基因页：Rapgef6
概括？
| 基因 | 51735 |
| 象征 | Rapgef6 |
| 同义词 | KIA001LB | PDZ-GEF2 | PDZGEF2 | RA-GEF-2 | RAGEF2 |
| 描述 | RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子6 |
| 参考 | MIM：610499|HGNC：HGNC：20655|Ensembl：ENSG00000158987|HPRD：11483|Vega：Otthumg00000162683 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 5Q31.1 |
| Pascal P值 | 0.056 |
| Sherlock P值 | 0.461 |
| 胎儿β | 0.939 |
| DMG | 2（＃研究） |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 4 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 4 |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 协会 | 组合的优势比方法（Sun等。2008），协会研究 | 2 | 链接到Szgene |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.0032 | |
| 表达 | 基因表达的荟萃分析 | p价值：1.556 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG19900557 | 5 | 130915806 | Rapgef6 | 2.63E-4 | 0.255 | 0.038 | DMG：Wockner_2014 |
| CG05052335 | 5 | 130970657 | Rapgef6 | 9.73e-11 | -0.019 | 4.49e-7 | DMG：JAFFE_2016 |
| CG26400169 | 5 | 131131892 | Rapgef6 | 5.34e-8 | -0.008 | 1.39E-5 | DMG：JAFFE_2016 |
| CG21160151 | 5 | 131131930 | Rapgef6 | 7.09e-8 | -0.009 | 1.71E-5 | DMG：JAFFE_2016 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS16829545 | CHR2 | 151977407 | Rapgef6 | 51735 | 0 | 反式 | ||
| RS336544 | CHR3 | 161060557 | Rapgef6 | 51735 | 0.07 | 反式 | ||
| RS16955618 | CHR15 | 29937543 | Rapgef6 | 51735 | 7.926E-4 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005085 | 鸟苷核苷酸交换因子活性 | 艾达 | 11524421 | |
| 去：0005085 | 鸟苷核苷酸交换因子活性 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| GO：0017016 | RAS GTPase结合 | 艾达 | 11524421 | |
| GO：0030742 | GTP依赖性蛋白结合 | 艾达 | 11524421 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007265 | RAS蛋白信号转导 | nas | 11524421 | |
| 去：0007165 | 信号转导 | IEA | - | |
| GO：0051056 | 调节小GTPase介导的信号转导 | IEA | - | |
| GO：0043087 | GTPase活性调节 | nas | 11524421 | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
| 去：0005737 | 细胞质 | IEA | - | |
| 去：0005886 | 质膜 | 艾达 | 11524421 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Piccaluga血管免疫细胞淋巴瘤DN | 136 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| casorelli急性临时细胞白血病DN | 663 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| hahtola兄弟姐妹Fungoides皮肤 | 177 | 113 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 哈马凋亡通过Trail Up | 584 | 356 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Teramoto OPN目标群集7 | 19 | 16 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Myc Max目标 | 775 | 494 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Okumura炎症反应LPS | 183 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| monnier tradiatiation肿瘤逃脱 | 393 | 244 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zheng由Foxp3绑定 | 491 | 310 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zheng Foxp3目标胸腺 | 196 | 137 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zheng Foxp3 t淋巴细胞DN中的靶标 | 37 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 斯坦因·埃斯拉（Stein Esrra）瞄准 | 388 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mir34b和Mir34C的丰田目标 | 463 | 262 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Boylan多发性骨髓瘤D | 89 | 62 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Stein Esrra目标 | 535 | 325 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 由MYC约束 | 1103 | 714 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Johnstone Parvb目标3 DN | 918 | 550 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ERBB2同工型的Pedersen转移7 | 403 | 240 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-133 | 256 | 262 | M8 | HSA-MIR-133A | uugguccccuucaaccagcugu |
| HSA-MIR-133B | uguguccccuucaaccagcua | ||||
| mir-135 | 362 | 369 | 1A，M8 | HSA-MIR-135A | Uauggcuuuuuuuuccuauga |
| HSA-MIR-135B | Uauggcuuuucauuccuaugug | ||||
| mir-362 | 409 | 416 | 1A，M8 | HSA-MIR-362 | aauccuuggaaccuaggugugugugugugagu |