基因页：Smad1

概括?
基因 4086
象征 Smad1
同义词 BSP-1 | BSP1 | JV4-1 | JV41 | MADH1 | MADR1
描述 SMAD家人ily member 1
参考 MIM:601595|HGNC：HGNC：6767|HPRD：03356|
基因type protein-coding
地图位置 4Q31
Pascal P值 0.039
Sherlock P值 0.902
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
元

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
go_annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关关键字的命中：2

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS11100879 chr4 146360411 Smad1 4086 0.01 cis
RS11100883 chr4 146450969 Smad1 4086 1.967E-4 cis
RS2036138 chr4 146484861 Smad1 4086 2.383E-9 cis
RS11100883 chr4 146450969 Smad1 4086 0.02 trans
RS2036138 chr4 146484861 Smad1 4086 5.76E-7 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
SLC25A18 0.50 0.59
P2RY14 0.50 0.56
AC011427.1 0.50 0.57
格鲁 0.49 0.58
NDRG2 0.48 0.58
aldoc 0.48 0.56
ADHFE1 0.48 0.54
GPER 0.48 0.58
SNTA1 0.48 0.57
CLDN10 0.48 0.58
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
SAAL1 -0.46 -0.57
CNOT10 -0.46 -0.54
Tra2a -0.46 -0.51
PGBD1 -0.46 -0.51
USPL1 -0.46 -0.54
ZNF589 -0.46 -0.50
rae1 -0.46 -0.51
ZNF329 -0.46 -0.49
ZNF182 -0.46 -0.50
ZNF509 -0.45 -0.50

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005057 receptor signaling protein activity NAS 8653785|10708949
去：0003700 转录因子活性 IEA -
去：0003702 RNA polymerase II transcription factor activity IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 15781469
GO:0016563 转录激活剂活性 NAS -
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0030902 hindbrain development IEA 大脑（GO期限：8） -
去：0030901 midbrain development IEA 大脑（GO期限：8） -
GO:0000165 MAPKKK级联 IEA -
去：0006355 regulation of transcription, DNA-dependent IEA -
去：0006350 transcription IEA -
去：0007165 signal transduction NAS 9759503
去：0007179 转化生长因子β受体信号通路 NAS 8663601
去：0008285 细胞增殖的阴性调节 IEA -
GO:0009880 embryonic pattern specification ISS -
去：0007276 配子一代 IEA -
GO：0042592 homeostatic process IEA -
GO:0030509 BMP signaling pathway 经验 15621726
GO:0030509 BMP signaling pathway ISS -
GO:0045944 positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005829 cytosol 经验 9436979|17356069
GO:0005622 intracellular IEA -
GO:0005622 intracellular NAS 10647776
GO:0005634 核 NAS 9759503
GO:0005654 核质 经验 11121043
GO:0005667 transcription factor complex IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO：0016021 integral to membrane NAS 8663601

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
ACVR1 Actri |ACVR1A |ACVRLK2 |ALK2 |fop |Skr1 |TSRI 激活素A受体，I型 - HPRD 9748228|10583507
|10652350
ACVR1 Actri |ACVR1A |ACVRLK2 |ALK2 |fop |Skr1 |TSRI 激活素A受体，I型 Affinity Capture-Western BioGRID 9748228|10652350
BMP7 OP-1 骨形态发生蛋白7 Phenotypic Suppression BioGRID 11438941
BMPR1A 10q23del | ACVRLK3 | ALK3 | CD292 骨形态发生蛋白受体，IA型 - HPRD 11438941
CREBBP CBP |kat3a |RST CREB binding protein Affinity Capture-Western BioGRID 10673036|11239394
DVL1 DVL |MGC54245 dishevelled, dsh homolog 1 (Drosophila) Reconstituted Complex BioGRID 12650946
ECSIT sitpec ECSIT homolog (Drosophila) - HPRD 14633973
EP300 kat3b |P300 E1a结合蛋白p300 - HPRD，Biogrid 10673036
ERBB2IP Erbin |LAP2 erbb2 interacting protein - HPRD，Biogrid 12650946
FOXG1 BF1 |BF2 |FHKL3 |FKH2 |fkhl1 |fkhl2 |fkhl3 |fkhl4 |foxg1a |foxg1b | FOXG1C | HBF-1 | HBF-2 | HBF-3 | HBF-G2 | HBF2 | HFK1 | HFK2 | HFK3 | KHL2 | QIN 叉子盒G1 - HPRD，Biogrid 11387330
GDF6 BMP13 | CDMP2 | KFS | KFSL | MGC158100 | MGC158101 | SGM1 生长分化因子6 - HPRD 15246821
GLI3 ACLS |GCPS |pap-a |爸爸|papa1 |爸爸|PHS |ppdiv GLI-Kruppel family member GLI3 - HPRD 9843199
HIPK2 DKFZp686K02111 | FLJ23711 | PRO0593 homeodomain interacting protein kinase 2 - HPRD，Biogrid 12874272
HOXC8 HOX3 | HOX3A homeobox C8 - HPRD，Biogrid 10224145|11139569
lef1 DKFZP586H0919 |tcf1alpha 淋巴增强剂结合因子1 - HPRD，Biogrid 10890911
LEMD3 男人1 LEM domain containing 3 LEMD3与SMAD1相互作用。这种相互作用是在人LEMD3和小鼠SMAD1之间的相互作用上建模的。 BIND 15489854
nedd9 CAS-L | CAS2 | CASL | CASS2 | HEF1 | dJ49G10.2 | dJ761I2.1 neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated 9 - HPRD，Biogrid 11118211
Neurog1 又名|MATH4C |Neurod3 |bhlha6 |NGN1 neurogenin 1 - HPRD，Biogrid 11239394
OAZ3 AZ3 |oaz-t |TISP15 鸟氨酸脱羧酶抗酶3 两个杂交 BioGRID 11438941
PARD3B ALS2CR19 | MGC16131 | PAR3B | PAR3L | PAR3LC | PAR3beta | Par3Lb PAR-3分区有缺陷的3个同源物B（秀丽隐杆线虫） Reconstituted Complex BioGRID 12650946
PSMB4 HN3 | HsN3 | PROS26 proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 4 - HPRD，Biogrid 12097147
跑 ARA24 |GSP1 |TC4 跑, member RAS oncogene family SMAD1与RAN相互作用。这种相互作用是在人类SMAD1和小鼠RAN之间的相互作用上建模的。 BIND 15761153
RPS27A CEP80 | HUBCEP80 | UBA80 | UBCEP1 | UBCEP80 核糖体蛋白S27a 两个杂交 BioGRID 11438941
runx1 AML1 | AML1-EVI-1 | AMLCR1 | CBFA2 | EVI-1 | PEBP2aB 与Runt相关的转录因子1 Affinity Capture-Western BioGRID 10531362
runx2 AML3 | CBFA1 | CCD | CCD1 | MGC120022 | MGC120023 | OSF2 | PEA2aA | PEBP2A1 | PEBP2A2 | PEBP2aA | PEBP2aA1 与Runt相关的转录因子2 Affinity Capture-Western BioGRID 10531362|10962029
runx3 AML2 |CBFA3 |FLJ34510 |MGC16070 |PEBP2AC 与Runt相关的转录因子3 Affinity Capture-Western BioGRID 10531362
SKI SKV v-ski sarcoma viral oncogene homolog (avian) Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex		 BioGRID 12874272
SKIL sno |snoa |SNON 滑雪型癌基因 Smad1 interacts with SnoN. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between SnoN from an unspecified source and human Smad1. BIND 12426322
Smad4 DPC4 |jip |madh4 SMAD家庭成员4 - HPRD 10400705|11700304
Smad4 DPC4 |jip |madh4 SMAD家庭成员4 Affinity Capture-Western
Co-fractionation		 BioGRID 10531362|11700304
|12874272
Smad4 DPC4 |jip |madh4 SMAD家庭成员4 Smad4 interacts with Smad1. BIND 15761153
Smad6 HST17432 |madh6 |madh7 SMAD家人ily member 6 - HPRD 11483516
Smurf2 DKFZP686F0270 |MGC138150 SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2 Smad1interacts with SMURF2. BIND 15761153
Smurf2 DKFZP686F0270 |MGC138150 SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2 - HPRD，Biogrid 11016919
SNIP1 FLJ12553 |RP3-423B22.3 |DJ423B22.2 Smad nuclear interacting protein 1 - HPRD，Biogrid 10887155
SNX6 MGC3157 | MSTP010 | TFAF2 sorting nexin 6 - HPRD 11279102
STAT3 APRF |FLJ20882 |hies |MGC16063 signal transducer and activator of transcription 3 (acute-phase response factor) Affinity Capture-Western BioGRID 10205054
Stub1 芯片|hspabp2 |NY-CO-7 |sdccag7 |Ubox1 STIP1 homology and U-box containing protein 1 Smad1 interacts with CHIP. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between Smad1 and CHIP, both from an unspecified species. BIND 15708501
TGIF1 HPE4 |MGC39747 |MGC5066 |TGIF TGFB诱导的因子同源物ox 1 Affinity Capture-Western BioGRID 10199400
tob1 APRO6 | MGC104792 | MGC34446 | PIG49 | TOB | TROB | TROB1 ERBB2的传感器，1 - HPRD，Biogrid 11163184
UBA52 CEP52 |Hubcep52 |MGC126879 |MGC126881 |MGC57125 |RPL40 泛素A-52残基核糖体蛋白融合产物1 两个杂交 BioGRID 11438941
XPO1 CRM1 | DKFZp686B1823 Exportin 1（CRM1同源物，酵母） - HPRD 12519765
ZEB1 areb6 |BZP |delta-ef1 |MGC133261 |nil-2-a |nil-2a |nil2a |TCF8 |Zeb |ZFHEP | ZFHX1A zinc finger E-box binding homeobox 1 Affinity Capture-Western BioGRID 12743038
ZEB2 KIAA0569 | SIP-1 | SIP1 | SMADIP1 | ZFHX1B zinc finger E-box binding homeobox 2 - HPRD 10400677
ZNF423 EBFAZ |KIAA0760 |MGC138520 |MGC138522 |OAZ |Roaz |ZFP423 |ZFP104 锌指蛋白423 - HPRD，Biogrid 10660046
ZNF521 DKFZP564D0764 |EHZF |EVI3 |MGC142182 |MGC142208 zinc finger protein 521 - HPRD 14630787
Znf8 HF.18 |ZFP128 zinc finger protein 8 - HPRD 12370310


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
kegg tgf beta信号通路 86 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta ALK途径 37 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CTCF PATHWAY 23 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ERBB1下游途径 105 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID BMP PATHWAY 42 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ALK1 PATHWAY 26 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ALK2途径 11 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BMP的Reactome信号传导 23 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX FOXO1融合的Davicioni目标 255 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE FIMA DN 284 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL UP 316 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌变性DN 537 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOKKINAKIS METHIONINE DEPRIVATION 48HR UP 128 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kokkinakis甲硫氨酸剥夺96小时 117 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZ ERYTHROID DIFFERENTIATION 12HR 43 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TURJANSKI MAPK1 AND MAPK2 TARGETS 12 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
悍马皮肤癌进展 88 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应DN 712 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
gotzmann上皮到间充质过渡 69 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI PLASMA CELL DN 33 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
史密斯·泰特（Smith Tert） 145 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tarte浆细胞与Plasmablast向上 398 262 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERRANDO T ALL WITH MLL ENL FUSION UP 87 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HADDAD B LYMPHOCYTE PROGENITOR 293 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Iglesias E2F目标 151 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ramalho Stemness 206 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCLUNG DELTA FOSB TARGETS 2WK 48 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEIGEL OXIDATIVE STRESS BY HNE AND TBH 60 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张抗病毒对利巴韦林DN的反应 51 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL AND PROGENITOR 681 420 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染6小时DN 160 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
monnier tradiatiation肿瘤逃脱 393 244 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS UP 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IZADPANAH STEM CELL ADIPOSE VS BONE DN 108 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Matzuk胚胎生殖细胞 19 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boquest干细胞DN 216 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C D DN 252 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GU PDEF目标 71 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura MAPK8目标DN 366 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoshida肝癌晚期复发DN 69 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与11q23重新排列 351 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boylan多发性骨髓瘤PCA3 80 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA LB DN 44 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KANG AR目标DN 19 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee BMP2目标 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smad2或Smad3的Koinuma目标 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDRIOLI MIR31 TARGETS DN 418 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-182 1008 1015 1a,m8 hsa-miR-182 uuuggcaaugguagaacucaca
miR-205 50 56 1a HSA-MIR-205 uccuucauucccggagucug
mir-26 46 53 1a,m8 hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
miR-30-5p 206 212 1a HSA-MIR-30A-5P uguaaaacauccuccugagaag
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
HSA-MIR-30A-5P uguaaaacauccuccugagaag
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
mir-370 255 261 1a hsa-miR-370脑 gccugggggguggaaccugg
mir-96 1009 1015 1a HSA-MIR-96脑 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC