概括
基因 4665
象征 NAB2
同义词 玛德
描述 NGFI-A结合蛋白2
参考 MIM:602381|HGNC:HGNC:7627|ENSEMBL:ENSG00000166886|HPRD:03854|Vega:Otthumg00000171192
基因类型 蛋白质编码
地图位置 12q13.3
Pascal P值 0.003
胎儿β -0.098
DMG 1(#研究)
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:PGC128 全基因组协会研究 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关关键字的命中:3

第一节遗传学和表观遗传学注释

@简历:PGC128

SNP ID 染色体 位置 等位基因 p 功能 基因 向上/向下距离
RS324017 CHR12 57487814 交流 2.128E-7 内含子 NAB2

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p(dis) beta(dis) fdr(dis) 学习
CG23550060 12 57484316 NAB2 4.714E-4 0.336 0.046 DMG:Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS10994209 Chr10 61877705 NAB2 4665 0.11 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
hnrnpu 0.96 0.96
HNRNPA2B1 0.96 0.96
IWS1 0.96 0.96
我知道 0.96 0.96
hnrnpd 0.95 0.97
ythdc1 0.95 0.96
SAFB 0.95 0.96
EIF3A 0.94 0.95
SFRS4 0.94 0.95
hnrnph3 0.94 0.94
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
AF347015.31 -0.76 -0.88
ifi27 -0.75 -0.88
FXYD1 -0.75 -0.86
MT-CO2 -0.74 -0.86
HLA-F -0.73 -0.80
AF347015.27 -0.72 -0.84
B2M -0.72 -0.80
higd1b -0.72 -0.86
AF347015.33 -0.72 -0.83
TSC22D4 -0.71 -0.81

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0003714 转录CorePressor活性 塔斯 8668170
GO:0016564 转录阻遏活性 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0014037 Schwann细胞分化 IEA 神经元,轴突,神经胶质(GO期限:9) -
GO:0042552 髓鞘 IEA 神经元,轴突,大脑,少突胶质细胞(GO术语级别:13) -
去:0007399 神经系统的发展 塔斯 神经突(GO期限:5) 8668170
去:0001958 内软骨骨化 IEA -
去:0006355 调节转录,DNA依赖性的调节 IEA -
去:0008283 细胞增殖 塔斯 8668170
GO:0016481 转录的负调节 IEA -
GO:0045682 表皮发展的调节 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0005634 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
家长mtor信号向上 567 375 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村肿瘤区周围与中央DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pramoonjago sox4靶向 52 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
刘cmyb靶向 165 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gargalovic对氧化磷脂的反应绿松石 79 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC3靶向DN 536 332 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nagashima NRG1信号向上发出 176 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nagashima EGF信号向上 58 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌 443 294 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Berenjeno由Rhoa DN转变 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZ红细胞分化12小时 43 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Jazag TGFB1信号传导DN 35 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
buytaert光动力疗法压力 811 508 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿米特延迟了早期基因 18 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Amit EGF响应120 HELA 69 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
费尔南德斯(Fernandez)由迈克(Myc)约束 182 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Galindo对肠毒素的免疫反应 85 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NPM1本地化的Alcalay AML 140 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chuang氧化应激反应DN 11 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee老化小脑DN 86 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
被胰岛素抵抗钝化的sartipy 19 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1 528 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stein Esrra靶向对雌激素DN的反应 41 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Heller HDAC靶向被甲基化的沉默 461 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Massarweh他莫昔芬抵抗DN 258 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rizki肿瘤侵入性2D 69 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
西肾上腺皮质肿瘤DN 546 362 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boylan多发性骨髓瘤D DN 78 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌良好生存A4 196 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stein ESR1目标 85 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应6小时 229 149 该途径中的所有SZGR 2.0基因
棕熊UVC响应迟到 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee BMP2靶向DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1靶向 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang 2类由EGF瞬时诱导 51 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-137 158 165 1A,M8 HSA-MIR-137 uauugcuuaagaauacgcguag
mir-186 479 485 1a HSA-MIR-186 caaagaauuuugggcuu
mir-495 473 479 M8 HSA-MIR-495 Aaacaaacauggugcacuuuuu
HSA-MIR-495 Aaacaaacauggugcacuuuuu