Summary
基因ID 4277
Symbol MICB
同义词 PERB11.2
描述 MHC I类多肽相关序列B
参考 MIM:602436|HGNC:HGNC:7091|Ensembl:ENSG00000204516|HPRD:03894| imgt/gene-db:micb |Vega:Otthumg00000031074
基因类型 蛋白质编码
地图位置 6p21.3
Pascal P值 1.811E-10
胎儿β -0.423
DMG 2(#研究)
主持人 小脑半球
小脑
皮质
迈尔斯的顺式和跨性别

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 描述 信息
CV:GWASdb 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 2
DMG:Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 2
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
协会 组合的优势比方法(Sun等。2008), association studies 2 链接到Szgene
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR:0.033
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 点击显示详细信息

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p(dis) beta(dis) fdr(dis) 学习
CG02833532 6 31465582 MICB 3.838E-4 -0.647 0.043 DMG:Wockner_2014
CG08971831 6 31462064 MICB 3.02E-8 -0.008 9.25e-6 DMG:JAFFE_2016

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS16899788 CHR6 167431325 MICB 4277 0.2 反式
RS2282859 CHR6 167445138 MICB 4277 0.2 反式
RS16899821 CHR6 167451006 MICB 4277 0.2 反式
RS16899825 CHR6 167451525 MICB 4277 0.2 反式
RS606565 CHR8 90615792 MICB 4277 0.07 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
Rab11fip3 0.89 0.89
SAMD4B 0.87 0.88
TBC1D9B 0.85 0.86
dennd4b 0.84 0.84
FBXL18 0.84 0.86
FURIN 0.83 0.85
AC115090.1 0.83 0.84
spata2 0.83 0.84
TTBK1 0.82 0.84
POU6F1 0.82 0.82
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
GNG11 -0.59 -0.56
C1orf54 -0.58 -0.57
AL050337.1 -0.55 -0.56
AF347015.21 -0.55 -0.47
SYCP3 -0.54 -0.53
DBI -0.52 -0.52
CLEC2B -0.51 -0.46
C1orf61 -0.50 -0.42
Rhoc -0.50 -0.50
myl12a -0.49 -0.52

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0046703 natural killer cell lectin-like receptor binding 艾达 11491531
Biological process 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0002429 免疫反应激活细胞表面受体信号通路 艾达 11491531
GO:0019882 抗原处理和演示 IEA -
GO:0019835 细胞溶解 IEA -
去:0009408 对热的反应 艾达 9497295
去:0006979 对氧化应激的反应 艾达 11287116
去:0006955 免疫反应 IEA -
GO:0032526 对视黄酸的反应 艾达 12569559
GO:0050689 宿主对病毒的防御反应负面调节 艾达 11239445|12782710
GO:0044419 生物之间的种间相互作用 IEA -
GO:0046629 伽马 - 戴尔塔T细胞激活 艾达 9497295
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0016020 IEA -
GO:0016021 膜不可或缺 IEA -
去:0005886 质膜 IEA -
去:0005887 质膜的积分 ISS -
GO:0042612 MHC class I protein complex IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
kegg天然杀伤细胞介导的细胞毒性 137 92 All SZGR 2.0 genes in this pathway
渡边直肠癌放疗反应DN 92 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Bertucci髓质与导管乳腺癌 206 111 All SZGR 2.0 genes in this pathway
甲状腺癌的甲状腺癌间变性 722 443 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Gozgit ESR1靶向DN 781 465 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ENK UV响应角质形成细胞DN 485 334 All SZGR 2.0 genes in this pathway
环氧化物素的浓凋亡 239 157 All SZGR 2.0 genes in this pathway
农民乳腺癌根源与腔内 326 213 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Schlosser血清反应DN 712 443 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Dacosta UV响应通过ERCC3 UP 309 199 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PUJANA BRCA1 PCC网络 1652 1023 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pujana ATM PCC网络 1442 892 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath ES 1 379 235 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BENPORATH NANOG TARGETS 988 594 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath EED目标 1062 725 All SZGR 2.0 genes in this pathway
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Cervera SDHB目标2 114 76 All SZGR 2.0 genes in this pathway
彭葡萄糖剥夺DN 169 112 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Cromer转移 79 46 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LEI MYB目标 318 215 All SZGR 2.0 genes in this pathway
EWSR1 FLI1融合的Rorie目标 30 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
用VH3 21 DN的FAELT B CLL 49 29 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 All SZGR 2.0 genes in this pathway
welcsh brca1靶向 198 132 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Dazard对UV NHEK DN的反应 318 220 All SZGR 2.0 genes in this pathway
dazard UV响应集群G6 153 112 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 COMMON UP 77 47 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Stein Esrra靶向对雌激素DN的反应 41 26 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Fujii YBX1靶向DN 202 132 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Jison Sickle细胞疾病 181 106 All SZGR 2.0 genes in this pathway
YAGI AML WITH 11Q23 REARRANGED 351 238 All SZGR 2.0 genes in this pathway
尿素对咪喹莫德的反应 23 14 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Stein ESR1目标 85 55 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sakai慢性肝炎与肝癌 83 63 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR UP 324 193 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Johnstone Parvb目标3 DN 918 550 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Linsley mir16目标 206 127 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BMI1和PCGF2的Wiederschain目标 57 39 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ERBB2同工型的Pedersen转移7 403 240 All SZGR 2.0 genes in this pathway