基因页：PCM1

概括?
基因ID 5108
Symbol PCM1
同义词 PTC4|RET/PCM-1
描述 丁香三元材料1
参考 MIM:600299|HGNC:HGNC:8727|Ensembl：ENSG0000000078674|HPRD:02624|Vega：Otthumg00000163699
基因type protein-coding
地图位置 8p22-p21.3
Pascal P值 0.196
Sherlock P值 0.53
Fetal beta 1.254
eGene 前扣带回皮层BA24
尾状基底神经节
小脑半球
Cerebellum
Cortex
额叶皮质BA9
Hippocampus
下丘脑
Nucleus accumbens basal ganglia
梭子基底神经节
迈尔斯的顺式和跨性别
Meta
支持 Ascano FMRP targets

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Association 组合的优势比方法（Sun et al. 2008），协会研究 2 链接到Szgene
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.031
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） Psr: 0.03086
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） PSR：0.00057
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症Co-occurance keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs6986061 chr8 17637673 PCM1 5108 0.05 cis
RS11779988 8 17784414 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.302E-8 0 4065 gtex_brain_ba24
RS4124899 8 17785258 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.484e-8 0 4909 gtex_brain_ba24
rs13261745 8 17787005 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.879E-8 0 6656 gtex_brain_ba24
RS12335048 8 17788261 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.172E-7 0 7912 gtex_brain_ba24
rs478420 8 17792853 PCM1 ENSG0000000078674.13 3.329E-8 0 12504 gtex_brain_ba24
RS916550 8 17793084 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.496E-6 0 12735 gtex_brain_ba24
rs850835 8 17793638 PCM1 ENSG0000000078674.13 3.317E-8 0 13289 gtex_brain_ba24
rs28655174 8 17804665 PCM1 ENSG0000000078674.13 4.753E-7 0 24316 gtex_brain_ba24
rs13258901 8 17857028 PCM1 ENSG0000000078674.13 7.498E-8 0 76679 gtex_brain_ba24
RS6586676 8 17857445 PCM1 ENSG0000000078674.13 7.501E-8 0 77096 gtex_brain_ba24
rs7825899 8 17857880 PCM1 ENSG0000000078674.13 4.872E-7 0 77531 gtex_brain_ba24
rs34027006 8 17871902 PCM1 ENSG0000000078674.13 2.57E-8 0 91553 gtex_brain_ba24
rs433342 8 17747876 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.445E-6 0 -32473 gtex_brain_putamen_basal
rs6983087 8 17751776 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.635E-6 0 -28573 gtex_brain_putamen_basal
RS11779988 8 17784414 PCM1 ENSG0000000078674.13 8.456e-8 0 4065 gtex_brain_putamen_basal
RS4124899 8 17785258 PCM1 ENSG0000000078674.13 8.183E-8 0 4909 gtex_brain_putamen_basal
rs13261745 8 17787005 PCM1 ENSG0000000078674.13 2.386E-8 0 6656 gtex_brain_putamen_basal
RS12335048 8 17788261 PCM1 ENSG0000000078674.13 5.586E-8 0 7912 gtex_brain_putamen_basal
rs417088 8 17791218 PCM1 ENSG0000000078674.13 3.332E-7 0 10869 gtex_brain_putamen_basal
rs478420 8 17792853 PCM1 ENSG0000000078674.13 5.336E-10 0 12504 gtex_brain_putamen_basal
RS916550 8 17793084 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.117E-6 0 12735 gtex_brain_putamen_basal
rs850835 8 17793638 PCM1 ENSG0000000078674.13 5.075e-10 0 13289 gtex_brain_putamen_basal
rs7839778 8 17798992 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.519E-6 0 18643 gtex_brain_putamen_basal
RS10108545 8 17799241 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.732E-6 0 18892 gtex_brain_putamen_basal
rs11203928 8 17800450 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.732E-6 0 20101 gtex_brain_putamen_basal
RS208771 8 17800472 PCM1 ENSG0000000078674.13 9.042E-7 0 20123 gtex_brain_putamen_basal
RS208770 8 17800896 PCM1 ENSG0000000078674.13 9.042E-7 0 20547 gtex_brain_putamen_basal
rs2299593 8 17802370 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.532E-6 0 22021 gtex_brain_putamen_basal
rs28655174 8 17804665 PCM1 ENSG0000000078674.13 2.043E-7 0 24316 gtex_brain_putamen_basal
rs2299597 8 17809011 PCM1 ENSG0000000078674.13 1.734E-6 0 28662 gtex_brain_putamen_basal

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
ZC3H11A 0.85 0.85
TAF1 0.85 0.85
LRCH3 0.85 0.87
ZSCAN29 0.85 0.85
ZNF318 0.85 0.85
UBR5 0.85 0.86
cdc2l5 0.84 0.84
PTPN21 0.84 0.86
SETD5 0.84 0.84
ZFYVE26 0.83 0.86
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
IFI27 -0.65 -0.71
AF347015.31 -0.63 -0.70
MT-CO2 -0.62 -0.69
higd1b -0.61 -0.70
MYL3 -0.60 -0.68
AF347015.27 -0.60 -0.66
AF347015.21 -0.60 -0.74
FXYD1 -0.60 -0.66
VAMP5 -0.59 -0.68
C5orf53 -0.58 -0.59

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding 新闻学会 15107855
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0042384 cilium biogenesis 小鬼 17574030
GO:0042384 cilium biogenesis 塔斯 14520415
GO:0051297 centrosome organization 小鬼 17574030
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO：0000242 丁香三元材料 塔斯 8120099
GO:0005856 cytoskeleton IEA -
GO:0005737 细胞质 塔斯 8120099
GO：0034451 centriolar satellite IDA 17574030
GO:0031513 nonmotile primary cilium IDA 17574030

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
ABI2 ABI-2 | ABI2B | AIP-1 | AblBP3 | SSH3BP2 | argBPIA | argBPIB abl interactor 2 两个杂交 BioGRID 16189514
BBS4 - Bardet-Biedl综合征4 - HPRD，Biogrid 15107855
CCDC53 CGI-116 包含53 两个杂交 BioGRID 16189514
CEP72 FLJ10565 |KIAA1519 |MGC5307 中心蛋白72KDA 两个杂交 BioGRID 16189514
EPS8 - epidermal growth factor receptor pathway substrate 8 两个杂交 BioGRID 16189514
EXOC8 EXO84 | Exo84p | SEC84 外囊复合物分量8 两个杂交 BioGRID 16189514
HAP1 HAP2 | HIP5 | HLP | hHLP1 huntingtin-associated protein 1 - HPRD，Biogrid 9361024
ING5 FLJ23842 |p28ing5 inhibitor of growth family, member 5 两个杂交 BioGRID 16189514
KIAA0368 ECM29 |FLJ22036 |KIAA1962 |RP11-386D8.2 KIAA0368 两个杂交 BioGRID 16189514
KRT15 CK15 | K15 | K1CO keratin 15 两个杂交 BioGRID 16189514
KRT19 CK19 | K19 | K1CS | MGC15366 keratin 19 两个杂交 BioGRID 16189514
PCNT KEN | MOPD2 | PCN | PCNT2 | PCNTB | PCTN2 | SCKL4 pericentrin - HPRD，Biogrid 11171385
TTC8 BBS8 tetratricopeptide repeat domain 8 - HPRD 14520415


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
REACTOME CELL CYCLE 421 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE MITOTIC 325 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME RECRUITMENT OF MITOTIC CENTROSOME PROTEINS AND COMPLEXES 66 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME LOSS OF NLP FROM MITOTIC CENTROSOMES 59 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MITOTIC G2 G2 M PHASES 81 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOLLMANN APOPTOSIS VIA CD40 UP 201 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS DN 463 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEURIG T CELL PROLYMPHOCYTIC LEUKEMIA DN 320 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因
胶原蛋白凝胶DN中的Oswald造血干细胞 275 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MYLLYKANGAS AMPLIFICATION HOT SPOT 9 8 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOMLINS METASTASIS DN 20 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STARK PREFRONTAL CORTEX 22Q11 DELETION DN 517 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿斯顿主要抑郁症 49 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GUO HEX TARGETS UP 81 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARK HSC MARKERS 44 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性2 473 224 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群P2 79 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS UP 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ TP53 TARGETS UP 602 364 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS UP 601 369 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL OPTIMAL DEBULKING 246 152 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS UP 425 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王肿瘤的侵入性 374 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP 323 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YOSHIMURA MAPK8 TARGETS DN 366 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标36小时DN 185 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Han Satb1靶向 395 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PECE MAMMARY STEM CELL DN 146 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL UP 289 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 1ST EGF PULSE ONLY 1839年 928 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-496 90 96 1A hsa-miR-496 AUUACAUGGCCAAUCUC