基因页:NAB2
概括?
基因 | 4665 |
象征 | NAB2 |
同义词 | 玛德 |
描述 | NGFI-A结合蛋白2 |
参考 | MIM:602381|HGNC:HGNC:7627|ENSEMBL:ENSG00000166886|HPRD:03854|Vega:Otthumg00000171192 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 12q13.3 |
Pascal P值 | 0.003 |
胎儿β | -0.098 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGC128 | 全基因组协会研究 | 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中:3 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
简历:PGC128
SNP ID | 染色体 | 位置 | 等位基因 | p | 功能 | 基因 | 向上/向下距离 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
RS324017 | CHR12 | 57487814 | 交流 | 2.128E-7 | 内含子 | NAB2 |
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG23550060 | 12 | 57484316 | NAB2 | 4.714E-4 | 0.336 | 0.046 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS10994209 | Chr10 | 61877705 | NAB2 | 4665 | 0.11 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/NAB2_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
hnrnpu | 0.96 | 0.96 |
HNRNPA2B1 | 0.96 | 0.96 |
IWS1 | 0.96 | 0.96 |
我知道 | 0.96 | 0.96 |
hnrnpd | 0.95 | 0.97 |
ythdc1 | 0.95 | 0.96 |
SAFB | 0.95 | 0.96 |
EIF3A | 0.94 | 0.95 |
SFRS4 | 0.94 | 0.95 |
hnrnph3 | 0.94 | 0.94 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.31 | -0.76 | -0.88 |
ifi27 | -0.75 | -0.88 |
FXYD1 | -0.75 | -0.86 |
MT-CO2 | -0.74 | -0.86 |
HLA-F | -0.73 | -0.80 |
AF347015.27 | -0.72 | -0.84 |
B2M | -0.72 | -0.80 |
higd1b | -0.72 | -0.86 |
AF347015.33 | -0.72 | -0.83 |
TSC22D4 | -0.71 | -0.81 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0003714 | 转录CorePressor活性 | 塔斯 | 8668170 | |
GO:0016564 | 转录阻遏活性 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0014037 | Schwann细胞分化 | IEA | 神经元,轴突,神经胶质(GO期限:9) | - |
GO:0042552 | 髓鞘 | IEA | 神经元,轴突,大脑,少突胶质细胞(GO术语级别:13) | - |
去:0007399 | 神经系统的发展 | 塔斯 | 神经突(GO期限:5) | 8668170 |
去:0001958 | 内软骨骨化 | IEA | - | |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
去:0008283 | 细胞增殖 | 塔斯 | 8668170 | |
GO:0016481 | 转录的负调节 | IEA | - | |
GO:0045682 | 表皮发展的调节 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
家长mtor信号向上 | 567 | 375 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
中村肿瘤区周围与中央DN | 634 | 384 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
pramoonjago sox4靶向 | 52 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
刘cmyb靶向 | 165 | 106 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gargalovic对氧化磷脂的反应绿松石 | 79 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Senese HDAC3靶向DN | 536 | 332 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nagashima NRG1信号向上发出 | 176 | 123 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nagashima EGF信号向上 | 58 | 40 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甲状腺癌 | 443 | 294 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Berenjeno由Rhoa DN转变 | 394 | 258 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
RIZ红细胞分化12小时 | 43 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Jazag TGFB1信号传导DN | 35 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
buytaert光动力疗法压力 | 811 | 508 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿米特延迟了早期基因 | 18 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Amit EGF响应120 HELA | 69 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
费尔南德斯(Fernandez)由迈克(Myc)约束 | 182 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Galindo对肠毒素的免疫反应 | 85 | 67 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NPM1本地化的Alcalay AML | 140 | 83 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chuang氧化应激反应DN | 11 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lee老化小脑DN | 86 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
被胰岛素抵抗钝化的sartipy | 19 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Creighton内分泌疗法抗性1 | 528 | 324 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Stein Esrra靶向对雌激素DN的反应 | 41 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Heller HDAC靶向被甲基化的沉默 | 461 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Massarweh他莫昔芬抵抗DN | 258 | 160 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rizki肿瘤侵入性2D | 69 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
西肾上腺皮质肿瘤DN | 546 | 362 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Boylan多发性骨髓瘤D DN | 78 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shedden肺癌良好生存A4 | 196 | 124 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Stein ESR1目标 | 85 | 55 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
黄成人组织茎模块 | 721 | 492 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dutertre雌二醇反应6小时 | 229 | 149 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
棕熊UVC响应迟到 | 1137 | 655 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lee BMP2靶向DN | 882 | 538 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
FEVR CTNNB1靶向 | 682 | 433 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang 2类由EGF瞬时诱导 | 51 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-137 | 158 | 165 | 1A,M8 | HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag |
mir-186 | 479 | 485 | 1a | HSA-MIR-186 | caaagaauuuugggcuu |
mir-495 | 473 | 479 | M8 | HSA-MIR-495脑 | Aaacaaacauggugcacuuuuu |
HSA-MIR-495脑 | Aaacaaacauggugcacuuuuu |