基因页：Smad5

Summary？
GeneID 4090
Symbol Smad5
同义词 DWFC | JV5-1 | MADH5
描述 SMAD家庭成员5
参考 MIM：603110|HGNC：HGNC：6771|Ensembl：ENSG00000113658|HPRD：04381|Vega：Otthumg00000163212
基因类型 蛋白质编码
地图位置 5Q31
Pascal P值 0.549
Sherlock P值 0.658
胎儿β 0.933
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

Gene in Data Sources
基因集名称 基因组方法 描述 信息
CV:GWASdb 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.0032
Literature 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 eQTL type
RS4366501 Chr11 133380324 Smad5 4090 0.14 反式
RS7308874 CHR12 42027869 Smad5 4090 0.05 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域没有共表达基因


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005057 受体信号蛋白活性 nas 8673135
去：0003700 转录factor activity IEA -
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
GO：0016563 转录激活剂活性 nas 10708949
Biological process 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0006355 调节转录，DNA依赖性的调节 IEA -
GO:0006350 转录 IEA -
去：0007165 signal transduction nas 9759503
去：0007179 反式forming growth factor beta receptor signaling pathway nas 10708948
GO:0009880 胚胎模式规范 ISS -
去：0030509 BMP信号通路 EXP 15621726
去：0030509 BMP信号通路 ISS -
GO:0030218 erythrocyte differentiation IEA -
GO：0045944 RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 IEA -
GO：0060048 心肌收缩 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005829 细胞质 EXP 9436979|17356069
去：0005622 细胞内 nas 9759503
去：0005634 核 nas 9759503
去：0005654 nucleoplasm EXP 11121043
去：0005667 转录因子复合物 IEA -
去：0005737 cytoplasm IEA -
GO:0016021 膜不可或缺 nas 10708949

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
kegg tgf beta信号通路 86 64 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta ALK途径 37 29 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta CTCF途径 23 18 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID BMP途径 42 31 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID ALK1途径 26 21 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID ALK2途径 11 9 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BMP的Reactome信号传导 23 15 All SZGR 2.0 genes in this pathway
turashvili乳房正常导管与小叶 68 40 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BORCZUK MALIGNANT MESOTHELIOMA UP 305 185 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Horiuchi WTAP目标DN 310 188 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Wang LMO4靶向 372 227 All SZGR 2.0 genes in this pathway
奥斯曼膀胱癌 404 246 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GINESTIER BREAST CANCER 20Q13 AMPLIFICATION UP 119 66 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SENESE HDAC3 TARGETS UP 501 327 All SZGR 2.0 genes in this pathway
kokkinakis甲硫氨酸剥夺48小时DN 64 39 All SZGR 2.0 genes in this pathway
kokkinakis甲硫氨酸剥夺96小时 117 84 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PEREZ TP53 TARGETS 1174 695 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 48HR DN 428 306 All SZGR 2.0 genes in this pathway
城堡内成神经管细胞瘤DESMOPLASIC VS经典 62 38 All SZGR 2.0 genes in this pathway
弗莱赫纳活检肾脏移植被拒绝vs ok dn 546 351 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Flechner活检肾脏移植OK vs捐助者 555 346 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MA髓样差异化 39 29 All SZGR 2.0 genes in this pathway
葡萄病毒感染的Debiasi凋亡 314 201 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Dazard对UV NHEK DN的反应 318 220 All SZGR 2.0 genes in this pathway
伊万诺娃造血细胞和祖细胞 681 420 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染6小时DN 160 101 All SZGR 2.0 genes in this pathway
马丁内斯RB1靶向 673 430 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Martinez TP53靶向 602 364 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Martinez RB1和TP53靶向 601 369 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Matzuk胚胎生殖细胞 19 16 All SZGR 2.0 genes in this pathway
马洛尼对17AAG DN的回应 79 45 All SZGR 2.0 genes in this pathway
YAMASHITA LIVER CANCER STEM CELL UP 47 38 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BAE BRCA1靶向DN 32 27 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染1小时DN 222 147 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chicas RB1靶向衰老 572 352 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Smad1和Smad5抑制Pangas肿瘤 134 85 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Johnstone Parvb目标3 DN 918 550 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PEDRIOLI MIR31 TARGETS UP 221 120 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Smirnov对IR 6小时的回应 166 97 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

miRNA family 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-124/506 1895年 1901年 M8 HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-130/301 846 852 M8 HSA-MIR-130A脑 cagugcaauguaaaaggggau
HSA-MIR-301 cagugcaauaugucaaagc
HSA-MIR-130b脑 CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU
HSA-MIR-454-3P uagugcaauauugcuuauaggguuu
miR-135 5180 5187 1A，M8 HSA-MIR-135A Uauggcuuuuuuuuccuauga
HSA-MIR-135B UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUG
miR-15/16/195/424/497 788 794 M8 HSA-MIR-15A脑 uagcagcacauaugguugug
HSA-MIR-16脑 UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG
HSA-MIR-15B脑 uagcagcacaucaugguuaca
HSA-MIR-195SZ uagcagaaaaauauuggc
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
HSA-MIR-497 cagcagcacacuguguuugu
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 848 854 M8 HSA-MIR-17-5P CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ caaagugcuugugcagguag
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
mir-19 845 851 M8 HSA-MIR-19A ugugcaaauaugauaugaaaacuga
HSA-MIR-19B UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA
mir-224 632 638 M8 hsa-miR-224 caagucacuaguguguccuuua
mir-544 1 7 M8 HSA-MIR-544 auucugcauuuuuuagcaagu