基因页:PCSK6
Summary?
GeneID | 5046 |
Symbol | PCSK6 |
同义词 | PACE4 | SPC4 |
描述 | 普罗蛋白转化酶枯草蛋白/KEXIN类型6 |
参考 | MIM:167405|HGNC:HGNC:8569|ENSEMBL:ENSG00000140479|HPRD:01329|Vega:Otthumg00000172097 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 15Q26.3 |
Pascal P值 | 0.028 |
胎儿β | -1.464 |
主持人 | 小脑半球 |
Gene in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizotypy,schizophrenias,schizotypal | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | Hits with neuro-related keywords: 2 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/PCSK6_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0004252 | 丝氨酸型内肽酶活性 | IEA | 谷氨酸(GO期限:7) | - |
去:0005509 | calcium ion binding | IEA | - | |
去:0008201 | 肝素约束 | 艾达 | 12535616 | |
去:0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
去:0008233 | 肽酶活性 | IEA | - | |
GO:0048406 | 神经生长因子结合 | 艾达 | 8615794 | |
GO:0043499 | eukaryotic cell surface binding | 艾达 | 12535616 | |
Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0032902 | 神经生长因子产生 | 艾达 | 神经元(GO期限:11) | 8615794 |
去:0009100 | 糖蛋白代谢过程 | 艾达 | 8218226 | |
去:0006508 | 蛋白水解 | IEA | - | |
去:0007368 | 确定左/右对称性 | IEA | - | |
去:0007354 | 前轴的二吻性测定,胚胎 | IEA | - | |
GO:0051605 | 通过蛋白水解蛋白质成熟 | 艾达 | 8218226|9242664|9738469 |
|
去:0030510 | BMP信号通路的调节 | 塔斯 | 10467177 | |
GO:0032940 | 细胞分泌 | 艾达 | 8615794 | |
GO:0032455 | 神经生长因子处理 | EXP | 12787574 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005796 | Golgi lumen | EXP | 8615794 | |
去:0005576 | 细胞外区域 | IEA | - | |
去:0005615 | 细胞外空间 | 艾达 | 8906861 | |
去:0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
去:0005625 | 可溶性部分 | 艾达 | 8218226 | |
去:0005783 | 内质网 | IEA | - | |
GO:0016020 | 膜 | IEA | - | |
GO:0009986 | 细胞表面 | 艾达 | 12535616 | |
GO:0031012 | 细胞外基质 | 艾达 | 12535616 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-124.1 | 1135 | 1142 | 1A,M8 | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
mir-124/506 | 1135 | 1141 | 1a | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
mir-21 | 1019 | 1026 | 1A,M8 | HSA-MIR-21脑 | UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA |
hsa-miR-590 | GAGCUUAUUCAUAAAAGUGCAG | ||||
mir-543 | 1288 | 1294 | 1a | HSA-MIR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |
mir-544 | 327 | 333 | 1a | HSA-MIR-544 | auucugcauuuuuuagcaagu |
mir-9 | 321 | 327 | M8 | HSA-MIR-9SZ | ucuuuguuaucuagcuguauga |