基因页：PFN1

概括?
GeneID 5216
Symbol PFN1
同义词 ALS18
描述 profilin 1
参考 MIM:176610|HGNC:HGNC:8881|Ensembl:ENSG00000108518|HPRD：01452|Vega:OTTHUMG00000099396
Gene type protein-coding
地图位置 17p13.3
Pascal P值 0.75
Sherlock P值 0.516
Fetal beta 0.535
DMG 1（＃研究）
支持 STRUCTURAL PLASTICITY
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:vanEijk_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 432 differentially methylated CpG sites corresponding to 391 unique transcripts between schizophrenia patients (n=260) and unaffected controls (n=250). 1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.2331

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg20693880 17 4699478 PFN1 0.002 2.552 DMG:vanEijk_2014


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003779 actin binding IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007010 cytoskeleton organization IEA -
去：0030036 肌动蛋白细胞骨架组织 IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO：0015629 actin cytoskeleton IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
acta1 ACTA | ASMA | CFTD | CFTD1 | CFTDM | MPFD | NEM1 | NEM2 | NEM3 肌动蛋白，α1，骨骼肌 - HPRD 8413665
ACTB PS1TP5BP1 肌动蛋白,β - HPRD，Biogrid 10411937
APBB1IP inag1 |PREL1 |RARP1 |里亚姆 淀粉样β（A4）前体蛋白结合，族B，成员1相互作用蛋白 Riam与Profilin互动。 BIND 15469846
APBB1IP inag1 |PREL1 |RARP1 |里亚姆 淀粉样β（A4）前体蛋白结合，族B，成员1相互作用蛋白 - HPRD 15469846
C14orf1 ERG28 | NET51 chromosome 14 open reading frame 1 两个杂交 BioGRID 16169070
C1orf103 FLJ11269 |RIF1 |RP11-96K19.1 chromosome 1 open reading frame 103 两个杂交 BioGRID 16169070
CRMP1 DPYSL1 | DRP-1 | DRP1 collapsin response mediator protein 1 两个杂交 BioGRID 16169070
DLG5 KIAA0583 | LP-DLG | P-DLG5 | PDLG discs, large homolog 5 (Drosophila) 两个杂交 BioGRID 16169070
DNM2 CMTDI1 | CMTDIB | DI-CMTB | DYN2 | DYNII Dynamin 2 - HPRD 12419186
ENAH Ena |梅纳|NDPP1 启用同源物（果蝇） - HPRD，Biogrid 9473484
FMNL1 C17orf1 |C17orf1b |FHOD4 |fmnl |KW-13 |MGC133052 |MGC1894 |MGC21878 类似于形式的1 - HPRD，Biogrid 10958683
GPHN GEPH | GPH | GPHRYN | KIAA1385 gephyrin - HPRD，Biogrid 9473484
LOC339344 - hypothetical protein LOC339344 - HPRD 15615774
MLLT4 AF-6 | AF6 | AFADIN | FLJ34371 | RP3-431P23.3 myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 4 - HPRD，Biogrid 10922060
NCK1 MGC12668 | NCK | NCKalpha NCK适配器蛋白1 Reconstituted Complex BioGRID 9694849
Rhoq ARHQ | RASL7A | TC10 | TC10A RAS同源基因家族，成员Q - HPRD，Biogrid 10445846
TLE1 ESG | ESG1 | GRG1 分裂1（E（SP1）同源物，果蝇）的透明蛋白样增强剂 两个杂交 BioGRID 16169070
UNC119 HRG4 UNC-119同源物（秀丽隐杆线虫） 两个杂交 BioGRID 16169070
VASP - vasodilator-stimulated phosphoprotein - HPRD，Biogrid 10882740
VIPR1 FLJ41949 | HVR1 | II | PACAP-R-2 | RDC1 | VAPC1 | VIPR | VIRG | VPAC1 | VPCAP1R vasoactive intestinal peptide receptor 1 Reconstituted Complex BioGRID 10867004
WASF1 FLJ31482 |KIAA0269 |Scar1 |波|Wave1 是蛋白质家族，成员1 - HPRD，Biogrid 9843499
WASL DKFZp779G0847 | MGC48327 | N-WASP | NWASP Wiskott-Aldrich syndrome-like - HPRD，Biogrid 9822597
WIPF2 WICH | WIRE WAS/WASL interacting protein family, member 2 - HPRD 12213210
XPO6 EXP6 | FLJ22519 | KIAA0370 | RANBP20 exportin 6 - HPRD，Biogrid 14592989


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG REGULATION OF ACTIN CYTOSKELETON 216 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA ECM PATHWAY 24 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA RHO PATHWAY 32 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SIG REGULATION OF THE ACTIN CYTOSKELETON BY RHO GTPASES 35 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
St FAS信号通路 65 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
对血小板胞质CA2升高的反应组反应 89 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SIGNALING BY ROBO RECEPTOR 30 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HEMOSTASIS 466 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PLATELET ACTIVATION SIGNALING AND AGGREGATION 208 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAHTOLA MYCOSIS FUNGOIDES SKIN UP 177 113 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王·巴雷特（Wang Barretts）食道 51 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATTIOLI MGUS VS PCL 116 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAIRKEE TERT TARGETS UP 380 213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN UP 479 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 6HR DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOTZMANN EPITHELIAL TO MESENCHYMAL TRANSITION DN 206 136 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SAKAI TUMOR INFILTRATING MONOCYTES UP 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
西葫芦转移DN 44 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIN APC TARGETS 77 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭谷氨酰胺剥夺DN 337 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NADLER OBESITY UP 61 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BANDRES RESPONSE TO CARMUSTIN MGMT 24HR DN 33 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard对紫外线nhek的反应 244 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard UV响应集群G4 21 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德韦尔老化的肾脏 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bandres对Carmustin没有MGMT 48小时DN的响应 32 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bandres对Carmustin Mgmt 48hr DN的响应 161 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG AGING CEREBRAL CORTEX DN 54 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DURCHDEWALD SKIN CARCINOGENESIS DN 264 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kyng DNA受伽马辐射损伤 81 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG DNA DAMAGE UP 226 164 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Qi Plasmacytoma Up 259 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Alonso转移EMT 36 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALONSO METASTASIS UP 198 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER PLURINET 299 189 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANG CORE SERUM RESPONSE UP 212 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甜肺癌克拉斯 491 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES 389 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fournier腺泡开发2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SUBCLASS S1 237 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG RESPONSE TO H2O2 VIA ERCC6 DN 46 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS OLIGODENDROCYTE NUMBER CORR UP 756 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 682 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOINUMA TARGETS OF SMAD2 OR SMAD3 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY CTBP1没有SATB1的目标 344 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PLASARI TGFB1 SIGNALING VIA NFIC 1HR DN 106 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-140 117 124 1A,m8 hsa-miR-140脑 agugguuuuacccuaugguag
mir-182 112 118 1A hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
mir-19 38 44 m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
miR-96 112 118 1A hsa-miR-96脑 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC