基因Page:MYO10

概括?
基因ID 4651
Symbol MYO10
同义词 -
描述 肌球蛋白X
参考 MIM:601481|HGNC:HGNC:7593|Ensembl:ENSG00000145555|HPRD:03283|Vega:OTTHUMG00000161822
基因type protein-coding
地图位置 5p15.1
Pascal P值 0.08
Sherlock P值 0.368
Fetal beta -0.023
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 COMPOSITESET
Darnell FMRP targets
Ascano FMRP targets

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.004

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
RS17285269 chr5 36402793 MYO10 4651 0.14 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
HSPA9 0.94 0.95
GFM1 0.92 0.90
DLD 0.92 0.91
SERINC1 0.92 0.91
SLC4A1AP 0.92 0.89
ARMCX3 0.92 0.90
GRSF1 0.91 0.89
DDX24 0.91 0.89
NKRF 0.91 0.88
RANBP9 0.91 0.87
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.72 -0.55
MT-CO2 -0.65 -0.55
AF347015.31 -0.65 -0.56
higd1b -0.64 -0.54
AF347015.8 -0.64 -0.53
FXYD1 -0.63 -0.53
AF347015.2 -0.62 -0.50
C1orf54 -0.61 -0.53
VAMP5 -0.61 -0.51
AP002478.3 -0.61 -0.56

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
去：0003779 actin binding IEA -
去：0003774 motor activity IEA -
GO:0005524 ATP binding IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007165 signal transduction IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005856 cytoskeleton IEA -
GO:0016459 myosin complex IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG FC GAMMA R MEDIATED PHAGOCYTOSIS 97 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NETRIN PATHWAY 32 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NETRIN1 SIGNALING 41 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU CMYB TARGETS UP 165 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gal白血病干细胞向上 133 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES DCC TARGETS DN 121 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER LMP UP 265 158 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER GRADES 1 2 UP 137 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MAHADEVAN IMATINIB RESISTANCE UP 23 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX3 FOXO1融合的Ebauer目标 207 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 TARGETS 1174 695 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MAHADEVAN GIST MORPHOLOGICAL SWITCH 15 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EBAUER MYOGENIC TARGETS OF PAX3 FOXO1 FUSION 50 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS LUMINAL 326 213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER BASAL VS LULMINAL 330 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 COMMON DN 483 336 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARCIA TARGETS OF FLI1 AND DAX1 DN 176 104 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOYAMA SEMA3B TARGETS DN 411 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEPARD CRUSH AND BURN MUTANT DN 185 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLI1融合的Zhang目标 88 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NEMETH INFLAMMATORY RESPONSE LPS UP 88 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA MS UP 48 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
布莱洛克的老年痴呆症DISEASE INCIPIENT UP 390 242 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染14小时DN 298 200 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL 254 164 该途径中的所有SZGR 2.0基因
布莱洛克的老年痴呆症DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LU AGING BRAIN UP 262 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION DN 287 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV LOW DOSE DN 67 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR DN 911 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
monnier tradiatiation肿瘤逃脱 393 244 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群P4 100 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
促进耐受巨噬细胞DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS DN 543 317 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riggi ewing肉瘤祖先 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER DN 540 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE DN 274 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO METHYLATED IN LIVER CANCER DN 940 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL DN 216 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH UP 425 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄达沙替尼的抵抗 81 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
QI PLASMACYTOMA UP 259 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANTVEER BREAST CANCER ESR1 DN 240 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 36HR UP 221 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR DN 277 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Han Satb1靶向 395 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
verhaak胶质母细胞瘤pro 177 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS UP 217 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS GROUP1 136 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 1 DN 63 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOINUMA TARGETS OF SMAD2 OR SMAD3 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDERSEN METASTASIS BY ERBB2 ISOFORM 7 403 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE VIA P38 COMPLETE 227 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124.1 294 301 1A,m8 hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
miR-124/506 293 300 1A,m8 HSA-MIR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
HSA-MIR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-130/301 413 419 1A hsa-miR-130a脑 CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU
HSA-MIR-301 CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC
hsa-miR-130b脑 CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU
hsa-miR-454-3p UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU
mir-155 639 646 1A,m8 hsa-miR-155 UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGG
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 618 624 1A hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
miR-204/211 652 659 1A,m8 HSA-MIR-204脑 Uucccuuugucauccuaugccu
HSA-MIR-211 uucccuuugucauccuucgccu
miR-221/222 819 826 1A,m8 HSA-MIR-221脑 AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC
HSA-MIR-222脑 AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC
miR-320 218 224 1A HSA-MIR-320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA