基因页面:TRAPPC4
总结吗?
| GeneID | 51399年 |
| 象征 | TRAPPC4 |
| 同义词 | cgi - 104 | HSPC172 | PTD009 | SBDN | SYNBINDIN | TRS23 |
| 描述 | 贩卖蛋白质粒子复杂4 |
| 参考 | MIM: 610971|HGNC: HGNC: 19943|运用:ENSG00000196655|HPRD: 18220|织女:OTTHUMG00000166351 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 11 q23.3 |
| 帕斯卡假定值 | 0.01 |
| 夏洛克假定值 | 0.93 |
| 胎儿β | 0.743 |
| DMG | 1(#研究) |
| eGene | 前扣带皮层BA24 尾状基底神经节 小脑半球 小脑 皮质 额叶皮质BA9 海马体 下丘脑 伏隔核基底神经节 硬膜基底神经节 元 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Nishioka_2013 | 全基因组DNA甲基化分析 | 作者研究了DNA的甲基化概要首发精神分裂症患者外周血细胞从18岁(FESZ)和15名正常对照组。 | 1 |
| GSMA_I | 基因组扫描分析 | Psr: 0.006 | |
| GO_Annotation | neuro-related关键字映射到基因本体论注释 | 支安打与neuro-related关键词:3 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
不同甲基化基因
不同甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg22307649 | 11 | 118889171 | TRAPPC4 | -0.025 | 0.26 | DMG: Nishioka_2013 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs58709307 | 11 | 118877563 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.109 e-6 | 0.01 | -12290年 | gtex_brain_ba24 |
| rs11606357 | 11 | 118878222 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.066 e-6 | 0.01 | -11631年 | gtex_brain_ba24 |
| rs7120445 | 11 | 118879285 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.731 e-6 | 0.01 | -10568年 | gtex_brain_ba24 |
| rs11825284 | 11 | 118880012 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.73 e-6 | 0.01 | -9841年 | gtex_brain_ba24 |
| rs11607569 | 11 | 118880668 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.099 e-6 | 0.01 | -9185年 | gtex_brain_ba24 |
| rs60065241 | 11 | 118883491 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.019 e-6 | 0.01 | -6362年 | gtex_brain_ba24 |
| rs10111 | 11 | 118886117 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.614 e-6 | 0.01 | -3736年 | gtex_brain_ba24 |
| rs7131534 | 11 | 118886656 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.728 e-6 | 0.01 | -3197年 | gtex_brain_ba24 |
| rs7121270 | 11 | 118887568 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.057 e-6 | 0.01 | -2285年 | gtex_brain_ba24 |
| rs7105187 | 11 | 118887581 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.729 e-6 | 0.01 | -2272年 | gtex_brain_ba24 |
| rs11217124 | 11 | 118889132 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.002 e-6 | 0.01 | -721年 | gtex_brain_ba24 |
| rs11217125 | 11 | 118889185 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.692 e-6 | 0.01 | -668年 | gtex_brain_ba24 |
| rs4938621 | 11 | 118892277 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.072 e-6 | 0.01 | 2424年 | gtex_brain_ba24 |
| rs117289748 | 11 | 118892757 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.448 e-6 | 0.01 | 2904年 | gtex_brain_ba24 |
| rs143660533 | 11 | 118892759 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.448 e-6 | 0.01 | 2906年 | gtex_brain_ba24 |
| rs61179449 | 11 | 118892835 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.072 e-6 | 0.01 | 2982年 | gtex_brain_ba24 |
| rs58955701 | 11 | 118892872 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.072 e-6 | 0.01 | 3019年 | gtex_brain_ba24 |
| rs7127188 | 11 | 118893023 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.072 e-6 | 0.01 | 3170年 | gtex_brain_ba24 |
| rs111230411 | 11 | 118893134 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.362 e-6 | 0.01 | 3281年 | gtex_brain_ba24 |
| rs199590107 | 11 | 118893671 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.747 e-6 | 0.01 | 3818年 | gtex_brain_ba24 |
| rs111322300 | 11 | 118893878 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.448 e-6 | 0.01 | 4025年 | gtex_brain_ba24 |
| rs569 | 11 | 118894287 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.448 e-6 | 0.01 | 4434年 | gtex_brain_ba24 |
| rs11006 | 11 | 118895202 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.448 e-6 | 0.01 | 5349年 | gtex_brain_ba24 |
| rs8192696 | 11 | 118895686 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.043 e-6 | 0.01 | 5833年 | gtex_brain_ba24 |
| rs61506726 | 11 | 118831335 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.051 e-6 | 0 | -58518年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs10892315 | 11 | 118831727 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.339 e-6 | 0 | -58126年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs10892317 | 11 | 118832035 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.339 e-6 | 0 | -57818年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs113975105 | 11 | 118836606 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.351 e-6 | 0 | -53247年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs75067211 | 11 | 118854372 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.713 e-6 | 0 | -35481年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3887652 | 11 | 118856582 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.172 e-6 | 0 | -33271年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4938618 | 11 | 118867803 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.172 e-6 | 0 | -22050年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4445645 | 11 | 118868750 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.793 e-9 | 0 | -21103年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3737504 | 11 | 118869460 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.308 e - | 0 | -20393年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11822103 | 11 | 118869539 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.172 e-6 | 0 | -20314年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs6589713 | 11 | 118872404 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.169 e-6 | 0 | -17449年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4558175 | 11 | 118872581 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.347 e - | 0 | -17272年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4573680 | 11 | 118872741 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 7.509 e-8 | 0 | -17112年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs9645664 | 11 | 118873987 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.494 e - | 0 | -15866年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4936457 | 11 | 118875727 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.863 e-8 | 0 | -14126年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4936458 | 11 | 118875761 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.868 e-8 | 0 | -14092年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11403557 | 11 | 118875783 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 5.406 e-8 | 0 | -14070年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs58709307 | 11 | 118877563 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.187平台以及 | 0 | -12290年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11606357 | 11 | 118878222 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.126平台以及 | 0 | -11631年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7120445 | 11 | 118879285 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.027 e-11 | 0 | -10568年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs73559119 | 11 | 118879824 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.782 e-8 | 0 | -10029年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11825284 | 11 | 118880012 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.865 e-11 | 0 | -9841年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11607569 | 11 | 118880668 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.671 e-9 | 0 | -9185年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs73559126 | 11 | 118880727 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 2.766 e-6 | 0 | -9126年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11217122 | 11 | 118880740 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 5.777平台以及 | 0 | -9113年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs60065241 | 11 | 118883491 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 5.002平台以及 | 0 | -6362年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11828415 | 11 | 118884323 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.239 e - | 0 | -5530年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11821562 | 11 | 118884370 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.268 e - | 0 | -5483年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs61381062 | 11 | 118884708 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.013 e - | 0 | -5145年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs58601794 | 11 | 118884726 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.012 e - | 0 | -5127年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs59095933 | 11 | 118885161 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.373 e - | 0 | -4692年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs59608621 | 11 | 118885163 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.13 e - | 0 | -4690年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs10111 | 11 | 118886117 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.998 e-9 | 0 | -3736年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7131534 | 11 | 118886656 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.256 e-11 | 0 | -3197年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7121270 | 11 | 118887568 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.552 e-8 | 0 | -2285年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7105187 | 11 | 118887581 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.41 e-8 | 0 | -2272年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3916581 | 11 | 118887887 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.184 e - | 0 | -1966年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3916582 | 11 | 118887888 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.25 e - | 0 | -1965年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11602764 | 11 | 118888619 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.001 e - | 0 | -1234年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11820805 | 11 | 118888831 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.001 e - | 0 | -1022年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11217124 | 11 | 118889132 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.437 e-8 | 0 | -721年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11217125 | 11 | 118889185 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.767 e-8 | 0 | -668年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7113753 | 11 | 118889378 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 6.261 e - | 0 | -475年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3802884 | 11 | 118889810 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.175 e-6 | 0 | -43年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3802883 | 11 | 118889813 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.175 e-6 | 0 | -40年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3802882 | 11 | 118889822 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.175 e-6 | 0 | -31年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3802881 | 11 | 118890022 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.171 e-6 | 0 | 169年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs201538807 | 11 | 118890539 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 6.663 e - | 0 | 686年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4938621 | 11 | 118892277 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 5.278 e-11 | 0 | 2424年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs117289748 | 11 | 118892757 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.262平台以及 | 0 | 2904年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs143660533 | 11 | 118892759 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.259平台以及 | 0 | 2906年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs61179449 | 11 | 118892835 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.956 e-11 | 0 | 2982年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs58955701 | 11 | 118892872 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.935 e-11 | 0 | 3019年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs12280288 | 11 | 118892940 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.593 e-9 | 0 | 3087年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7127188 | 11 | 118893023 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.848 e-11 | 0 | 3170年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs111230411 | 11 | 118893134 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 8.216平台以及 | 0 | 3281年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs199590107 | 11 | 118893671 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.29 e-9 | 0 | 3818年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs111322300 | 11 | 118893878 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.068平台以及 | 0 | 4025年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs569 | 11 | 118894287 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.896 e-11 | 0 | 4434年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11006 | 11 | 118895202 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.896 e-11 | 0 | 5349年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs8192696 | 11 | 118895686 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 4.323 e-11 | 0 | 5833年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs2276072 | 11 | 118896115 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.904 e-8 | 0 | 6262年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs2276071 | 11 | 118896116 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 1.9 e-8 | 0 | 6263年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs57156480 | 11 | 118896959 | TRAPPC4 | ENSG00000196655.5 | 3.587 e-8 | 0 | 7106年 | gtex_brain_putamen_basal |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
没有大脑中的基因区域
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0005515 | 蛋白结合 | 国际空间站 | 11018053 | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0016358 | 树突发展 | 国际空间站 | 轴突、树突(术语层面:11) | 11018053 |
| 去:0006888 | ER高尔基vesicle-mediated运输 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0016192 | vesicle-mediated运输 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0008021 | 突触囊泡 | 国际空间站 | Synap,神经递质(术语层面:12) | 11018053 |
| 去:0030425 | 树突 | 国际空间站 | 神经元,轴突、树突(术语层面:6) | 11018053 |
| 去:0045202 | 突触 | 国际空间站 | Synap神经元,神经递质,神经胶质(术语层面:2) | 11018053 |
| 去:0005794 | 高尔基体 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
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部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| PID SYNDECAN 2通道 | 33 | 27 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 中村肿瘤区外围和中心 | 285年 | 181年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 加里CD5 DN的目标 | 431年 | 263年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| TIEN肠道益生菌24小时 | 557年 | 331年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 廖转移 | 539年 | 324年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 沈SMARCA2目标了 | 424年 | 268年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 祖奇转移DN | 44 | 29日 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PELLICCIOTTA HDAC在抗原表达 | 64年 | 40 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ACEVEDO肝癌了 | 973年 | 570年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| ACEVEDO肝脏肿瘤与邻近正常组织 | 863年 | 514年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 么时间响应黄体酮集群17 | 181年 | 101年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 马顿斯维甲酸反应DN | 841年 | 431年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 李BMP2 DN的目标 | 882年 | 538年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 冯氏TNF通过P38部分反应 | 160年 | 106年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 不是通过P38冯氏TNF响应 | 337年 | 236年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |