概括
基因 4703
象征
同义词 NEB177D | NEM2
描述 树星
参考 MIM:161650|HGNC:HGNC:7720|Ensembl:ENSG00000183091|HPRD:01196|Vega:Otthumg00000153784
基因类型 蛋白质编码
地图位置 2q22
Pascal P值 0.036
TADA P值 0.008
胎儿β -0.642
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 COMPOSITESET

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DNM:Fromer_2014 整个外显子组测序分析 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究,该研究使用基因组DNA报告了DNM。
DNM:Gulsuner_2013 整个外显子组测序分析 155 DNM通过外显子组对精神分裂症个体及其父母的三重奏测序确定。
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析(所有样品) PSR:0.02395
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 点击显示详细信息

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM表

基因 染色体 位置 参考 alt 成绩单 AA更改 突变类型 CG46 特征 学习
CHR2 152548856 一个 t NM_001164507
NM_001164508
NM_001271208
NM_004543
p.639y>*
p.639y>*
p.639y>*
p.639y>*
废话
废话
废话
废话
精神分裂症 DNM:Fromer_2014
CHR2 152362011 G 一个 NM_001164507
NM_001164508
NM_001271208
NM_004543
p.7908t> m
p.7908t> m
p.7943t> m
p.6195t> m
错过
错过
错过
错过
精神分裂症 DNM:Gulsuner_2013

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS4854166 CHR2 3297005 4703 0.16 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
TMEM126A 0.89 0.85
MRPS15 0.88 0.87
MGST3 0.87 0.80
DNAJC19 0.87 0.85
UBL5 0.86 0.78
ndufs3 0.86 0.81
COX7B 0.86 0.83
NDUFB6 0.86 0.79
CMC1 0.86 0.83
C14orf2 0.85 0.83
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
LRP1 -0.52 -0.50
mtss1l -0.48 -0.49
MAP4K4 -0.48 -0.50
PXN -0.48 -0.58
PHLDB1 -0.47 -0.48
SMTN -0.47 -0.58
SLC19A1 -0.47 -0.48
STK10 -0.47 -0.52
tnks1bp1 -0.46 -0.43
AC005035.1 -0.46 -0.47

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0003779 肌动蛋白结合 IEA -
去:0005515 蛋白质结合 IPI 15967462
去:0008307 肌肉的结构成分 塔斯 7739042
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0007525 体肌发育 nas 7739042
GO:0030832 肌动蛋白丝长度的调节 nas 7739042
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0005737 细胞质 IEA -
去:0030018 Z光盘 艾达 9501083
GO:0015629 肌动蛋白细胞骨架 塔斯 7739042

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
反应组横纹的肌肉收缩 27 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组肌肉收缩 48 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX FOXO1融合DN的Davicioni目标DN 68 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周的炎症反应fima 544 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌变性DN 537 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌DN 232 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
里克曼头颈癌F 54 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhan多发性骨髓瘤 64 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kaab心脏中心与心室 249 170 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GHO ATF5靶向 13 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群P4 100 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sansom APC目标 212 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Acevedo肝癌与H3K9me3 UP 141 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yauch刺猬信号传导旁分泌DN 264 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PYEON CANER CANCAR HEAD和NECK与宫颈DN 29 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bruins通过TP53组A的UVC响应 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bruins通过TP53组B响应UVC响应 549 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
棕熊UVC响应迟到 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
棕熊UVC响应很晚 317 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CTBP1的Purbey目标不是SATB1 DN 448 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 1725年 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因