Gene Page:P4HB

Summary？
基因 5034
象征 P4HB
Synonyms CLCRP1|DSI|ERBA2L|GIT|P4Hbeta|PDI|PDIA1|PHDB|PO4DB|PO4HB|PROHB
Description 脯氨酰4-羟化酶亚基β
Reference MIM：176790|HGNC：HGNC：8548|Ensembl:ENSG00000185624|HPRD：07181|Vega:OTTHUMG00000150269
基因类型 蛋白质编码
Map location 17Q25
Pascal p-value 0.867
Sherlock p-value 1
DMG 1(# studies)
主持人 小脑
皮质
Support RNA和蛋白质合成

Gene in Data Sources
基因集名称 Method of gene set Description 信息
CV:PGCnp 全基因组协会研究 GWAS
DMG：Nishioka_2013 全基因组DNA甲基化分析 作者研究了来自18例第一期精神分裂症（FESZ）和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 1
Network Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network PPI网络中最短路径的贡献：0.7758

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

Probe 染色体 位置 最近的基因 p（dis） Beta (dis) fdr（dis） 学习
CG15882999 17 79818726 P4HB -0.02 0.76 DMG：Nishioka_2013


第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
Gene 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
ICMT 0.84 0.81
SPOCK2 0.80 0.78
SLC7A8 0.79 0.84
inpp4b 0.79 0.77
PEG3AS 0.78 0.75
KIAA1324L 0.78 0.77
RNF6 0.78 0.80
SGPP2 0.78 0.74
srpr 0.78 0.84
Cyld 0.78 0.79
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
EMID1 -0.39 -0.41
KLHL1 -0.37 -0.04
WDR86 -0.37 -0.36
SCUBE1 -0.36 -0.30
SLA -0.36 -0.02
DACT1 -0.36 -0.03
TMEM108 -0.35 -0.09
mpped1 -0.35 -0.13
Neurod2 -0.35 -0.14
Neurod6 -0.34 -0.17

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0003756 蛋白质二硫异构酶活性 TAS 2846539
去：0005515 蛋白质结合 IPI 17055437|17353931
去：0004656 Procollagen-丙酸酯4-二加氧酶活性 艾达 7753822
GO:0016853 异构酶活性 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO：0018401 peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline 艾达 7753822
GO:0045454 细胞氧化还原稳态 IEA -
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005792 microsome IEA -
去：0005793 ER-Golgi中间室 艾达 15308636
去：0005788 内质网腔 IEA -
去：0005576 细胞外区域 nas 14718574
去：0005783 内质网 IEA -
去：0005783 内质网 TAS 3034602
去：0009986 细胞表面 艾达 12493773
去：0005886 plasma membrane IEA -
GO：0042470 melanosome IEA -

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者 别名b 官方全名b 实验 Source PubMed ID
CD2BP2 FWP010 |lin1 |SNU40 |U5-52K CD2（细胞质尾巴）结合蛋白2 Affinity Capture-MS Biogrid 17353931
Col1a1 OI4 collagen, type I, alpha 1 - HPRD 1339453
Col1a2 OI4 collagen, type I, alpha 2 - HPRD,BioGRID 10329688
CUL2 MGC131970 cullin 2 Affinity Capture-MS Biogrid 17353931
EIF4A2 BM-010 |ddx2b |EIF4A |EIF4F 真核翻译起始因子4a，同工型2 Affinity Capture-MS Biogrid 17353931
ELF3 EPR-1 | ERT | ESE-1 | ESX E74样因子3（ETS域转录因子，上皮特异性） Affinity Capture-MS Biogrid 17353931
ero1l ERO1-alpha ERO1样（S. cerevisiae） - HPRD,BioGRID 11707400
ERO1LB - ERO1样β（S. cerevisiae） - HPRD,BioGRID 11847130
Fez1 - 束状和伸长蛋白1 (zyginζI) Two-hybrid Biogrid 16169070
P4HA2 - Procollagen-丙啉，2-氧基谷物4-二氧酶（脯氨酸4-羟化酶），α多肽II - HPRD 7753822
P4HA3 - Procollagen-丙啉，2-氧基谷物4-二氧酶（脯氨酸4-羟化酶），α多肽III - HPRD 12874193|14500733
PTN 竖琴|HBGF8 |hbnf |negf1 pleiotiotirophin Two-hybrid Biogrid 16169070
PUF60 FIR | FLJ31379 | RoBPI | SIAHBP1 poly-U结合剪接因子60kDa Affinity Capture-MS Biogrid 17353931
TG AITD3 |TGN thyroglobulin - HPRD,BioGRID 10636893
TNFRSF14 ATAR | HVEA | HVEM | LIGHTR | TR2 肿瘤坏死因子受体超家族，成员14（疱疹病毒进入介质） Affinity Capture-MS Biogrid 17353931
Trip6 MGC10556 |MGC10558 |MGC29959 |MGC3837 |MGC4423 |OIP1 |ZRP-1 甲状腺激素受体相互作用6 Affinity Capture-MS Biogrid 17353931
UBQLN1 DA41 |DSK2 |FLJ90054 |plic-1 |XDRP1 ubiquilin 1 - HPRD,BioGRID 12095988


Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
Biocarta HIF途径 15 12 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta VITCB途径 11 6 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ST整合素信号通路 82 62 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME EXTRACELLULAR MATRIX ORGANIZATION 87 42 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome胶原蛋白形成 58 31 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME METABOLISM OF LIPIDS AND LIPOPROTEINS 478 302 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome脂质消化和运输 46 37 All SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组脂蛋白代谢 28 24 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Chylomicron介导的脂质转运 16 15 All SZGR 2.0 genes in this pathway
中村肿瘤区周围与中央DN 634 384 All SZGR 2.0 genes in this pathway
OSMAN BLADDER CANCER UP 404 246 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 1 UP 380 236 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 2 UP 418 263 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Tien肠益生菌24小时DN 214 133 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chow RASSF1目标DN 29 19 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE UP 530 342 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Lindgren膀胱癌簇1 DN 378 231 All SZGR 2.0 genes in this pathway
lastowska神经母细胞瘤复制编号 181 108 All SZGR 2.0 genes in this pathway
RASHI RESPONSE TO IONIZING RADIATION 5 147 89 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LI LUNG CANCER 41 30 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LI AMPLIFIED IN LUNG CANCER 178 108 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MYC增强的Schlosser血清反应 108 74 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER DN 203 134 All SZGR 2.0 genes in this pathway
留置权乳腺癌变质 35 25 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NUYTTEN NIPP1 TARGETS DN 848 527 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Schaeffer前列腺开发6小时DN 514 330 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PASQUALUCCI LYMPHOMA BY GC STAGE UP 283 177 All SZGR 2.0 genes in this pathway
TARTE PLASMA CELL VS B LYMPHOCYTE UP 78 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Ross AML与PML RARA FUSION 77 62 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CHEN LUNG CANCER SURVIVAL 28 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SHIPP DLBCL VS FOLLICULAR LYMPHOMA UP 45 30 All SZGR 2.0 genes in this pathway
与FLT3突变DN的大风APL 17 10 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REN ALVEOLAR RHABDOMYOSARCOMA DN 408 274 All SZGR 2.0 genes in this pathway
伊万诺娃造血晚期祖先 544 307 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Yamazaki TCEB3靶向 175 116 All SZGR 2.0 genes in this pathway
罗德韦尔老化的肾脏没有血液 222 139 All SZGR 2.0 genes in this pathway
RODWELL AGING KIDNEY UP 487 303 All SZGR 2.0 genes in this pathway
RAMASWAMY METASTASIS UP 66 43 All SZGR 2.0 genes in this pathway
江缺氧正常 311 205 All SZGR 2.0 genes in this pathway
肺癌和成纤维细胞的钟分泌组 132 93 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CAMPS COLON CANCER COPY NUMBER UP 92 45 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SMID BREAST CANCER ERBB2 UP 147 83 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Qi Plasmacytoma dn 100 63 All SZGR 2.0 genes in this pathway
对Salirasib的反应 245 159 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Valk AML群集12 30 20 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Jison Sickle细胞疾病 181 106 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NGO MALIGNANT GLIOMA 1P LOH 17 13 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CAIRO HEPATOBLASTOMA CLASSES UP 605 377 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KIM BIPOLAR DISORDER OLIGODENDROCYTE DENSITY CORR UP 682 440 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Johnstone Parvb目标3 430 288 All SZGR 2.0 genes in this pathway
棕熊UVC响应迟到 1137 655 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pedrioli mir31靶向DN 418 245 All SZGR 2.0 genes in this pathway
山乳房干细胞DN 146 88 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-188 201 207 M8 HSA-MIR-188 cucccuugcaugguggggu
mir-204/211 200 206 M8 hsa-miR-204brain UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU
hsa-miR-211 UUCCCUUUGUCAUCCUUCGCCU