基因页:PDGFRL
概括?
基因 | 5157 |
象征 | PDGFRL |
同义词 | pdgrl | prlts |
描述 | 血小板衍生的生长因子受体像 |
参考 | MIM:604584|HGNC:HGNC:8805|ENSEMBL:ENSG00000104213|HPRD:05206|Vega:Otthumg00000130818 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 8p22-p21.3 |
Pascal P值 | 0.071 |
胎儿β | -0.349 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 小脑 迈尔斯的顺式和跨性别 元 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 1 |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.031 | |
gsma_iie | 基因组扫描荟萃分析(欧洲官方样品) | PSR:0.00057 | |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | PSR:0.03086 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG10501177 | 8 | 17435088 | PDGFRL | 2.3e-8 | -0.014 | 7.61E-6 | DMG:JAFFE_2016 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS17131472 | CHR1 | 91962966 | PDGFRL | 5157 | 0.07 | 反式 | ||
RS2976809 | CHR3 | 125451738 | PDGFRL | 5157 | 0.01 | 反式 | ||
RS16889842 | CHR4 | 9872012 | PDGFRL | 5157 | 0.01 | 反式 | ||
RS12647883 | CHR4 | 9878463 | PDGFRL | 5157 | 0.14 | 反式 | ||
RS4033102 | CHR4 | 111784204 | PDGFRL | 5157 | 0.16 | 反式 | ||
RS509952 | CHR4 | 111788169 | PDGFRL | 5157 | 0.16 | 反式 | ||
RS313946 | CHR4 | 113975904 | PDGFRL | 5157 | 0 | 反式 | ||
RS657141 | CHR4 | 113981041 | PDGFRL | 5157 | 0.12 | 反式 | ||
RS778995 | 0 | PDGFRL | 5157 | 0.2 | 反式 | |||
RS17056435 | CHR5 | 158453782 | PDGFRL | 5157 | 0.04 | 反式 | ||
RS6920042 | CHR6 | 67907570 | PDGFRL | 5157 | 0.02 | 反式 | ||
RS6455226 | CHR6 | 67930295 | PDGFRL | 5157 | 0.17 | 反式 | ||
RS9451867 | CHR6 | 92659609 | PDGFRL | 5157 | 8.474e-4 | 反式 | ||
RS10958892 | Chr9 | 10125117 | PDGFRL | 5157 | 0.07 | 反式 | ||
RS10958896 | Chr9 | 10126894 | PDGFRL | 5157 | 0.08 | 反式 | ||
RS10958899 | Chr9 | 10128700 | PDGFRL | 5157 | 0.09 | 反式 | ||
RS10958907 | Chr9 | 10131580 | PDGFRL | 5157 | 0.08 | 反式 | ||
RS10958910 | Chr9 | 10134759 | PDGFRL | 5157 | 0.17 | 反式 | ||
RS998410 | Chr9 | 117622673 | PDGFRL | 5157 | 0.05 | 反式 | ||
RS9423711 | Chr10 | 2574802 | PDGFRL | 5157 | 0.07 | 反式 | ||
RS10747972 | 0 | PDGFRL | 5157 | 0.04 | 反式 | |||
RS11112163 | CHR12 | 105072508 | PDGFRL | 5157 | 0.07 | 反式 | ||
RS9551590 | CHR13 | 29589464 | PDGFRL | 5157 | 0 | 反式 | ||
RS10142086 | CHR14 | 35135892 | PDGFRL | 5157 | 0.18 | 反式 | ||
RS2093759 | CHR14 | 97171024 | PDGFRL | 5157 | 0.03 | 反式 | ||
RS17244419 | CHR14 | 97171074 | PDGFRL | 5157 | 4.64E-4 | 反式 | ||
RS7177212 | CHR15 | 34425413 | PDGFRL | 5157 | 0.03 | 反式 | ||
RS13380712 | CHR16 | 25601181 | PDGFRL | 5157 | 0.2 | 反式 | ||
RS16961159 | CHR16 | 59561686 | PDGFRL | 5157 | 0.19 | 反式 | ||
RS17841422 | CHR17 | 20969134 | PDGFRL | 5157 | 0.05 | 反式 | ||
RS16977927 | CHR17 | 72154232 | PDGFRL | 5157 | 0.02 | 反式 | ||
RS7236104 | CHR18 | 14032818 | PDGFRL | 5157 | 0.03 | 反式 | ||
RS11873703 | CHR18 | 61448702 | PDGFRL | 5157 | 0.1 | 反式 | ||
RS6095741 | CHR20 | 48666589 | PDGFRL | 5157 | 1.51E-4 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/PDGFRL_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
Med23 | 0.92 | 0.94 |
TTC17 | 0.92 | 0.93 |
C21orf66 | 0.92 | 0.93 |
Fignl1 | 0.92 | 0.93 |
ZC3H7A | 0.92 | 0.94 |
hars2 | 0.91 | 0.91 |
ZNF211 | 0.91 | 0.91 |
palb2 | 0.91 | 0.94 |
CCDC82 | 0.90 | 0.92 |
ZNF23 | 0.90 | 0.91 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.31 | -0.77 | -0.86 |
MT-CO2 | -0.77 | -0.86 |
ifi27 | -0.75 | -0.85 |
AF347015.27 | -0.74 | -0.82 |
mt-cyb | -0.74 | -0.83 |
AF347015.8 | -0.73 | -0.85 |
AF347015.33 | -0.73 | -0.81 |
higd1b | -0.72 | -0.85 |
AIFM3 | -0.72 | -0.76 |
FXYD1 | -0.71 | -0.82 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005019 | 血小板衍生的生长因子β受体活性 | 塔斯 | 7898930 | |
去:0004992 | 血小板激活因子受体活性 | 塔斯 | 7898930 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0008150 | 生物_Process | nd | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005576 | 细胞外区域 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Davicioni分子臂与ERMS DN | 182 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Fulcher炎症反应凝集素与LPS DN | 463 | 290 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Corre多发性骨髓瘤 | 74 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Senese HDAC1和HDAC2靶向DN | 232 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
埃尔维奇缺氧 | 171 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
多德鼻咽癌DN | 1375 | 806 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gozgit ESR1靶向DN | 781 | 465 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lindgren膀胱癌簇1 DN | 378 | 231 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
下巴乳腺癌拷贝编号DN | 16 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
环氧素DN的浓凋亡 | 172 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gaussmann MLL AF4融合靶向E | 97 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
哈马凋亡通过Trail Up | 584 | 356 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lindgren膀胱癌簇2B | 392 | 251 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
dacosta ercc3等位基因XPCS vs TTD DN | 36 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Onder CDH1目标2向上 | 256 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rozanov MMP14靶向 | 266 | 171 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Browne HCMV感染48小时DN | 504 | 323 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kyng DNA损坏4NQO | 38 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kyng DNA损伤DN | 195 | 135 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Heller HDAC靶向 | 317 | 208 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Heller HDAC靶向被甲基化的沉默 | 461 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Ambrosini Flavopiridol处理TP53 | 109 | 63 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Boquest干细胞向上 | 260 | 174 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Boquest干细胞培养与新鲜DN | 31 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
克莱门特乳腺癌拷贝编号DN | 8 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Han Satb1靶向DN | 442 | 275 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
陈代谢综合征网络 | 1210 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
开罗肝母细胞瘤上课 | 605 | 377 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chicas RB1目标汇合 | 567 | 365 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim Glis2靶向 | 84 | 61 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D | 882 | 506 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |