Gene Page:NFATC1
概括?
| 基因 | 4772 |
| 象征 | NFATC1 |
| Synonyms | NF-ATC|NF-ATc1.2|NFAT2|NFATc |
| Description | nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic, calcineurin-dependent 1 |
| Reference | MIM:600489|HGNC:HGNC:7775|Ensembl:ENSG00000131196|HPRD:02729|Vega:OTTHUMG00000132897 |
| Gene type | protein-coding |
| Map location | 18q23 |
| Pascal p-value | 0.432 |
| Fetal beta | -0.692 |
| DMG | 1 (# studies) |
| eGene | Hippocampus |
数据源中的基因
| Gene set name | Method of gene set | Description | Info |
|---|---|---|---|
| CV:GWAScat | Genome-wide Association Studies | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
| CV：GWASDB | Genome-wide Association Studies | GWASdb records for schizophrenia | |
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DMG:Montano_2016 | Genome-wide DNA methylation analysis | This dataset includes 172 replicated associations between CpGs with schizophrenia. | 1 |
| Network | 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 | Contribution to shortest path in PPI network: 0.0161 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
Differentially methylated gene
Differentially methylated gene| Probe | Chromosome | Position | Nearest gene | P (dis) | Beta (dis) | FDR (dis) | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg06784563 | 18 | 77284509 | NFATC1 | 3.67E-4 | -0.006 | 0.193 | DMG:Montano_2016 |
Section II. Transcriptome annotation
General gene expression (GTEx)
Gene expression during devlopment (BrainCloud)
脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
死神:胎儿(13 - 26 postconception周),ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
Top co-expressed genes in brain regions
| Top 10 positively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | Spearman's Correlation |
| GNG3 | 0.57 | 0.61 |
| MANBAL | 0.57 | 0.58 |
| CDK5 | 0.56 | 0.61 |
| MAP1LC3A | 0.56 | 0.61 |
| TCTA | 0.55 | 0.60 |
| CLTB | 0.55 | 0.56 |
| NELF | 0.54 | 0.60 |
| NAT5 | 0.54 | 0.55 |
| METTL11A | 0.53 | 0.53 |
| MECR | 0.53 | 0.59 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | Spearman's Correlation |
| AF347015.18 | -0.29 | -0.13 |
| CWF19L2 | -0.29 | -0.36 |
| EIF5B | -0.29 | -0.37 |
| AC010300.1 | -0.28 | -0.26 |
| AC005921.3 | -0.27 | -0.40 |
| EDN1 | -0.24 | -0.22 |
| ZRSR2 | -0.24 | -0.24 |
| ANP32B | -0.24 | -0.30 |
| AC069281.3 | -0.24 | -0.22 |
| RBMX2 | -0.23 | -0.26 |
Section III. Gene Ontology annotation
| Molecular function | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0003700 | transcription factor activity | TAS | 9506523|10821850 | |
| GO:0005528 | FK506 binding | TAS | 8702849 | |
| GO:0016563 | transcription activator activity | IDA | 14749367 | |
| 生物过程 | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| 去：0006355 | regulation of transcription, DNA-dependent | IDA | 14749367 | |
| GO:0006366 | transcription from RNA polymerase II promoter | TAS | 8702849 | |
| GO:0007242 | intracellular signaling cascade | IDA | 14749367 | |
| Cellular component | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| GO:0005634 | nucleus | IEA | - | |
| GO:0005737 | 细胞质 | TAS | 8202141 |
V.途径注释
| Pathway name | Pathway size | # SZGR 2.0 genes in pathway | Info |
|---|---|---|---|
| KEGG WNT SIGNALING PATHWAY | 151 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG AXON GUIDANCE | 129 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG VEGF SIGNALING PATHWAY | 76 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG NATURAL KILLER CELL MEDIATED CYTOTOXICITY | 137 | 92 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG T CELL RECEPTOR SIGNALING PATHWAY | 108 | 89 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG B细胞受体信号通路 | 75 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA BCR PATHWAY | 37 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA HDAC PATHWAY | 32 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA CALCINEURIN PATHWAY | 21 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA FCER1 PATHWAY | 41 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA FMLP PATHWAY | 39 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Biocarta GATA3途径 | 16 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA VIP PATHWAY | 29 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Biocarta NFAT途径 | 56 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA MEF2D PATHWAY | 23 | 16 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA GPCR PATHWAY | 37 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA TCR PATHWAY | 49 | 37 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SIG BCR信号通路 | 46 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID BCR 5PATHWAY | 65 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID NFAT TFPATHWAY | 47 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID FRA PATHWAY | 37 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID NFAT 3 Pathway | 54 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID REG GR PATHWAY | 82 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID AP1 PATHWAY | 70 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID TCR CALCIUM PATHWAY | 29 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID CD8 TCR DOWNSTREAM PATHWAY | 65 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP | 1382 | 904 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| OSMAN BLADDER CANCER DN | 406 | 230 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MULLIGHAN NPM1 MUTATED SIGNATURE 1 UP | 276 | 165 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MULLIGHAN NPM1 SIGNATURE 3 UP | 341 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KIM WT1 TARGETS UP | 214 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP | 1821 | 933 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ENK UV RESPONSE EPIDERMIS DN | 508 | 354 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN | 1781 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PEREZ TP63 TARGETS | 355 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 2B | 392 | 251 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TERAMOTO OPN TARGETS CLUSTER 7 | 19 | 16 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PUJANA ATM PCC NETWORK | 1442 | 892 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WEI MYCN TARGETS WITH E BOX | 795 | 478 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KOYAMA SEMA3B TARGETS DN | 411 | 249 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SHEN SMARCA2 TARGETS DN | 357 | 212 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SHIN B CELL LYMPHOMA CLUSTER 3 | 28 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GUO HEX TARGETS DN | 65 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BROWNE HCMV INFECTION 20HR UP | 240 | 152 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WEIGEL OXIDATIVE STRESS BY HNE AND TBH | 60 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SAFFORD T LYMPHOCYTE ANERGY | 87 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| VILIMAS NOTCH1 TARGETS UP | 52 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zaidi成骨细胞转录因子 | 14 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Aguirre胰腺癌拷贝编号DN | 238 | 145 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MIKKELSEN MCV6 HCP WITH H3K27ME3 | 435 | 318 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARSON FOXP3 TARGETS DN | 54 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHANDRAN METASTASIS UP | 221 | 135 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTENS TRETINOIN RESPONSE UP | 857 | 456 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PANGAS TUMOR SUPPRESSION BY SMAD1 AND SMAD5 UP | 134 | 85 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FUKUSHIMA TNFSF11 TARGETS | 16 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PILON KLF1 TARGETS DN | 1972 | 1213 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Plasari TGFB1靶向10小时 | 199 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HOLLEMAN VINCRISTINE RESISTANCE B ALL UP | 38 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DURAND STROMA S UP | 297 | 194 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Section VI. microRNA annotation
| miRNA family | Target position | miRNA ID | miRNA seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR start | UTR end | Match method | |||
| miR-124.1 | 354 | 360 | m8 | hsa-miR-124a | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
| hsa-miR-124a | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA | ||||
| miR-124/506 | 353 | 360 | 1A,m8 | hsa-miR-506 | UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA |
| hsa-miR-124brain | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| hsa-miR-506 | UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA | ||||
| hsa-miR-124brain | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| miR-145 | 346 | 352 | 1A | hsa-miR-145 | GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUU |