Gene Page:TNFRSF12A

概括?
基因 51330
象征 TNFRSF12A
Synonyms CD266|FN14|TWEAKR
Description tumor necrosis factor receptor superfamily member 12A
Reference MIM：605914|HGNC:HGNC:18152|Ensembl:ENSG00000006327|HPRD:05801|Vega:OTTHUMG00000129001
Gene type protein-coding
Map location 16p13.3
Pascal p-value 0.467
Fetal beta -0.567
DMG 1 (# studies)
eGene Myers' cis & trans

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关的关键字的命中：1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg05336707 16 3070470 TNFRSF12A 3.95E-5 -0.808 0.02 DMG:Wockner_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance EQTL类型
rs7737662 chr5 52624188 TNFRSF12A 51330 0.02 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

No co-expressed genes in brain regions


Section III. Gene Ontology annotation

分子功能 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0004872 receptor activity IEA -
GO:0005515 protein binding IEA -
生物过程 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0045773 轴突延伸的正调节 IEA Axon（GO术语级别：15） -
GO:0001525 angiogenesis IEA -
GO:0007155 cell adhesion IEA -
GO:0008219 细胞死亡 IEA -
去：0006931 substrate-bound cell migration, cell attachment to substrate IEA -
去：0006928 cell motion TAS 10551889
去：0006915 凋亡 IEA -
GO:0007275 multicellular organismal development TAS 10551889
GO:0030154 cell differentiation IEA -
Cellular component GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0001726 荷叶边 IEA -
去：0016020 membrane IEA -
GO：0016021 integral to membrane IEA -
去：0009986 cell surface IEA -
GO:0005886 plasma membrane IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG CYTOKINE CYTOKINE RECEPTOR INTERACTION 267 161 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASAKI YBX1 TARGETS UP 290 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG CLIM2 TARGETS DN 186 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 TARGETS UP 457 269 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS UP 238 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAGASHIMA NRG1 SIGNALING UP 176 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAGASHIMA EGF SIGNALING UP 58 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS UP 214 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED UP 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOKKINAKIS METHIONINE DEPRIVATION 48HR UP 128 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOKKINAKIS METHIONINE DEPRIVATION 96HR DN 75 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LAU APOPTOSIS CDKN2A UP 55 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton Akt1通过mtor dn信令 23 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG ESOPHAGUS CANCER VS NORMAL UP 121 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG ESOPHAGUS CANCER PROGRESSION UP 9 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房3 4WK 214 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK UP 271 175 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 6 7WK DN 79 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN TERMINAL END BUD UP 12 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BEGUM TARGETS OF PAX3 FOXO1 FUSION DN 45 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DARWICHE PAPILLOMA PROGRESSION RISK 74 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
悍马皮肤癌进展 88 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIEN BREAST CARCINOMA METAPLASTIC VS DUCTAL UP 83 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM3 70 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FUJIWARA PARK2 IN LIVER CANCER UP 8 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Nanog目标 988 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT EGF RESPONSE 480 HELA 164 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Amit EGF响应240 MCF10A 20 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIKOLSKY BREAST CANCER 16P13 AMPLICON 120 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zeilstra CD44靶向DN 7 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS UP 126 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REN ALVEOLAR RHABDOMYOSARCOMA DN 408 274 该途径中的所有SZGR 2.0基因
《图片报》极品致癌签名 261 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS 212 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC MYC TARGETS 217 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS REQUIRE MYC 210 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM WNT PATHWAY REQUIRE MYC 58 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOSTER TOLERANT MACROPHAGE DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JEPSEN SMRT TARGETS 33 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMUNDSON POOR SURVIVAL AFTER GAMMA RADIATION 8G 95 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伽玛辐射2G后的生存率不佳 171 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SARRIO EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION UP 180 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARZEC IL2 SIGNALING UP 115 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WORSCHECH TUMOR REJECTION DN 10 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VART KSHV INFECTION ANGIOGENIC MARKERS DN 138 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUIZ TNC DN的目标 142 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANG CORE SERUM RESPONSE UP 212 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN PLASMA CELL VS MATURE B LYMPHOCYTE 67 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN ACTIVATED B LYMPHOCYTE 81 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足型haptotaxis dn 668 419 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOBAYASHI EGFR SIGNALING 24HR DN 251 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOURNIER ACINAR DEVELOPMENT LATE 2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG WERNER SYNDROM AND NORMAL AGING UP 93 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN ADENOVIRUS INFECTION 12HR DN 33 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN ADENOVIRUS INFECTION 24HR DN 43 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN ADENOVIRUS INFECTION 32HR DN 39 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN ADENOVIRUS INFECTION 48HR DN 40 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Karlsson TGFB1靶向 127 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHYLA CBFA2T3 TARGETS UP 387 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bruins通过TP53组B响应UVC响应 549 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS UP 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smad2或Smad3的Koinuma目标 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SERVITJA LIVER HNF1A TARGETS UP 135 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1靶向10小时 199 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Delacroix Rarg Bound MEF 367 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Delacroix RAR目标 48 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL UP 289 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

mirna家族 Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-140 102 108 1A hsa-miR-140brain agugguuuuacccuaugguag
miR-19 267 274 1A,m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga