基因页：NUMA1
概括?
| 基因ID | 4926 |
| Symbol | NUMA1 |
| 同义词 | NMP-22|NUMA |
| 描述 | 核有丝分裂设备蛋白1 |
| 参考 | MIM:164009|HGNC:HGNC:8059|Ensembl:ENSG00000137497|HPRD:01236|Vega:OTTHUMG00000167697 |
| 基因type | protein-coding |
| 地图位置 | 11q13 |
| Pascal P值 | 0.054 |
| Fetal beta | 0.257 |
| 支持 | COMPOSITESET Ascano FMRP targets |
数据源中的基因
| 基因本身t name | 基因组方法 | 描述 | Info |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DNM：Fromer_2014 | Whole Exome Sequencing analysis | This study reported a WES study of 623 schizophrenia trios, reporting DNMs using genomic DNA. | |
| 网络 | 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 | Contribution to shortest path in PPI network: 0.0036 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM table
DNM table| 基因 | Chromosome | Position | Ref | Alt | Transcript | AA change | 突变类型 | Sift | CG46 | Trait | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| NUMA1 | chr11 | 71725854 | C | T | NM_006185 | p.899A>T | 错过 | 精神分裂症 | DNM：Fromer_2014 |
Section II. Transcriptome annotation
基因ral gene expression (GTEx)
基因expression during devlopment (BrainCloud)
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
Top co-expressed genes in brain regions
| Top 10 positively co-expressed genes | ||
| 基因 | Pearson's Correlation | Spearman's Correlation |
| C4orf8 | 0.92 | 0.95 |
| nasp | 0.91 | 0.91 |
| CLK2 | 0.91 | 0.93 |
| FTSJ3 | 0.91 | 0.93 |
| DNAJC9 | 0.91 | 0.92 |
| RUFY1 | 0.91 | 0.92 |
| PAXIP1 | 0.91 | 0.93 |
| BRD8 | 0.91 | 0.92 |
| XRCC1 | 0.91 | 0.92 |
| SRRT | 0.91 | 0.93 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | Pearson's Correlation | Spearman's Correlation |
| AF347015.31 | -0.74 | -0.86 |
| AF347015.27 | -0.72 | -0.85 |
| MT-CO2 | -0.71 | -0.84 |
| IFI27 | -0.70 | -0.83 |
| AF347015.33 | -0.69 | -0.81 |
| FXYD1 | -0.69 | -0.81 |
| C5orf53 | -0.68 | -0.72 |
| HLA-F | -0.68 | -0.72 |
| MT-CYB | -0.68 | -0.80 |
| COPZ2 | -0.67 | -0.76 |
Section III. Gene Ontology annotation
| Molecular function | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0005515 | protein binding | 新闻学会 | 15537540 | |
| GO:0005198 | 结构分子活性 | 塔斯 | 1541630 | |
| Biological process | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| GO:0000090 | mitotic anaphase | 塔斯 | 1541636 | |
| GO:0006997 | 核组织 | 塔斯 | 1541630 | |
| 细胞分量 | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| GO:0000922 | spindle pole | IDA | 14718566 | |
| GO:0005876 | spindle microtubule | 塔斯 | 1541636 | |
| GO:0005634 | 核 | 塔斯 | 1541636 |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| Interactors | Aliases B | Official full name B | Experimental | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ACTR1A | ARP1 | CTRN1 | FLJ52695 | FLJ52800 | FLJ55002 | ARP1 actin-related protein 1 homolog A, centractin alpha (yeast) | - | HPRD，Biogrid | 10504299 |
| EPB41 | 4.1R | EL1 | HE | erythrocyte membrane protein band 4.1 (elliptocytosis 1, RH-linked) | - | HPRD，Biogrid | 10189366 |
| EPB41L1 | 4.1N | DKFZp686H17242 | KIAA0338 | MGC11072 | erythrocyte membrane protein band 4.1-like 1 | - | HPRD，Biogrid | 10594058 |
| EPB41L2 | 4.1-G | DKFZp781D1972 | DKFZp781H1755 | 红细胞膜蛋白条带4.1样2 | - | HPRD，Biogrid | 12239178 |
| GNAI1 | Gi | guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha inhibiting activity polypeptide 1 | Numa与Galphai1相互作用。 | BIND | 15537540 |
| GPSM2 | LGN | Pins | G蛋白信号调节剂2（类似AGS3，秀丽隐杆线虫） | - | HPRD，Biogrid | 11781568 |
| GPSM2 | LGN | Pins | G蛋白信号调节剂2（类似AGS3，秀丽隐杆线虫） | LGN与NUMA相互作用。 | BIND | 15537540 |
| NCOA6 | AIB3 | ANTP | ASC2 | HOX1.1 | HOXA7 | KIAA0181 | NRC | PRIP | RAP250 | TRBP | nuclear receptor coactivator 6 | - | HPRD，Biogrid | 12519782 |
| PIM1 | PIM | pim-1 oncogene | - | HPRD，Biogrid | 12111331 |
| RAD21 | FLJ25655 | FLJ40596 | HR21 | HRAD21 | KIAA0078 | MCD1 | NXP1 | SCC1 | hHR21 | RAD21 homolog (S. pombe) | - | HPRD | 11590136 |
| SMC1A | CDLS2 | DKFZp686L19178 | DXS423E | KIAA0178 | MGC138332 | SB1.8 | SMC1 | SMC1L1 | SMC1alpha | SMCB | structural maintenance of chromosomes 1A | - | HPRD，Biogrid | 11590136 |
| SMC3 | BAM | BMH | CDLS3 | CSPG6 | HCAP | SMC3L1 | structural maintenance of chromosomes 3 | Affinity Capture-Western | BioGRID | 11590136 |
| TNKS | PARP-5A |PARP5A |PARPL |tin1 |tinf1 |TNKS1 | tankyrase, TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase | - | HPRD，Biogrid | 12080061 |
| YEATS4 | 4930573H17rik |B230215M10RIK |gas41 |Nubi-1 |YAF9 | YEATS domain containing 4 | - | HPRD，Biogrid | 10913114 |
V.途径注释
| Pathway name | Pathway size | ＃szgr 2.0基因 | Info |
|---|---|---|---|
| BIOCARTA HIVNEF PATHWAY | 58 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BIOCARTA RANMS PATHWAY | 10 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID CASPASE PATHWAY | 52 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME CELL CYCLE | 421 | 253 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME CELL CYCLE MITOTIC | 325 | 185 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME RECRUITMENT OF MITOTIC CENTROSOME PROTEINS AND COMPLEXES | 66 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组募集NUMA到有丝分裂的中心体 | 10 | 8 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME MITOTIC G2 G2 M PHASES | 81 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Huttmann B Cll生存不佳 | 276 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 刘cmyb靶向 | 165 | 106 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RODRIGUES NTN1 TARGETS DN | 158 | 102 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gargalovic对氧化磷脂的反应绿色DN | 25 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nagashima NRG1信号传导DN | 58 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| lastowska神经母细胞瘤副本编号dn | 800 | 473 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lindgren膀胱癌簇2B | 392 | 251 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MYLLYKANGAS AMPLIFICATION HOT SPOT 23 | 24 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YANG BREAST CANCER ESR1 UP | 36 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LOPEZ MBD TARGETS | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 洛克伍德在肺癌中放大 | 214 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHANG RESPONSE TO IKK INHIBITOR AND TNF DN | 103 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mori小型BII淋巴细胞DN | 76 | 52 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SHEPARD BMYB MORPHOLINO DN | 200 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SHEPARD BMYB TARGETS | 74 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SHEPARD CRUSH AND BURN MUTANT DN | 185 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE INCIPIENT UP | 390 | 242 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kaab心脏中心与心室 | 249 | 170 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染14小时DN | 298 | 200 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BROWNE HCMV INFECTION 18HR DN | 178 | 121 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| XU GH1 AUTOCRINE TARGETS DN | 142 | 94 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| URS ADIPOCYTE DIFFERENTIATION DN | 30 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED | 1022 | 619 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 由Foxp3绑定的Marson未刺激 | 1229 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ RB1 TARGETS DN | 543 | 317 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Martinez TP53目标DN | 593 | 372 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN | 591 | 366 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RIZKI TUMOR INVASIVENESS 3D DN | 270 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DE YY1 TARGETS DN | 92 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP | 323 | 240 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RUIZ TNC TARGETS UP | 153 | 107 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 米利假足型haptotaxis dn | 668 | 419 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YAGI AML WITH T 8 21 TRANSLOCATION | 368 | 247 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BAE BRCA1 TARGETS DN | 32 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 惠特菲尔德细胞周期G2 | 182 | 102 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LEE BMP2 TARGETS UP | 745 | 475 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BILANGES SERUM SENSITIVE VIA TSC2 | 39 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D | 658 | 397 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RATTENBACHER BOUND BY CELF1 | 467 | 251 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Section VI. microRNA annotation
| miRNA family | Target position | mirna id | miRNA seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR start | UTR end | Match method | |||
| mir-124/506 | 79 | 85 | m8 | HSA-MIR-506 | UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA |
| hsa-miR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| mir-133 | 351 | 357 | m8 | hsa-miR-133a | UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU |
| hsa-miR-133b | UUGGUCCCCUUCAACCAGCUA | ||||
| miR-543 | 623 | 629 | 1A | HSA-MIR-543 | AAACAUUCGCGGUGCACUUCU |