Gene Page:MYOD1
Summary？
| 基因 | 4654 |
| 象征 | MYOD1 |
| Synonyms | myf3 | myod | pum | bhlhc1 |
| Description | myogenic differentiation 1 |
| Reference | MIM：159970|HGNC:HGNC:7611|ENSEMBL：ENSG00000129152|HPRD：01166|Vega：Otthumg00000166358 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 11P15.4 |
| pascal p-value | 0.558 |
| 胎儿β | -0.185 |
| DMG | 1(# studies) |
| 主持人 | Myers' cis & trans |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 表达 | Meta-analysis of gene expression | p价值：1.818 | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
| GO_Annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中：1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
Differentially methylated gene
Differentially methylated gene| probe | 染色体 | 位置 | Nearest gene | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG24322623 | 11 | 17740430 | MYOD1 | 2.569E-4 | -0.546 | 0.038 | DMG：Wockner_2014 |
eQTL annotation
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS4757560 | chr11 | 17690161 | MYOD1 | 4654 | 0.2 | 顺式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Gene expression during devlopment (BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
No co-expressed genes in brain regions
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0003705 | RNA polymerase II transcription factor activity, enhancer binding | TAS | 1846704 | |
| GO:0003713 | 转录共激活因子活性 | TAS | 1846704 | |
| GO:0008134 | 转录因子结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007519 | skeletal muscle development | TAS | 神经元（GO期限：8） | 3175662 |
| 去：0006357 | regulation of transcription from RNA polymerase II promoter | TAS | 1846704 | |
| 去：0006468 | protein amino acid phosphorylation | TAS | 3175662 | |
| 去：0007518 | myoblast cell fate determination | IEA | - | |
| 去：0007517 | 肌肉发育 | TAS | 1846704 | |
| GO:0007275 | multicellular organismal development | IEA | - | |
| GO:0030154 | 细胞分化 | IEA | - | |
| GO:0045445 | 成肌细胞差异 | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | nucleus | TAS | 3175662 | |
| 去：0005667 | 转录因子复合物 | IEA | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ASCL3 | HASH3 | SGN1 | bHLHa42 | achaete-scute complex homolog 3 (Drosophila) | - | HPRD | 11784080 |
| BHLHB3 | dec2 |夏普-1 |Sharp1 |Bhlhe41 | basic helix-loop-helix domain containing, class B, 3 | - | HPRD | 12657651 |
| BHLHB8 | MIST1 | bHLHa15 | basic helix-loop-helix domain containing, class B, 8 | - | HPRD | 9482738 |
| BTG1 | - | B-cell translocation gene 1, anti-proliferative | BTG1与MYOD1（CMD1）相互作用。这种相互作用是在人类BTG1和鸡CMD1之间的相互作用上建模的。 | 绑定 | 15674337 |
| CALM1 | CALML2 | CAMI | DD132 | PHKD | 钙调蛋白1（磷酸化酶激酶，三角洲） | - | HPRD | 10757985 |
| CALM2 | camii |PHKD |PHKD2 | 钙调蛋白2（磷酸化酶激酶，三角洲） | - | HPRD | 10757985 |
| CALM3 | PHKD |pHKD3 | calmodulin 3 (phosphorylase kinase, delta) | - | HPRD | 10757985 |
| CDC34 | E2-CDC34 | UBC3 | UBE2R1 | 细胞分裂周期34同源物（S. cerevisiae） | - | HPRD | 9710583 |
| CDK4 | CMM3 |MGC14458 |PSK-J3 | cyclin-dependent kinase 4 | - | HPRD,BioGRID | 10022835|10601020 |
| CDKN1C | BWCR |BWS |kip2 |WBS |p57 | 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1C（P57，KIP2） | - | HPRD,BioGRID | 10764802 |
| CIB2 | KIP2 | 钙和整合素结合家族成员2 | - | HPRD | 10764802 |
| 克雷布 | CBP | KAT3A | RSTS | CREB结合蛋白 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 表型增强 重构的复合物 |
Biogrid | 9001254|11463815 |
| 克雷布 | CBP | KAT3A | RSTS | CREB结合蛋白 | - | HPRD | 2176177|9238849 |11463815 |
| csrp3 | CLP |CMD1M |CMH12 |crp3 |LMO4 |MGC14488 |MGC61993 |MLP | cysteine and glycine-rich protein 3 (cardiac LIM protein) | - | HPRD,BioGRID | 9234731 |
| ELSPBP1 | E12 |HE12 | 附子精子结合蛋白1 | Two-hybrid | Biogrid | 9242638 |
| EP300 | kat3b |P300 | E1A binding protein p300 | - | HPRD,BioGRID | 9001254 |
| EP300 | kat3b |P300 | E1A binding protein p300 | P300与Myod互动。这种相互作用是根据人和小鼠p300与小鼠和未指定物种的MYOD之间的相互作用进行建模的。 | 绑定 | 8621548 |
| 手1 | HXT |Thing1 |BHLHA27 |eHand | 心脏和神经rest衍生物表达1 | - | HPRD | 10924525 |
| HDAC1 | DKFZp686H12203 | GON-10 | HD1 | RPD3 | RPD3L1 | histone deacetylase 1 | - | HPRD,BioGRID | 11285237|11684023 |
| 嘿1 | BHLHb31 | CHF2 | HERP2 | HESR1 | HRT-1 | MGC1274 | OAF1 | 与YRPW图案1相关的毛茸茸/增强子1 | - | HPRD,BioGRID | 11279181 |
| HSP90AA1 | FLJ31884 |HSP86 |HSP89A |HSP90A |HSP90N |HSPC1 |HSPCA |HSPCAL1 |HSPCAL4 |HSPN | Hsp89 | Hsp90 | LAP2 | heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class A member 1 | - | HPRD,BioGRID | 1406681 |
| ID1 | ID | bHLHb24 | DNA结合1的抑制剂，显性负螺旋 - 环螺旋蛋白 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 Two-hybrid |
Biogrid | 8380166|9242638 |9528857|15029197 |
| ID2 | GIG8 | ID2A | ID2H | MGC26389 | bHLHb26 | DNA结合2的抑制剂，显性负螺旋 - 环螺旋蛋白 | - | HPRD,BioGRID | 9242638 |
| ID3 | HEIR-1 | bHLHb25 | DNA结合3的抑制剂，显性负螺旋 - 环螺旋蛋白 | - | HPRD,BioGRID | 8759016|9242638 |
| 六月 | AP-1 |AP1 |C-Jun | jun oncogene | - | HPRD,BioGRID | 1310896 |
| MDFI | I-MF | I-mfa | Myod家族抑制剂 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 8797820 |
| mef2a | ADCAD1 |RSRFC4 |RSRFC9 | 心肌细胞增强子因子2a | - | HPRD | 8548800|9418854 |
| MEF2C | - | 心肌细胞增强因子2C | Two-hybrid | Biogrid | 9418854 |
| MOS | MGC119962 | MGC119963 | MSV | v-mos Moloney murine sarcoma viral oncogene homolog | - | HPRD,BioGRID | 9001211 |
| MYOD1 | MYF3 | MYOD | PUM | bHLHc1 | myogenic differentiation 1 | 重构的复合物 | Biogrid | 9184158 |
| NCOR1 | KIAA1047 |MGC104216 |n-cor |trac1 |HCIT529I10 |hn-cor | 核受体共抑制剂1 | 重构的复合物 | Biogrid | 10406466 |
| NCOR2 | CTG26 | SMRT | SMRTE | SMRTE-tau | TNRC14 | TRAC-1 | TRAC1 | 核受体共抑制剂2 | - | HPRD | 10406466 |
| NR2F2 | ARP1 | COUP-TFII | COUPTFB | MGC117452 | SVP40 | TFCOUP2 | 核受体亚科2，F组，成员2 | - | HPRD,BioGRID | 9826778 |
| pABPN1 | OPMD | PAB2 | PABP2 | poly(A) binding protein, nuclear 1 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11371506 |
| PSMD4 | AF | AF-1 | ASF | MCB1 | Rpn10 | S5A | pUB-R5 | 蛋白酶体（Prosome，大蛋白）26S亚基，非ATPase，4 | - | HPRD,BioGRID | 9235903 |
| RB1 | OSRC |RB |P105-RB |PRB |PP110 | retinoblastoma 1 | - | HPRD,BioGRID | 8381715 |
| 罗拉 | DKFZP686M2414 |MGC119326 |MGC119329 |NR1F1 |ROR1 |ROR2 |ROR3 |rzr-alpha |rzra | RAR相关的孤儿受体A | - | HPRD,BioGRID | 9862959 |
| RXRA | FLJ00280 | FLJ00318 | FLJ16020 | FLJ16733 | MGC102720 | NR2B1 | retinoid X receptor, alpha | - | HPRD,BioGRID | 9692544 |
| SNW1 | Bx42 | MGC119379 | NCOA-62 | PRPF45 | Prp45 | SKIIP | SKIP | 包含1的SNW域 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11371506 |
| SP1 | - | Sp1 transcription factor | - | HPRD,BioGRID | 10082523 |
| SRF | MCM1 | 血清反应因子（C-FOS血清响应元件结合转录因子） | - | HPRD | 8617811 |
| Stat3 | APRF | FLJ20882 | HIES | MGC16063 | 转录3的信号换能器和激活因子（急性相反应因子） | - | HPRD,BioGRID | 12947115 |
| TCF3 | E2A | ITF1 | MGC129647 | MGC129648 | bHLHb21 | 转录因子3（E2A免疫球蛋白增强子结合因子E12/E47） | - | HPRD | 1649701|9001211 |9184158 |
| TCF3 | E2A | ITF1 | MGC129647 | MGC129648 | bHLHb21 | 转录因子3（E2A免疫球蛋白增强子结合因子E12/E47） | 体外 in vivo 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 1649701|9184158 |9242638 |
| TCF4 | E2-2 |itf2 |MGC149723 |MGC149724 |pths |sef2 |sef2-1 |SEF2-1A |sef2-1b |BHLHB19 | transcription factor 4 | - | HPRD,BioGRID | 8576241|8999959 |
| TWIST1 | ACS3 | BPES2 | BPES3 | SCS | TWIST | bHLHa38 | 扭曲同源1（果蝇） | - | HPRD | 9343420 |