基因页：NPAS2
概括？
| 基因 | 4862 |
| 象征 | NPAS2 |
| 同义词 | mop4 | pasd4 | bhlhe9 |
| 描述 | 神经元PAS结构蛋白2 |
| 参考 | MIM：603347|HGNC：HGNC：7895|ENSEMBL：ENSG00000170485|HPRD：09137|Vega：Otthumg00000130675 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 2q11.2 |
| Pascal P值 | 0.015 |
| 支持 | COMPOSITESET Darnell FMRP目标 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.0004 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中：1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| 3月7日 | 0.97 | 0.97 |
| KLH9 | 0.97 | 0.97 |
| CTDSPL2 | 0.95 | 0.96 |
| RBMXL1 | 0.95 | 0.95 |
| FSD1L | 0.95 | 0.95 |
| KIAA1430 | 0.95 | 0.96 |
| NCBP1 | 0.95 | 0.96 |
| STX7 | 0.94 | 0.96 |
| Rab10 | 0.94 | 0.96 |
| XRCC5 | 0.94 | 0.95 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| HLA-F | -0.68 | -0.77 |
| AC018755.7 | -0.68 | -0.76 |
| FXYD1 | -0.68 | -0.87 |
| MT-CO2 | -0.67 | -0.86 |
| AIFM3 | -0.67 | -0.76 |
| AF347015.33 | -0.66 | -0.83 |
| AF347015.31 | -0.66 | -0.84 |
| AF347015.27 | -0.66 | -0.82 |
| mt-cyb | -0.65 | -0.83 |
| C5orf53 | -0.65 | -0.71 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0004871 | 信号传感器活性 | IEA | - | |
| 去：0003700 | 转录因子活性 | 塔斯 | 9012850 | |
| GO：0051879 | HSP90蛋白结合 | 艾达 | 9079689 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007417 | 中枢神经系统发展 | 塔斯 | 大脑（GO期限：6） | 9012850 |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
| 去：0007165 | 信号转导 | IEA | - | |
| GO：0042745 | 昼夜节律/唤醒周期 | IEA | - | |
| GO：0045944 | RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 | Igi | 9576906 | |
| GO：0048511 | 有节奏的过程 | IEA | - | |
| GO：0045475 | 运动节奏 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | IEA | - | |
| 去：0005667 | 转录因子复合物 | IPI | 9576906 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Kegg昼夜节律哺乳动物 | 13 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID昼夜节路 | 16 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome BMAL1时钟NPAS2激活昼夜节律表达 | 36 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome Ppara激活基因表达 | 104 | 72 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome Rora激活昼夜节律表达 | 24 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome昼夜节律抑制Rev Erba的表达 | 23 | 16 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 脂质和脂蛋白的反应组代谢 | 478 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组脂肪酸三酰甘油和酮体代谢 | 168 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome昼夜节律 | 53 | 40 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Onken Uveal黑色素瘤 | 783 | 507 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Senese HDAC1靶向 | 457 | 269 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Senese HDAC3靶向 | 501 | 327 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 周的炎症反应fima | 544 | 308 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lindgren膀胱癌簇3 DN | 229 | 142 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hernandez异常有丝分裂由DOCETACEL 2NM上升 | 81 | 57 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 狮子转移 | 539 | 324 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Koyama Sema3b靶向 | 292 | 168 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Nanog目标 | 988 | 594 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 马纳洛缺氧 | 207 | 145 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿尔茨海默氏病dn | 1237 | 837 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Dazard对UV NHEK DN的反应 | 318 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| dazard UV响应集群G6 | 153 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 马丁内斯对trabectedin dn的反应 | 271 | 175 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 道格拉斯BMI1靶向 | 566 | 371 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kondo EZH2目标 | 245 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hinata NFKB靶向成纤维细胞 | 84 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Han Satb1靶向 | 395 | 249 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 349 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 开罗肝脏开发 | 166 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kyng Werner综合征和正常老化DN | 225 | 124 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen NPC HCP带有H3K27ME3 | 341 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Dutertre雌二醇反应24小时DN | 505 | 328 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Ivanovska mir106b目标 | 90 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Pedrioli mir31靶向DN | 418 | 245 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 前列腺癌模型中的Acevedo FGFR1靶标 | 289 | 184 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D | 523 | 529 | M8 | HSA-MIR-17-5P | caaagugcuuacugcagguagu |
| HSA-MIR-20A脑 | uaaagugcuuauagugcagguag | ||||
| HSA-MIR-106A | aaaagugcuuacugugcagguagc | ||||
| HSA-MIR-106BSZ | uaaagugcugacagugcagau | ||||
| HSA-MIR-20BSZ | caaagugcuugugcagguag | ||||
| HSA-MIR-519D | caaagugccucccuuuagugugu | ||||
| HSA-MIR-17-5P | caaagugcuuacugcagguagu | ||||
| HSA-MIR-20A脑 | uaaagugcuuauagugcagguag | ||||
| HSA-MIR-106A | aaaagugcuuacugugcagguagc | ||||
| HSA-MIR-106BSZ | uaaagugcugacagugcagau | ||||
| HSA-MIR-20BSZ | caaagugcuugugcagguag | ||||
| HSA-MIR-519D | caaagugccucccuuuagugugu | ||||
| mir-19 | 492 | 499 | 1A，M8 | HSA-MIR-19A | ugugcaaauaugauaugaaaacuga |
| HSA-MIR-19B | ugugcaaauccaugcaaaacuga | ||||
| mir-199 | 723 | 730 | 1A，M8 | HSA-MIR-199A | cccaguucagacuaccuguuc |
| HSA-MIR-199B | cccaguguuuagacuaucuuc | ||||
| mir-218 | 782 | 789 | 1A，M8 | HSA-MIR-218脑 | uugugcuugaucuaaccaugu |
| mir-320 | 29 | 36 | 1A，M8 | HSA-MIR-320 | aaaagcugggugagaggggcgaa |
| mir-335 | 380 | 387 | 1A，M8 | HSA-MIR-335脑 | UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUAUGU |
| mir-495 | 1007 | 1013 | 1a | HSA-MIR-495脑 | Aaacaaacauggugcacuuuuu |