Gene Page:PCDH9

概括?
GeneID 5101
Symbol PCDH9
同义词 -
描述 protocadherin 9
参考 MIM:603581|HGNC:HGNC:8661|Ensembl:ENSG00000184226|HPRD:04661|Vega:OTTHUMG00000017040
Gene type protein-coding
Map location 13q21.32
Pascal p-value 3.949E-4
Sherlock P值 0.227
度p-value DEG：Zhao_2015:p=5.41e-05:q=0.0489
Fetal beta -2.838
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
Support COMPOSITESET
Darnell FMRP targets

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DEG：Zhao_2015 RNA测序分析 Transcriptome sequencing and genome-wide association analyses reveal lysosomal function and actin cytoskeleton remodeling in schizophrenia and bipolar disorder.
PMID:cooccur 高通量文献搜索 系统的搜索PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs9355389 chr6 162623892 PCDH9 5101 0.17 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005509 钙离子结合 IEA -
GO:0005515 protein binding IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007155 细胞粘附 IEA -
GO:0007156 homophilic cell adhesion IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0016020 膜 IEA -
GO:0016021 integral to membrane IEA -
GO:0005886 plasma membrane IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
家长mtor信号向上 567 375 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU PROSTATE CANCER DN 481 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
vecchi胃癌早期DN 367 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUP98 HOXA9 Fusion 6hr的Takeda目标 85 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUP98 HOXA9 Fusion 3D的Takeda目标 182 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 8D UP 157 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SABATES COLORECTAL ADENOMA DN 291 176 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graham CML静止与CML分裂 23 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAHAM CML QUIESCENT VS NORMAL QUIESCENT DN 47 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAHAM CML DIVIDING VS NORMAL DIVIDING DN 10 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graham CML划分与正常静止DN 95 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAHAM NORMAL QUIESCENT VS NORMAL DIVIDING UP 66 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
多德鼻咽癌 1821 933 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 XPCS UP 28 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 TTD UP 64 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YORDY RECIPROCAL REGULATION BY ETS1 AND SP100 DN 87 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 UP 309 199 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发48小时 487 286 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 2 UP 256 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIN APC TARGETS 77 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSS AML OF FAB M7 TYPE 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Haslinger B Cll具有突变的VH基因 18 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION UP 140 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HADDAD B LYMPHOCYTE PROGENITOR 293 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 20HR UP 240 152 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL LONG TERM 302 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP 428 266 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 10HR UP 101 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION UP 461 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SARRIO EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION DN 154 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riggi ewing肉瘤祖先 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
巴索毛毛细胞白血病DN 80 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONCI TARGETS OF MIR15A AND MIR16 1 91 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL UP 260 174 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALONSO METASTASIS EMT DN 5 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALONSO METASTASIS DN 26 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAUCH HEDGEHOG SIGNALING PARACRINE DN 264 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
吴阿尔茨海默氏病 14 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAN SATB1 TARGETS DN 442 275 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VALK AML CLUSTER 1 28 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIARETTI T ALL REFRACTORY TO THERAPY 30 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen NPC ICP带有H3K4Me3 445 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOLLEMAN DAUNORUBICIN B ALL UP 10 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Durand Stroma ns 162 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124/506 1186 1192 m8 hsa-miR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-138 1306 1312 1A hsa-miR-138脑 AGCUGGUGUUGUGAAUC
miR-141/200a 1147 1153 1A hsa-miR-141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
HSA-MIR-200A UAACACUGUCUGGUAACGAUGU
hsa-miR-141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
HSA-MIR-200A UAACACUGUCUGGUAACGAUGU
mir-15/16/195/424/497 277 284 1A,m8 hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
mir-155 459 466 1A,m8 hsa-miR-155 UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGG
mir-185 213 219 1A hsa-miR-185脑 Uggagaaaggcaguuc
miR-188 1239 1246 1A,m8 hsa-miR-188 CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU
mir-190 345 351 m8 hsa-miR-190 ugauuauguuugauauauauaggu
miR-204/211 1238 1244 m8 HSA-MIR-204脑 Uucccuuugucauccuaugccu
HSA-MIR-211 uucccuuugucauccuucgccu
miR-25/32/92/363/367 1797年 1803 1A HSA-MIR-25脑 CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA
hsa-miR-32 UAUUGCACAUUACUAAGUUGC
hsa-miR-92 UAUUGCACUUGUCCCGGCCUG
hsa-miR-367 AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA
hsa-miR-92bSZ UAUUGCACUCGUCCCGGCCUC
miR-26 421 427 m8 hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
miR-320 60 66 1A HSA-MIR-320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
miR-323 1177 1183 m8 HSA-MIR-323脑 GCACAUUACACGGUCGACCUCU
miR-325 196 202 1A HSA-MIR-325 CCUAGUAGGUGUCCAGUAAGUGU
miR-326 217 223 1A HSA-MIR-326 ccucugggcccuccag
miR-335 1792年 1798年 m8 HSA-MIR-335脑 UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU
mir-361 1571年 1577 m8 hsa-miR-361脑 UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC
mir-363 1373 1380 1A,m8 hsa-miR-363 AUUGCACGGUAUCCAUCUGUAA
mir-376 282 288 1A hsa-miR-376a AUCAUAGAGGAAAAUCCACGU
hsa-miR-376b AUCAUAGAGGAAAAUCCAUGUU
miR-409-3p 1206 1212 m8 hsa-miR-409-3p CGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU
hsa-miR-409-3p CGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU
miR-448 296 302 m8 HSA-MIR-448 uugcauauguaggauguccccau
miR-452 1375 1382 1A,m8 HSA-MIR-452 UguuugcaggaaacugagaC
mir-495 1412 1418 1A hsa-miR-495脑 AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU
miR-503 278 284 1A hsa-miR-503 uagcagcgggaacaguucugcag
miR-505 1090 1096 1A hsa-miR-505 GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC
hsa-miR-505 GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC
miR-543 1349 1355 1A HSA-MIR-543 AAACAUUCGCGGUGCACUUCU