SZGR2 - Beplay体育中心

概括?

基因ID	468
Symbol	ATF4
同义词	creb-2 \| creb2 \| Taxreb67 \| txreb
描述	激活转录因子4
参考	MIM:604064\|HGNC:HGNC:786\|Ensembl:ENSG00000128272\|HPRD:06817\|Vega:OTTHUMG00000151099
基因type	protein-coding
地图位置	22q13.1
Pascal P值	3.056e-7
Sherlock P值	0.068
Fetal beta	1.693
eGene	迈尔斯的顺式和跨性别 Meta

数据源中的基因

基因set name	基因组方法	描述	Info
简历：PGCNP	全基因组协会研究	GWAS
PMID:cooccur	高通量文献搜索	Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学	高通量文献搜索	与精神分裂症Co-occurance关键词:schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias	Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

EQTL注释

SNP ID	Chromosome	Position	eGene	基因Entrez ID	qvalue	eQTL type
RS6001609	chr22	39892858	ATF4	468	0.06	cis
rs11891594	chr2	195857382	ATF4	468	0.08	trans
RS6954503	chr7	45155967	ATF4	468	0.19	trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
SND1	0.87	0.84
RPN1	0.87	0.86
PSMD2	0.87	0.84
C22orf28	0.87	0.86
DAP3	0.87	0.85
CCT7	0.86	0.84
PRMT5	0.86	0.82
MTCH2	0.86	0.86
ZNF207	0.86	0.84
FAF1	0.86	0.85

前10个负共表达基因
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
MT-CO2	-0.74	-0.71
AF347015.8	-0.73	-0.72
AF347015.21	-0.73	-0.72
AF347015.31	-0.72	-0.71
AF347015.2	-0.71	-0.73
AF347015.33	-0.70	-0.71
AF347015.27	-0.69	-0.70
MT-CYB	-0.69	-0.69
AF347015.15	-0.68	-0.70
AF347015.26	-0.68	-0.69

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
去：0003700	转录因子活性	塔斯		12689582
去：0003704	特异性RNA聚合酶II转录因子活性	ISS		-
GO:0016563	转录激活剂活性	小鬼		11960987
GO:0016563	转录激活剂活性	ISS		-
GO:0016563	转录激活剂活性	NAS		9190894
GO：0043565	序列特异性DNA结合	IEA		-
GO:0046983	protein dimerization activity	IEA		-
Biological process	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0006355	regulation of transcription, DNA-dependent	ISS		-
GO:0006350	transcription	IEA		-
GO:0006520	amino acid metabolic process	塔斯		12689582
去：0006094	糖异生	ISS		-
GO:0006950	response to stress	IEP		15314157
GO:0045944	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter	小鬼		15788408
GO:0045944	positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter	ISS		-
细胞分量	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0005634	核	ISS		-
GO:0005737	细胞质	ISS		-
GO:0005886	质膜	IEA		-

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors	Aliases B	Official full name B	Experimental	资源	PubMed ID
CCDC106	HSU79303 \|ZNF581	包含106	两个杂交	BioGRID	16169070
CEBPB	C/EBP-beta \|CRP2 \|IL6DBP \|圈\|MGC32080 \|nf-il6 \|TCF5	CCAAT/增强子结合蛋白（C/EBP），β	-	HPRD	11018027
CEBPG	GPE1BP \| IG/EBP-1	CCAAT/增强子结合蛋白（C/EBP），伽马	-	HPRD，Biogrid	1371974
CREBBP	CBP \|kat3a \|RST	CREB binding protein	Reconstituted Complex	BioGRID	9295363
DAPK3	FLJ36473 \|zip \|Zipk	death-associated protein kinase 3	-	HPRD	9488481
Disc1	C1orf136 \| FLJ13381 \| FLJ21640 \| FLJ25311 \| FLJ41105 \| KIAA0457 \| SCZD9	disrupted in schizophrenia 1	-	HPRD，Biogrid	12812986
Disc1	C1orf136 \| FLJ13381 \| FLJ21640 \| FLJ25311 \| FLJ41105 \| KIAA0457 \| SCZD9	disrupted in schizophrenia 1	An unspecified isoform of DISC1 interacts with ATF4.	BIND	14623284
Disc1	C1orf136 \| FLJ13381 \| FLJ21640 \| FLJ25311 \| FLJ41105 \| KIAA0457 \| SCZD9	disrupted in schizophrenia 1	Disc-1与ATF4相互作用。	BIND	12812986
EIF2A	CDA02 \|EIF-2A \|MST089 \|MSTP004 \|MSTP089	eukaryotic translation initiation factor 2A, 65kDa	Affinity Capture-Western	BioGRID	15475356
GABBR2	FLJ36928 \|gababr2 \|GPR51 \|gprc3b \|HG20 \|HRIHFB2099	gamma-aminobutyric acid (GABA) B receptor, 2	-	HPRD，Biogrid	11087824
GPS2	AMF-1 \| MGC104294 \| MGC119287 \| MGC119288 \| MGC119289	G蛋白途径抑制器2	两个杂交	BioGRID	16189514
GTF2B	TF2B \|tfiib	通用转录因子IIB	Reconstituted Complex	BioGRID	9295363
GTF2F2	BTF4 \|Rap30 \|TF2F2 \|tfiif	general transcription factor IIF, polypeptide 2, 30kDa	-	HPRD，Biogrid	9295363
JUN	AP-1 \| AP1 \| c-Jun	Jun Oncogene	-	HPRD，Biogrid	1827203
LDOC1	bcur1 \|mar7 \|mart7	leucine zipper, down-regulated in cancer 1	两个杂交	BioGRID	16189514
NFE2L1	FLJ00380 \|lcr-f1 \|NRF1 \|TCF11	核因子（红细胞来源2） - 类似1	-	HPRD	11025215
NFE2L2	NRF2	核因子（红细胞来源2） - 类似2	-	HPRD	11274184
POLR2C	RPB3 \|RPB31 \|HRPB33 \|HSRPB3	polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide C, 33kDa	-	HPRD，Biogrid	12860379
PTCD3	DKFZP666K071 \|FLJ20758	Pentatricopeptide repeat domain 3	两个杂交	BioGRID	16189514
TBP	GTF2D \| GTF2D1 \| MGC117320 \| MGC126054 \| MGC126055 \| SCA17 \| TFIID	TATA box binding protein	Reconstituted Complex	BioGRID	9295363
TREX2	-	three prime repair exonuclease 2	两个杂交	BioGRID	16189514
TRIB3	C20orf97 \| NIPK \| SINK \| SKIP3 \| TRB3	tribbles homolog 3 (Drosophila)	-	HPRD，Biogrid	12743605
TRIB3	C20orf97 \| NIPK \| SINK \| SKIP3 \| TRB3	tribbles homolog 3 (Drosophila)	SKIP3 interacts with ATF4.	BIND	12743605
TTR	HST2651 \|palb \|TBPA	经硫代蛋白	两个杂交	BioGRID	16189514

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	＃szgr 2.0基因	Info
KEGG MAPK SIGNALING PATHWAY	267	205	该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg长期增强	70	57	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG NEUROTROPHIN SIGNALING PATHWAY	126	103	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG GNRH SIGNALING PATHWAY	101	77	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG PROSTATE CANCER	89	75	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID FRA PATHWAY	37	28	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DIABETES PATHWAYS	133	91	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PERK REGULATED GENE EXPRESSION	29	14	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ATF6 Alpha对伴侣的反应组激活	13	9	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ATF4对基因激活的反应组激活	26	12	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome展开的蛋白质反应	80	51	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ATF6α对伴侣基因的反应组激活	11	8	该途径中的所有SZGR 2.0基因
igarashi atf4靶向dn	90	65	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARY CD5 TARGETS UP	473	314	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC RESPONSE TO OXIDIZED PHOSPHOLIPIDS RED UP	17	13	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN	1375	806	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞	530	342	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 3 DN	229	142	该途径中的所有SZGR 2.0基因
血清剥夺的Graessmann凋亡	552	347	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN	1781年	1082	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND DOXORUBICIN DN	770	415	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BARIS THYROID CANCER UP	23	9	该途径中的所有SZGR 2.0基因
马丁与HDAC互动	44	31	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应DN	712	443	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Heidenblad Amplicon 8Q24 DN	46	28	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM1	229	137	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK	1652	1023	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 DN	156	106	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 ONLY UP	33	18	该途径中的所有SZGR 2.0基因
buytaert光动力疗法压力	811	508	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS	957	597	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Nanog目标	988	594	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH SOX2 TARGETS	734	436	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC TARGETS WITH EBOX	230	156	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS	775	494	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath ES核心九相关	100	68	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG LEUCINE DEPRIVATION UP	142	93	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERNANDEZ BOUND BY MYC	182	116	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee老化新皮层DN	80	49	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C6	39	27	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HU GENOTOXIC DAMAGE 24HR	35	22	该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard对紫外线nhek的反应	244	151	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU TNF SIGNALING 30MIN	54	36	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARIADASON RESPONSE TO CURCUMIN SULINDAC 5	23	17	该途径中的所有SZGR 2.0基因
VARELA ZMPSTE24 TARGETS UP	40	30	该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard UV响应集群G2	30	18	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PELLICCIOTTA HDAC IN ANTIGEN PRESENTATION DN	49	38	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER SILENCED BY METHYLATION DN	105	67	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Heller HDAC靶向DN	292	189	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Heller HDAC靶向由甲基化DN沉默	281	179	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAIRKEE CANCER PRONE RESPONSE BPA E2	118	65	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bochkis foxa2目标	425	261	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP	871	505	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TGFB1和WNT3A DN的LABBE目标	108	68	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHO NR4A1目标	33	22	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHATI G2M ARREST BY 2METHOXYESTRADIOL DN	127	75	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PODAR RESPONSE TO ADAPHOSTIN UP	147	98	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB UP	245	159	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG TUMOR INVASIVENESS DN	210	128	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOHN PRIMARY IMMUNODEFICIENCY SYNDROM UP	47	30	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZAIDI OSTEOBLAST TRANSCRIPTION FACTORS	14	12	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chauhan对甲氧雌二醇的反应	51	32	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Aguirre胰腺癌拷贝编号DN	238	145	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN MYELOMA VS MATURE B LYMPHOCYTE	101	76	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN PLASMA CELL VS MATURE B LYMPHOCYTE	67	51	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES	389	245	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC	1103	714	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN ADENOVIRUS INFECTION 12HR UP	29	18	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN腺病毒感染24小时	12	6	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dorn腺病毒感染32小时	11	7	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dorn腺病毒感染48小时	14	9	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAE BRCA1靶向	75	47	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS TRETINOIN RESPONSE DN	841	431	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1通过NFIC 1小时信号传导	33	25	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fortschegger PHF8靶向	279	155	该途径中的所有SZGR 2.0基因

基因页：ATF4