基因页:MICB
Summary?
基因ID | 4277 |
Symbol | MICB |
同义词 | PERB11.2 |
描述 | MHC I类多肽相关序列B |
参考 | MIM:602436|HGNC:HGNC:7091|Ensembl:ENSG00000204516|HPRD:03894| imgt/gene-db:micb |Vega:Otthumg00000031074 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 6p21.3 |
Pascal P值 | 1.811E-10 |
胎儿β | -0.423 |
DMG | 2(#研究) |
主持人 | 小脑半球 小脑 皮质 迈尔斯的顺式和跨性别 元 |
基因in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
CV:GWASdb | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 2 |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 2 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
协会 | 组合的优势比方法(Sun等。2008), association studies | 2 | 链接到Szgene |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.033 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG02833532 | 6 | 31465582 | MICB | 3.838E-4 | -0.647 | 0.043 | DMG:Wockner_2014 |
CG08971831 | 6 | 31462064 | MICB | 3.02E-8 | -0.008 | 9.25e-6 | DMG:JAFFE_2016 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS16899788 | CHR6 | 167431325 | MICB | 4277 | 0.2 | 反式 | ||
RS2282859 | CHR6 | 167445138 | MICB | 4277 | 0.2 | 反式 | ||
RS16899821 | CHR6 | 167451006 | MICB | 4277 | 0.2 | 反式 | ||
RS16899825 | CHR6 | 167451525 | MICB | 4277 | 0.2 | 反式 | ||
RS606565 | CHR8 | 90615792 | MICB | 4277 | 0.07 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/MICB_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
Rab11fip3 | 0.89 | 0.89 |
SAMD4B | 0.87 | 0.88 |
TBC1D9B | 0.85 | 0.86 |
dennd4b | 0.84 | 0.84 |
FBXL18 | 0.84 | 0.86 |
FURIN | 0.83 | 0.85 |
AC115090.1 | 0.83 | 0.84 |
spata2 | 0.83 | 0.84 |
TTBK1 | 0.82 | 0.84 |
POU6F1 | 0.82 | 0.82 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
GNG11 | -0.59 | -0.56 |
C1orf54 | -0.58 | -0.57 |
AL050337.1 | -0.55 | -0.56 |
AF347015.21 | -0.55 | -0.47 |
SYCP3 | -0.54 | -0.53 |
DBI | -0.52 | -0.52 |
CLEC2B | -0.51 | -0.46 |
C1orf61 | -0.50 | -0.42 |
Rhoc | -0.50 | -0.50 |
myl12a | -0.49 | -0.52 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
GO:0046703 | natural killer cell lectin-like receptor binding | 艾达 | 11491531 | |
Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0002429 | 免疫反应激活细胞表面受体信号通路 | 艾达 | 11491531 | |
GO:0019882 | 抗原处理和演示 | IEA | - | |
GO:0019835 | 细胞溶解 | IEA | - | |
去:0009408 | 对热的反应 | 艾达 | 9497295 | |
去:0006979 | 对氧化应激的反应 | 艾达 | 11287116 | |
去:0006955 | 免疫反应 | IEA | - | |
GO:0032526 | 对视黄酸的反应 | 艾达 | 12569559 | |
GO:0050689 | 宿主对病毒的防御反应负面调节 | 艾达 | 11239445|12782710 | |
GO:0044419 | 生物之间的种间相互作用 | IEA | - | |
GO:0046629 | 伽马 - 戴尔塔T细胞激活 | 艾达 | 9497295 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0016020 | 膜 | IEA | - | |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - | |
去:0005886 | 质膜 | IEA | - | |
去:0005887 | 质膜的积分 | ISS | - | |
GO:0042612 | MHC class I protein complex | IEA | - |