概括
基因 4718
象征 NDUFC2
同义词 B14.5B | CI-B14.5B | HLC-1 | NADHDH2
描述 NADH:泛氨基酮氧化还原酶亚基C2
参考 MIM:603845|HGNC:HGNC:7706|ENSEMBL:ENSG00000151366|HPRD:11960|Vega:Otthumg00000166614
基因类型 蛋白质编码
地图位置 11q14.1
Pascal P值 0.015
Sherlock P值 0.18
胎儿β -1.281
DMG 1(#研究)
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p(dis) beta(dis) fdr(dis) 学习
CG26748758 11 77792715 NDUFC2 3.97E-4 0.171 0.044 DMG:Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS2716734 CHR2 39947720 NDUFC2 4718 0.01 反式
RS2716736 CHR2 39947946 NDUFC2 4718 0.01 反式
SNP_A-2169623 0 NDUFC2 4718 0.08 反式
RS1587434 CHR6 66615354 NDUFC2 4718 0 反式
RS10503771 CHR8 25304019 NDUFC2 4718 0.19 反式
RS2408301 CHR13 51808915 NDUFC2 4718 0.16 反式
RS16959803 CHR13 88488982 NDUFC2 4718 0.18 反式
RS1241940 CHR14 84008851 NDUFC2 4718 0.07 反式
RS349973 CHR17 50642288 NDUFC2 4718 0.07 反式
RS16952224 CHR17 50868923 NDUFC2 4718 0.06 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
EPN3 0.83 0.64
SCN1A 0.83 0.83
AGPAT9 0.81 0.77
NEFM 0.81 0.66
Hapln4 0.81 0.75
HCN2 0.80 0.84
ret 0.80 0.75
esyt1 0.79 0.65
myh7b 0.79 0.69
SSTR3 0.78 0.81
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
WDR86 -0.36 -0.38
C9orf46 -0.34 -0.56
GTF3C6 -0.33 -0.48
exosc8 -0.33 -0.48
NR2C2AP -0.33 -0.31
AC006276.2 -0.32 -0.44
TBC1D10A -0.32 -0.27
RPL36 -0.32 -0.55
plekho1 -0.32 -0.29
C6orf48 -0.32 -0.40

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
KEGG氧化磷酸化 135 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kegg阿尔茨海默氏病 169 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kegg帕金森氏病 133 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kegg Huntingtons病 185 109 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome TCA循环和呼吸电子传输 141 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome呼吸电子传输 79 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组呼吸电子传输ATP通过化学含量耦合和热量产生通过解偶联蛋白来合成 98 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
迪亚兹慢性巨态性白血病 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lastowska神经母细胞瘤副本编号dn 800 473 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nikolsky乳腺癌11q12 Q14 Amplicon 158 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mootha Voxphos 87 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄线粒体基因模块 217 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张乳腺癌祖细胞 425 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王肿瘤的侵入性 374 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mootha Human Mitodb 6 2002 429 260 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mootha线粒体 447 277 该途径中的所有SZGR 2.0基因
肌肉中的罗马胰岛素靶标 442 263 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D 882 506 该途径中的所有SZGR 2.0基因