Gene Page:NFIA

概括?
GeneID 4774
Symbol NFIA
同义词 CTF|NF-I/A|NF1-A|NFI-A|NFI-L
描述 nuclear factor I/A
参考 MIM:600727|HGNC:HGNC:7784|Ensembl:ENSG00000162599|HPRD:09007|Vega:OTTHUMG00000008618
Gene type protein-coding
地图位置 1p31.3-p31.2
Pascal p-value 0.013
Sherlock P值 0.944
Fetal beta 2.414
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 2
GSMA_IIA Genome scan meta-analysis (All samples) Psr: 0.02692
Expression 基因表达的荟萃分析 Pvalue: 2.002

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg04093972 1 61516130 NFIA 2.62E-9 -0.015 1.91E-6 DMG:Jaffe_2016
cg02444243 1 61516135 NFIA 2.61E-8 -0.028 8.35E-6 DMG:Jaffe_2016

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs3739804 chr9 87421630 NFIA 4774 0.19 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003700 转录因子活性 IEA -
去：0003700 转录因子活性 NAS 7590749
GO:0008134 转录factor binding 新闻学会 15684392
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependent IEA -
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependent NAS 7590749
GO:0006350 转录 IEA -
GO:0006260 DNA replication IEA -
GO：0019079 病毒基因组复制 NAS 7590749
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005622 intracellular IEA -
GO:0005634 核 IDA 15684392
GO:0005634 核 IEA -
GO:0005634 核 NAS 7590749

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID HNF3A PATHWAY 44 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEMNITZ RESPONSE TO PROSTAGLANDIN E2 DN 391 222 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta鼻咽癌，LMP1 UP 408 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
thum收缩性心力衰竭 423 283 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG LMO4 TARGETS UP 372 227 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 TARGETS DN 260 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC3 TARGETS DN 536 332 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION DN 329 219 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER LMP DN 199 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
多德鼻咽癌 1821 933 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED DN 805 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房3 4WK DN 39 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lastowska神经母细胞瘤副本编号dn 800 473 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZ ERYTHROID DIFFERENTIATION 6HR 40 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rashi对电离辐射5的响应5 147 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAUFFMANN MELANOMA RELAPSE DN 6 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP 769 437 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 6HR DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT AND CANCER BOX4 DN 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH SUZ12 TARGETS 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES WITH H3K27ME3 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES 648 385 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG RESPONSE TO IKK INHIBITOR AND TNF DN 103 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
考夫曼DNA复制基因 147 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sansom APC目标DN 366 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP 428 266 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZAMORA NOS2 TARGETS DN 96 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOWLIN CITED1 TARGETS 2 UP 17 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由Foxp3绑定的Marson未刺激 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS DN 543 317 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER UP 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS UP 425 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAYLOR METHYLATED IN ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA 77 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAUCH HEDGEHOG SIGNALING PARACRINE DN 264 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA D CLUSTER UP 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YOSHIMURA MAPK8 TARGETS DN 366 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA HAPTOTAXIS UP 518 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
肌肉中的罗马胰岛素靶标 442 263 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA CD2 DN 46 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANDRAN METASTASIS DN 306 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA ADIPOGENESIS LATE UP 104 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITFIELD CELL CYCLE M G1 148 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Karlsson TGFB1靶向DN 207 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHYLA CBFA2T3靶向DN 242 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS UP 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PLASARI TGFB1 SIGNALING VIA NFIC 1HR DN 106 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG MLL TARGETS 289 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FORTSCHEGGER PHF8 TARGETS DN 784 464 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL DN 308 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 1ST EGF PULSE ONLY 1839 928 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-103/107 647 654 1A,m8 HSA-MIR-103脑 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA
HSA-MIR-107脑 agcagcauuguacgggcuauca
MiR-200BC/429 325 331 m8 HSA-MIR-200B UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAC
HSA-MIR-200C uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
miR-217 478 484 m8 HSA-MIR-217 UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAU
miR-223 752 759 1A,m8 HSA-MIR-223 UGUCAGUUUGUCAAAUACCCC
miR-25/32/92/363/367 798 804 m8 HSA-MIR-25脑 CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA
hsa-miR-32 UAUUGCACAUUACUAAGUUGC
hsa-miR-92 UAUUGCACUUGUCCCGGCCUG
hsa-miR-367 AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA
hsa-miR-92bSZ UAUUGCACUCGUCCCGGCCUC
miR-29 181 187 m8 hsa-miR-29aSZ UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU
hsa-miR-29bSZ uagcaccauuugaaaucaguguu
hsa-miR-29cSZ UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
miR-338 184 190 1A HSA-MIR-338脑 UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGA
mir-381 966 972 m8 hsa-miR-381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
mir-382 30 36 m8 hsa-miR-382脑 GAAGUUGUUCGUGGUGGAUUCG
miR-505 842 848 1A hsa-miR-505 GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC
mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 652 658 1A hsa-miR-93脑 AAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG
HSA-MIR-302A UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGA
HSA-MIR-302B UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAG
HSA-MIR-302C UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG
HSA-MIR-302D UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGU
hsa-miR-372 AAAGUGCUGCGACAUUUGAGCGU
hsa-miR-373 GAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGU
hsa-miR-520e AAAGUGCUUCCUUUUUGAGGG
HSA-MIR-520A aaagugcuucccuuguggugu
HSA-MIR-520B AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGG
HSA-MIR-520C AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGGUU
HSA-MIR-520D AAAGUGCUUCUCUUUGGUGGGUU