基因页：OPCML

概括？
基因 4978
象征 OPCML
同义词 iglon1 | obcam | opcm
描述 阿片类结合蛋白/细胞粘附分子样
参考 MIM：600632|HGNC：HGNC：8143|ENSEMBL：ENSG00000183715|HPRD：07198|Vega：Otthumg00000163658
基因类型 蛋白质编码
地图位置 11Q25
Pascal P值 2.958E-4
Sherlock P值 0.124
DMG 2（＃研究）
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 细胞粘附和透射信号传导
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS
G2CDB.HUMAN_CLATHRIN
g2cdb.human_synaptosom
COMPOSITESET

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
CV：GWASDB 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 2
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 2
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：31

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
CG02224864 11 132934554 OPCML 1.081E-4 -0.408 0.028 DMG：Wockner_2014
CG02338757 11 132814117 OPCML 1.51E-9 -0.011 1.41E-6 DMG：JAFFE_2016

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS4366501 Chr11 133380324 OPCML 4978 0.11 顺式
RS7708940 CHR5 150789050 OPCML 4978 0.12 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

时间变化的基因表达（brainspan）

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
杂志 0.95 0.90
CNP 0.95 0.87
FA2H 0.95 0.90
KLK6 0.93 0.88
Adamts4 0.93 0.91
PLP1 0.93 0.89
GJC2 0.93 0.86
PMP22 0.93 0.90
HSPA2 0.92 0.88
TF 0.92 0.88
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
trnau1ap -0.53 -0.66
nkiras2 -0.53 -0.60
tubb2b -0.52 -0.71
NR2C2AP -0.52 -0.68
KIAA1949 -0.51 -0.63
AIM2 -0.51 -0.73
YBX1 -0.51 -0.68
HN1 -0.51 -0.59
ZNF821 -0.50 -0.61
IFT52 -0.50 -0.65

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
去：0004985 阿片受体活性 塔斯 1333602
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0008038 神经元识别 塔斯 神经元（GO期限：4） 7891157
去：0007155 细胞粘附 塔斯 7721093
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005886 质膜 塔斯 1333602
去：0005887 质膜的积分 塔斯 1333602
GO：0031225 锚定在膜上 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
甲状腺癌 443 294 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pujana ATM PCC网络 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stark前额叶皮层22Q11删除 195 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
结肠癌中甲基化的甲基化 27 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
哈里斯脑癌祖细胞 44 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riggi ewing肉瘤祖先 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML带有Inv 16易位 422 277 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen MEF ICP，带有H3K4ME3和H3K27ME3 38 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen IPS ICP带有H3K4ME3和H327Me3 126 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen ES ICP带有H3K4ME3和H3K27ME3 137 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim所有疾病Calb1 Corr Up 548 370 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gobert核心少突胶质细胞分化 40 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang EGF间隔 105 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-134 1209 1215 M8 HSA-MIR-134脑 ugugacuggugaccagaggg
mir-190 39 45 1a HSA-MIR-190 ugauuauguuugauauauauaggu
mir-194 5120 5126 1a HSA-MIR-194 uguaacagcaacuccauga
mir-196 5101 5107 M8 HSA-MIR-196A uagguaguucauguugugug
HSA-MIR-196B uagguaguucuuguugg
mir-224 1630 1636年 1a HSA-MIR-224 caagucacuaguguguccuuua
mir-376c 4942 4948 M8 HSA-MIR-376C aacauagaggaaauuccacg
mir-379 203 209 1a HSA-MIR-379脑 UgguagacuauggaaCGUA
mir-452 1665年 1672年 1A，M8 HSA-MIR-452 UguuugcaggaaacugagaC
HSA-MIR-452 UguuugcaggaaacugagaC
mir-494 1589年 1595年 1a HSA-MIR-494脑 ugaaacauacgggaaaccucuu
mir-9 3242 3248 M8 HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga
mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 1644年 1650 M8 HSA-MIR-93脑 aaagugcuguucgugcagguag
HSA-MIR-302A uaagugcuugcauguuuguga
HSA-MIR-302B uaagugcuuccauguuuaguag
HSA-MIR-302C uaagugcuuccauguucagugg
HSA-MIR-302D Uaagugcuauguugugugu
HSA-MIR-372 aaagugcugcgacauuugagcgu
HSA-MIR-373 Gaagugcuucgauuuggggugu
HSA-MIR-520E Aaagugcuuuuuugaggg
HSA-MIR-520A aaagugcuucccuuguggugu
HSA-MIR-520B aaagugcuuuuuuagaggg
HSA-MIR-520C aaagugcuuuuuuaggggug
HSA-MIR-520D aaaguguuugugggguggguu