基因Page:MTHFD1

概括?
基因ID 4522
Symbol MTHFD1
同义词 MTHFC|MTHFD
描述 甲基苯甲酸叶酸脱氢酶（NADP+依赖性）1，甲苯基四氢叶酸环醇酶，甲基四氢叶酸合成酸合成酶
参考 MIM:172460|HGNC:HGNC:7432|Ensembl:ENSG00000100714|HPRD:01403|Vega:OTTHUMG00000141309
基因type protein-coding
Map location 14Q24
Pascal p-value 0.001
Sherlock P值 0.347
Fetal beta 0.489
DMG 2 (# studies)
eGene Nucleus accumbens basal ganglia
Meta
Support Ascano FMRP targets

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 2
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 2
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Association 组合的优势比方法（Sun et al. 2008），协会研究 1 Link to SZGene
文学 高通量文献搜索 Co-occurance与精神分裂a keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg14285447 14 64858798 MTHFD1 1.524E-4 0.315 0.032 DMG:Wockner_2014
cg14225481 14 64855023 MTHFD1 3.07E-9 -0.013 2.1E-6 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
UBN2 0.91 0.92
ATXN7 0.89 0.92
MTF1 0.89 0.92
MDN1 0.89 0.93
MACF1 0.89 0.89
CEP350 0.89 0.93
KIAA1632 0.89 0.89
TSC1 0.88 0.91
GPATCH8 0.88 0.89
PHC3 0.88 0.89
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.63 -0.73
AF347015.31 -0.62 -0.67
C1orf54 -0.62 -0.75
增强 -0.61 -0.69
IFI27 -0.60 -0.63
higd1b -0.60 -0.66
MT-CO2 -0.59 -0.64
RHOC -0.59 -0.66
VAMP5 -0.59 -0.67
GMFG -0.59 -0.69

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 17353931
GO:0005524 ATP binding IEA -
GO:0004329 formate-tetrahydrofolate ligase activity 塔斯 3053686
GO:0004477 甲苯基四氢叶酸环溶酶活性 塔斯 3053686
GO:0004488 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity IEA -
GO:0016787 hydrolase activity IEA -
GO:0016874 ligase activity IEA -
GO:0016155 甲基四氢叶酸脱氢酶活性 IEA -
GO:0016491 oxidoreductase activity IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0000105 histidine biosynthetic process IEA -
去：0009086 methionine biosynthetic process IEA -
GO:0006164 purine nucleotide biosynthetic process IEA -
GO:0008652 amino acid biosynthetic process IEA -
GO:0009396 folic acid and derivative biosynthetic process IEA -
GO:0006730 one-carbon compound metabolic process IEA -
GO:0006548 histidine catabolic process IEA -
GO:0055114 oxidation reduction IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0005739 mitochondrion 塔斯 3528153

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG乙醛酸盐和二羧酸二羧酸盐代谢 16 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kegg fule一个碳池 17 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF VITAMINS AND COFACTORS 51 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASAKI YBX1 TARGETS UP 290 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RHEIN ALL GLUCOCORTICOID THERAPY DN 362 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合的Kinsey目标 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOHANKUMAR TLX1 TARGETS UP 414 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI EMU MYC LYMPHOMA BY ONSET TIME UP 110 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG LEUCINE DEPRIVATION DN 187 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO缺氧DN 289 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TARTE PLASMA CELL VS PLASMABLAST DN 309 206 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHUHMACHER MYC TARGETS UP 80 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭谷氨酰胺剥夺DN 337 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHATTACHARYA EMBRYONIC STEM CELL 89 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
松本自然杀手差分 475 313 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO肝特异性基因 244 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION DN 184 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS EARLY PROGENITOR 532 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG VHL TARGETS 138 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张对Cantharidin DN的反应 69 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HEDENFALK BREAST CANCER BRCA1 VS BRCA2 163 113 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C7 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WELCSH BRCA1 TARGETS DN 141 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MONNIER POSTRADIATION TUMOR ESCAPE UP 393 244 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1 528 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群T7 98 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC MYC TARGETS 217 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZKI TUMOR INVASIVENESS 3D DN 270 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAIRKEE CANCER PRONE RESPONSE BPA 51 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS UP 425 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
等级结肠和直肠癌 285 167 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER PLURINET 299 189 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mootha Human Mitodb 6 2002 429 260 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOOTHA MITOCHONDRIA 447 277 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C D UP 139 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOOKER GEMCITABINE RESISTANCE DN 122 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FRASOR RESPONSE TO SERM OR FULVESTRANT DN 50 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANG CORE SERUM RESPONSE UP 212 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈代谢综合征网络 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERRANDO HOX11 NEIGHBORS 23 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYAULT LIVER CANCER SUBCLASS G123 DN 51 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS CTNNB1 UP 176 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS PROLIFERATION DN 179 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOURNIER ACINAR DEVELOPMENT LATE 2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SUBCLASS S3 266 180 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG MYC TARGETS UP 143 100 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS SENESCENT 572 352 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR UP 324 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS UP 217 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS GROUP1 136 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDERSEN METASTASIS BY ERBB2 ISOFORM 7 403 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELACROIX RAR BOUND ES 462 273 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由SALL4同工型绑定的RAO A 182 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因