Gene Page:NID1

概括?
GeneID 4811
Symbol NID1
同义词 NID
描述 nidogen 1
参考 MIM:131390|HGNC：HGNC：7821|Ensembl：ENSG00000116962|HPRD:00574|Vega:OTTHUMG00000040071
Gene type protein-coding
Map location 1q43
Fetal beta 1.344

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM table

Gene Chromosome Position Ref Alt Transcript AA change Mutation type Sift CG46 Trait Study
NID1 chr1 236212203 G A NM_002508 . silent 精神分裂症 DNM：Fromer_2014


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
DRD1 0.73 0.59
GPR6 0.69 0.44
ADCY5 0.69 0.51
HTR6 0.68 0.51
DRD2 0.68 0.45
SLC32A1 0.67 0.55
CHRM4 0.66 0.55
TACR1 0.66 0.47
TTC22 0.65 0.48
SMOC2 0.65 0.44
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
HEBP2 -0.28 -0.53
RPS7 -0.27 -0.51
AP005482.2 -0.26 -0.43
AC034193.4 -0.25 -0.42
SYCP3 -0.24 -0.31
PFDN5 -0.24 -0.50
RPL9 -0.24 -0.46
RPL35 -0.24 -0.52
C8orf59 -0.23 -0.41
RPL31 -0.23 -0.51

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
APP AAA | ABETA | ABPP | AD1 | APPI | CTFgamma | CVAP | PN2 amyloid beta (A4) precursor protein - HPRD 11376898
COL13A1 COLXIIIA1 | FLJ42485 胶原蛋白，XIII型，Alpha 1 - HPRD，Biogrid 11956183
COL1A1 OI4 胶原蛋白，I型，Alpha 1 - HPRD，Biogrid 9733643
Col4a1 arresten 胶原蛋白，IV型，Alpha 1 Reconstituted Complex BioGRID 9733643
FBLN1 fbln 斐杜蛋白1 - HPRD，Biogrid 8354280|9278415
|9299350
FBLN1 fbln 斐杜蛋白1 - HPRD 8354280|9278415
|9299350|9299350
FBLN2 - 斐杜蛋白2 - HPRD，Biogrid 7500359|11493006
FGA Fib2 | MGC119422 | MGC119423 | MGC119425 fibrinogen alpha chain - HPRD，Biogrid 1680863
FGB MGC104327 | MGC120405 fibrinogen beta chain - HPRD，Biogrid 1680863
HSPG2 PLC | PRCAN | SJA | SJS | SJS1 heparan sulfate proteoglycan 2 - HPRD 11493006
ITGB3 CD61 |gp3a |GPIIIA integrin, beta 3 (platelet glycoprotein IIIa, antigen CD61) - HPRD 8831898
LACRT MGC71934 流蛋白 - HPRD，Biogrid 11419941
LAMC1 LAMB2 | MGC87297 laminin, gamma 1 (formerly LAMB2) - HPRD，Biogrid 9733643
LGALS3BP 90K | BTBD17B | MAC-2-BP lectin, galactoside-binding, soluble, 3 binding protein - HPRD 9501082
MDK FLJ27379 |可| NEGF2 midkine (neurite growth-promoting factor 2) 亲和力捕获ms BioGRID 10772929
NID1 NID nidogen 1 - HPRD，Biogrid 8354280|9278415
|9299350
PLAU ATF | UPA | URK | UROKINASE | u-PA plasminogen activator, urokinase - HPRD 1499567
预告片 MGC45323 | MST161 | MSTP161 | SLRR2A proline/arginine-rich end leucine-rich repeat protein - HPRD 11847210
PTPRF FLJ43335 |FLJ45062 |FLJ45567 |拉尔 protein tyrosine phosphatase, receptor type, F - HPRD，Biogrid 9647658


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID INTEGRIN1 PATHWAY 66 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU PROSTATE CANCER DN 481 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHUETZ BREAST CANCER DUCTAL INVASIVE UP 351 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENGUPTA NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 294 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX FOXO1融合的Davicioni目标 255 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASORELLI APL SECONDARY VS DE NOVO UP 39 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION HSC UP 185 126 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ODONNELL TFRC TARGETS UP 456 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC3 TARGETS DN 536 332 该途径中的所有SZGR 2.0基因
斋丁嫩造血干细胞DN 226 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Morosetti facioscapulohumeral肌肉分散 20 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION KRAS CDC25 DN 51 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
chiaradonna肿瘤转化cdc25 120 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAUSSMANN MLL AF4 FUSION TARGETS A UP 191 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA UP 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK DN 196 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL TGFB1 TARGETS DN 62 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUCAS HNF4A TARGETS UP 58 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ENDMETRIUM CANCER DN 82 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Appierto对Fenretinide的反应 38 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BORLAK LIVER CANCER EGF UP 57 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM3 70 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
INGRAM SHH TARGETS UP 127 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS DN 637 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PETRETTO CARDIAC HYPERTROPHY 34 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 2 UP 256 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
POMEROY MEDULLOBLASTOMA DESMOPLASIC VS CLASSIC DN 59 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RORIE TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION UP 30 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGLESIAS E2F TARGETS UP 151 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAMAZAKI TCEB3 TARGETS UP 175 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chen lvad支持失败的心 103 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Verrecchia对TGFB1 C1的反应 19 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 3 101 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Verrecchia对TGFB1的早期反应 58 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WELCSH BRCA1 TARGETS UP 198 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS UP 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARCHINI TRABECTEDIN RESISTANCE DN 49 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
道格拉斯BMI1靶向 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
华莱士前列腺通过R RACE UP 299 167 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IWANAGA CARCINOGENESIS BY KRAS PTEN DN 353 226 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL SUBOPTIMAL DEBULKING 510 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDSTEDT DENDRITIC CELL MATURATION C 69 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET LUNG CANCER KRAS DN 435 289 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈代谢综合征网络 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足型haptotaxis dn 668 419 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU VAV3 PROSTATE CARCINOGENESIS UP 89 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO LIVER DEVELOPMENT DN 222 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ADULT TISSUE STEM MODULE 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村掺杂早期 66 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA ADIPOGENESIS LATE UP 104 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PANGAS TUMOR SUPPRESSION BY SMAD1 AND SMAD5 UP 134 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE LATE 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 ETS融合的Miyagawa目标 259 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM GLIS2 TARGETS UP 84 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG RXRA BOUND 36HR 152 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG RXRA BOUND 8D 882 506 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELACROIX RARG BOUND MEF 367 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELACROIX RAR TARGETS UP 48 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDRIOLI MIR31 TARGETS DN 418 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PECE MAMMARY STEM CELL DN 146 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA ECM GLYCOPROTEINS 196 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA核心母质 275 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA BASEMENT MEMBRANES 40 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因