 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 3.654e-6 | 0.01 | -102688 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS17830558 | 2 | 160878364 | LY75 | ENSG0000000054219.9 | 2.257E-6 | 0.01 | -118248 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| tead1 | 0.88 | 0.84 |
| PKN2 | 0.85 | 0.85 |
| ARHGAP19 | 0.84 | 0.83 |
| Narg2 | 0.84 | 0.79 |
| NHLRC2 | 0.84 | 0.88 |
| mobkl1b | 0.83 | 0.78 |
| TMX1 | 0.83 | 0.74 |
| Haus6 | 0.83 | 0.80 |
| ITGB8 | 0.83 | 0.80 |
| ITGB1 | 0.83 | 0.76 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| CXCL14 | -0.46 | -0.58 |
| FXYD1 | -0.46 | -0.56 |
| MT-CO2 | -0.44 | -0.54 |
| AC018755.7 | -0.44 | -0.53 |
| ifi27 | -0.43 | -0.56 |
| myl3 | -0.43 | -0.52 |
| AF347015.21 | -0.42 | -0.54 |
| AC098691.2 | -0.41 | -0.54 |
| CSAG1 | -0.41 | -0.51 |
| C16orf14 | -0.40 | -0.57 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0004872 | 受体活性 | TAS | 9553150 | |
| 去：0005529 | 糖结合 | IEA | - | |
| 去：0005488 | 捆绑 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0006955 | 免疫反应 | TAS | 9553150 | |
| 去：0006954 | 炎症反应 | TAS | 9553150 | |
| 去：0006897 | 内吞作用 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0016020 | membrane | IEA | - | |
| 去：0009897 | external side of plasma membrane | IEA | - | |
| 去：0005887 | integral to plasma membrane | TAS | 9553150 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-33 | 399 | 405 | 1a | HSA-MIR-33 | Gugcauuguuguugcauug |
| HSA-MIR-33b | Gugcauugcuguugcauugca | ||||