基因页：NPTX2

Summary？
基因ID 4885
Symbol NPTX2
同义词 narp | np-ii | np2
描述 神经元五生型2
参考 MIM：600750|HGNC：HGNC：7953|ENSEMBL：ENSG00000106236|HPRD：02853|Vega：Otthumg00000154369
基因类型 蛋白质编码
地图位置 7Q21.3-Q22.1
Pascal P值 0.067
Sherlock P值 0.949
胎儿β -2.214
DMG 1（＃研究）
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 潜在的突触基因

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 1
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 Hits with neuro-related keywords: 1

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
cg17278447 7 98255970 NPTX2 5.205E-4 -0.312 0.048 DMG：Wockner_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS12302525 CHR12 89726424 NPTX2 4885 0.02 反式
RS16978564 CHR18 44037097 NPTX2 4885 0.17 反式
RS4452042 CHR18 50274883 NPTX2 4885 0.1 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
DOCK4 0.86 0.86
glce 0.84 0.82
EIF2C2 0.83 0.84
PCNX 0.83 0.85
EFR3B 0.82 0.85
Stim2 0.82 0.87
DHX33 0.81 0.85
SPRY3 0.81 0.82
C14orf21 0.81 0.83
GPD1L 0.81 0.80
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
AF347015.21 -0.59 -0.68
AF347015.31 -0.57 -0.63
MT-CO2 -0.57 -0.64
AL139819.3 -0.57 -0.65
higd1b -0.56 -0.63
ifi27 -0.54 -0.60
C1orf54 -0.54 -0.68
AF347015.8 -0.54 -0.60
AC131097.1 -0.54 -0.61
Rhoc -0.54 -0.62

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0003674 Molecular_Function ND -
去：0005529 糖结合 IEA -
去：0005509 calcium ion binding IEA -
Biological process 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007268 突触传输 nas 神经元，突触，神经递质（GO期限：6） 8530029
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005576 细胞外区域 IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
西部肾上腺皮质肿瘤标记 21 13 All SZGR 2.0 genes in this pathway
甲状腺癌 443 294 All SZGR 2.0 genes in this pathway
在胶质母细胞瘤中甲基化的粘合剂 40 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
RICKMAN HEAD AND NECK CANCER A 100 63 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath EED目标 1062 725 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nikolsky乳腺癌7Q21 Q22 AMPLICON 76 33 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Onder CDH1目标2向上 256 159 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CERVERA SDHB TARGETS 1 DN 38 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Shipp DLBCL治愈与致命 39 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Petrova内皮淋巴vs血液 131 87 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Affar YY1目标 214 133 All SZGR 2.0 genes in this pathway
HADDAD T淋巴细胞和NK祖细胞DN 63 41 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染16小时 225 139 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SATO SILENCED BY METHYLATION IN PANCREATIC CANCER 2 50 34 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染8小时 105 73 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zhu CMV全部 120 89 All SZGR 2.0 genes in this pathway
葡萄病毒感染DN的Debiasi凋亡DN 287 208 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ZHU CMV 24 HR UP 93 65 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染12小时 111 68 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SATO SILENCED BY METHYLATION IN PANCREATIC CANCER 1 419 273 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Krasnoselskaya ILF3靶向DN 46 38 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CREIGHTON ENDOCRINE THERAPY RESISTANCE 2 473 224 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sansom APC MYC目标 217 138 All SZGR 2.0 genes in this pathway
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION UP 461 298 All SZGR 2.0 genes in this pathway
YOKOE CANCER TESTIS ANTIGENS 38 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
RIGGI EWING SARCOMA PROGENITOR UP 430 288 All SZGR 2.0 genes in this pathway
HANN对BCL2抑制剂的抗性 36 24 All SZGR 2.0 genes in this pathway
骨骼DN中的Smid乳腺癌复发 315 197 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SMID乳腺癌腔B DN 564 326 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Smid乳腺癌基础 648 398 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Labbe TGFB1靶向DN 108 64 All SZGR 2.0 genes in this pathway
西部肾上腺皮质肿瘤 294 199 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LIN NPAS4 TARGETS DN 68 48 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Hunsberger运动调节基因 31 26 All SZGR 2.0 genes in this pathway
YOSHIMURA MAPK8 TARGETS UP 1305 895 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Meissner NPC HCP带有H3K4ME2 491 319 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mikkelsen MCV6 HCP带有H3K27ME3 435 318 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NAKAYAMA SOFT TISSUE TUMORS PCA1 DN 74 47 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nakayama软组织肿瘤PCA2 UP 87 50 All SZGR 2.0 genes in this pathway
YAO对孕酮簇的时间反应16 79 47 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nielsen滑膜肉瘤 18 14 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CTBP1的PURBEY目标不是SATB1 344 215 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Servitja Islet HNF1A靶向DN 109 71 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Rao由Sall4绑定 227 149 All SZGR 2.0 genes in this pathway
前列腺癌模型DN中的Acevedo FGFR1靶标 308 187 All SZGR 2.0 genes in this pathway
林乳腺干细胞向上 489 314 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-128 880 887 1A，M8 hsa-miR-128a ucacagugaaccggucuuuu
hsa-miR-128b ucacagugaaccggucuuc
mir-182 756 762 1a HSA-MIR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
mir-27 881 888 1A，M8 HSA-MIR-27A脑 uucacaguggcuaaguuccgc
HSA-MIR-27B脑 uucacaguggcuaaguucugc
mir-369-3p 1093 1099 1a HSA-MIR-369-3P aauauacaugguugaucuuu
miR-374 1093 1099 M8 HSA-MIR-374 uuauaauacaAccugauaagug
mir-410 1095 1101 1a HSA-MIR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU
miR-96 755 762 1A，M8 HSA-MIR-96脑 uuuggcacuagcacauuuuugc