基因页：Notch3
Summary？
| 基因ID | 4854 |
| Symbol | Notch3 |
| 同义词 | cadasil | cadasil1 | casil | imf2 | lmns |
| 描述 | Notch 3 |
| 参考 | MIM：600276|HGNC：HGNC：7883|Ensembl：ENSG0000000074181|HPRD：02607|Vega：Otthumg00000183217 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 19p13.12 |
| Pascal P值 | 0.106 |
| 胎儿β | -0.018 |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
基因in Data Sources
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | Hits with neuro-related keywords: 3 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
EQTL注释
EQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS9847958 | CHR3 | 23361727 | Notch3 | 4854 | 0.13 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| ptprn | 0.90 | 0.89 |
| galnt9 | 0.86 | 0.87 |
| SYP | 0.85 | 0.89 |
| dusp3 | 0.85 | 0.86 |
| rasgrf1 | 0.85 | 0.86 |
| TRPM2 | 0.85 | 0.87 |
| SYNGR1 | 0.85 | 0.83 |
| grin1 | 0.85 | 0.83 |
| CNTNAP1 | 0.85 | 0.86 |
| MFSD4 | 0.85 | 0.85 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| RBMX2 | -0.43 | -0.52 |
| KIAA1949 | -0.43 | -0.30 |
| SH3BP2 | -0.43 | -0.45 |
| C21orf57 | -0.42 | -0.42 |
| FAM36A | -0.42 | -0.36 |
| tubb2b | -0.42 | -0.42 |
| SH2D2A | -0.42 | -0.46 |
| GTF3C6 | -0.41 | -0.39 |
| traf4 | -0.41 | -0.44 |
| FADS2 | -0.41 | -0.34 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0004872 | 受体活性 | IEA | - | |
| 去：0005509 | calcium ion binding | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 17292860 | |
| Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0048663 | neuron fate commitment | IEA | 神经元（GO期限：9） | - |
| 去：0030900 | 前脑发展 | IEA | 大脑（GO期限：8） | - |
| GO：0045665 | 神经元分化的负调节 | IEA | 神经元（GO期限：10） | - |
| GO:0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
| GO:0006350 | 转录 | IEA | - | |
| 去：0007219 | Notch信号通路 | IEA | - | |
| 去：0009653 | 解剖结构形态发生 | 塔斯 | 7698746 | |
| 去：0007275 | 多细胞生物发育 | IEA | - | |
| GO：0050793 | 发育过程的调节 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | IEA | - | |
| GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - | |
| 去：0005886 | 质膜 | IEA | - | |
| 去：0005887 | 质膜的积分 | 塔斯 | 7835890 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-1/206 | 658 | 664 | 1a | HSA-MIR-1 | Uggaauguaaagaaguaugua |
| hsa-miR-206SZ | UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG | ||||
| HSA-MIR-613 | aggaauguucuuugcc | ||||
| miR-150 | 618 | 624 | M8 | HSA-MIR-150 | ucucccaacccuuguaccagug |