Gene Page:ATP6V1B2
Summary？
| 基因 | 526 |
| 象征 | ATP6V1B2 |
| Synonyms | atp6b1b2 | atp6b2 | ho57 | vatb | vpp3 | vma2 |
| Description | ATPase H+运输V1亚基B2 |
| Reference | MIM：606939|HGNC：HGNC：854|ENSEMBL：ENSG00000147416|HPRD：06088|Vega:OTTHUMG00000131073 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 8p21.3 |
| Pascal p-value | 0.651 |
| Sherlock p-value | 0.894 |
| 胎儿β | -1.611 |
| 主持人 | 前扣带回皮层BA24 Myers' cis & trans |
| Support | 离子平衡 G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP CompositeSet Darnell FMRP目标 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：Gwascat | Genome-wide Association Studies | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
| CV:GWASdb | Genome-wide Association Studies | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| CV:PGCnp | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| GSMA_I | Genome scan meta-analysis | Psr: 0.031 | |
| gsma_iie | Genome scan meta-analysis (European-ancestry samples) | Psr: 0.00057 | |
| GSMA_IIA | Genome scan meta-analysis (All samples) | PSR：0.03086 | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
EQTL注释
EQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS4921718 | CHR8 | 20313633 | ATP6V1B2 | 526 | 0.16 | 顺式 | ||
| RS67854339 | 8 | 20520376 | ATP6V1B2 | ENSG00000147416.6 | 2.45121E-7 | 0.01 | 465498 | gtex_brain_ba24 |
| RS17421112 | 8 | 20525787 | ATP6V1B2 | ENSG00000147416.6 | 5.06624E-8 | 0.01 | 470909 | gtex_brain_ba24 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| MDH1 | 0.93 | 0.94 |
| HPRT1 | 0.91 | 0.92 |
| CCNDBP1 | 0.90 | 0.89 |
| got1 | 0.90 | 0.92 |
| GHITM | 0.89 | 0.93 |
| ATG7 | 0.89 | 0.87 |
| TMEM111 | 0.89 | 0.91 |
| chn1 | 0.88 | 0.81 |
| anxa7 | 0.88 | 0.83 |
| PPP2R4 | 0.87 | 0.90 |
| 十大负面co-expressed genes | ||
| Gene | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| SH3BP2 | -0.52 | -0.55 |
| SMTN | -0.52 | -0.54 |
| FADS2 | -0.51 | -0.43 |
| Glis2 | -0.50 | -0.46 |
| FAM59B | -0.49 | -0.46 |
| SEMA4B | -0.49 | -0.44 |
| cdc42ep4 | -0.49 | -0.47 |
| UPF3A | -0.48 | -0.43 |
| SH2B2 | -0.47 | -0.48 |
| PDE9A | -0.47 | -0.43 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO：0016787 | 水解酶活性 | IEA | - | |
| 去：0008553 | 氢出口ATPase活性，磷酸化机制 | IEA | - | |
| 去：0046933 | 氢离子转运ATP合酶活性，旋转机制 | IEA | - | |
| GO：0046872 | metal ion binding | IEA | - | |
| GO:0046961 | 氢离子运输ATPase活性，旋转机制 | TAS | 2145275 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0006811 | ion transport | IEA | - | |
| 去：0006754 | ATP生物合成过程 | IEA | - | |
| GO:0015988 | energy coupled proton transport, against electrochemical gradient | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0012505 | endomembrane system | IEA | - | |
| 去：0005737 | cytoplasm | IEA | - | |
| 去：0016020 | membrane | IEA | - | |
| GO：0016469 | 质子传输两扇门ATPase复合物 | IEA | - | |
| GO：0042470 | melanosome | IEA | - |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-1/206 | 1149 | 1155 | 1a | HSA-MIR-1 | UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA |
| hsa-miR-206SZ | Uggaauguaaggaagugugugg | ||||
| HSA-MIR-613 | aggaauguucuuugcc | ||||
| mir-130/301 | 62 | 68 | M8 | HSA-MIR-130Abrain | cagugcaauguaaaaggggau |
| hsa-miR-301 | cagugcaauaugucaaagc | ||||
| HSA-MIR-130bbrain | Cagugcaaugaagggauggau | ||||
| hsa-miR-454-3p | UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU | ||||
| mir-141/200a | 145 | 151 | M8 | HSA-MIR-141 | uaacacugucugugugugugaugg |
| hsa-miR-200a | uaacacugucuguguguguaaacgaugu | ||||
| miR-19 | 61 | 67 | M8 | HSA-MIR-19A | ugugcaaauaugauaugaaaacuga |
| HSA-MIR-19B | UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA | ||||
| miR-23 | 1241 | 1247 | M8 | HSA-MIR-23Abrain | AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC |
| HSA-MIR-23Bbrain | aucacauugccagggauuacc | ||||
| mir-323 | 1241 | 1247 | 1a | hsa-miR-323brain | gcacauuacggucgaccucu |
| mir-543 | 1271 | 1277 | 1a | hsa-miR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |