基因页：PIM1

概括?
基因ID 5292
Symbol PIM1
同义词 PIM
描述 Pim-1 proto-oncogene, serine/threonine kinase
参考 MIM:164960|HGNC：HGNC：8986|Ensembl:ENSG00000137193|HPRD:01292|Vega：Otthumg0000000016426
基因type protein-coding
地图位置 6p21.2
Pascal P值 0.375
Sherlock P值 0.718
Fetal beta 1.004
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Nishioka_2013 Genome-wide DNA methylation analysis The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls. 1
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.033
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.04433

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM table

基因 Chromosome Position Ref Alt Transcript AA更改 突变类型 Sift CG46 Trait Study
PIM1 chr6 37139113 G A NM_001243186
NM_002648		 .
.		 silent
silent		 精神分裂症 DNM：Fromer_2014

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG02123547 6 37137464 PIM1 -0.026 0.31 DMG:Nishioka_2013

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs16877878 chr8 31176024 PIM1 5292 0.19 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
NAB1 0.81 0.81
CPNE3 0.81 0.73
G3BP1 0.81 0.74
MIB1 0.80 0.81
CREB1 0.80 0.80
TNPO1 0.79 0.77
TMPO 0.79 0.77
PHIP 0.79 0.76
ZNF24 0.79 0.82
ZNF649 0.78 0.66
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
AF347015.31 -0.47 -0.62
MT-CO2 -0.47 -0.62
IFI27 -0.46 -0.62
FXYD1 -0.46 -0.62
PTH1R -0.46 -0.52
CXCL14 -0.45 -0.64
MT-CYB -0.45 -0.59
AF347015.27 -0.45 -0.58
AIFM3 -0.45 -0.52
higd1b -0.45 -0.62

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0005515 protein binding IPI 16186805|18056989
GO:0005524 ATP结合 艾达 1825810
GO:0004674 蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性 艾达 1825810
GO:0016740 transferase activity IEA -
GO:0030145 manganese ion binding 艾达 1825810
GO:0046872 金属离子结合 IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006468 蛋白氨基酸磷酸化 艾达 1825810
去：0008283 细胞增殖 艾达 16186805
去：0007275 多细胞生物发育 塔斯 2682662
去：0043066 凋亡的负调节 艾达 16186805
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 核 IEA -
GO:0005737 细胞质 艾达 1825810
GO:0005886 质膜 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG JAK STAT SIGNALING PATHWAY 155 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG ACUTE MYELOID LEUKEMIA 60 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID GMCSF途径 37 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID MYC ACTIV PATHWAY 79 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NFAT 3 Pathway 54 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL5 PATHWAY 14 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL3途径 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CMYB PATHWAY 84 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
casorelli急性临时细胞白血病DN 663 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS MESENCHYMAL DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES DCC TARGETS DN 121 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC应对氧化磷脂上杉达也TYELLOW UP 11 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILBAN B CLL LPL UP 63 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UDAYAKUMAR MED1 TARGETS DN 240 171 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Odonnell TFRC靶向 456 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS 8HR UP 164 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
埃尔维奇缺氧 171 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ELVIDGE HYPOXIA BY DMOG UP 130 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS UP 149 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE EPIDERMIS DN 508 354 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hwang前列腺癌标记 28 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAKER HEMATOPOIESIS STAT3 TARGETS 16 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
贝克血液核酸盐Stat5靶标 7 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MYLLYKANGAS AMPLIFICATION HOT SPOT 15 13 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS FETAL LIVER DN 514 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TP53和MYC DN的CEBALLOS目标 38 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
buytaert光动力疗法压力 811 508 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT SERUM RESPONSE 120 MCF10A 65 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES CELL CYCLE MIR192 TARGETS 62 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 893 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTROEM CORRELATED WITH IL5 DN 64 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEPARD CRUSH AND BURN MUTANT UP 197 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORSAM HOXA9 TARGETS UP 35 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROCKE APOPTOSIS REVERSED BY IL6 144 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
hemin的addya红斑分化 73 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHURINGA STAT5A TARGETS UP 21 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Galindo对肠毒素的免疫反应 85 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NADLER HYPERGLYCEMIA AT OBESITY 58 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERY CEBP目标 126 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU RESPONSE TO TRETINOIN UP 16 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
韦斯顿Vegfa目标 108 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 8HR DN 47 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yamazaki TCEB3靶向DN 215 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV ALL UP 120 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS PEAK AT 2HR 51 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C1 72 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV 24 HR UP 93 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YIH RESPONSE TO ARSENITE C3 36 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
韦斯顿·维加法（Weston Vegfa）目标3小时 74 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD HRAS ONCOGENIC SIGNATURE 261 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CLASPER LYMPHATIC VESSELS DURING METASTASIS UP 20 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MONNIER POSTRADIATION TUMOR ESCAPE DN 373 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群P4 100 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
促进耐受巨噬细胞DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE METASTASIS AND ALTERNATIVE SPLICING UP 74 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Marzec IL2发出信号 115 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONCI TARGETS OF MIR15A AND MIR16 1 91 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TSUDA ALVEOLAR SOFT PART SARCOMA 10 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINTER HYPOXIA METAGENE 242 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP 323 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Goldrath抗原反应 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSHALL VIRAL INFECTION RESPONSE DN 29 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARK TRETINOIN RESPONSE 12 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
公园维甲酸的反应和PML RARA FUSION 30 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARK TRETINOIN RESPONSE AND RARA PLZF FUSION 22 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
p210 bcr abl融合的射线目标 18 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mueller AML融合DN的共同靶标 31 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANTVEER BREAST CANCER ESR1 DN 240 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES 389 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Valk AML群集2 29 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
flt3 itd的valk aml 40 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与11q23重新排列 351 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kyng Werner综合征和正常衰老 93 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG REGULATED BY MYC DN 253 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染4小时DN 254 158 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG RESPONSE TO GSK3 INHIBITOR SB216763 DN 374 217 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS UP 217 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wierenga Stat5a Targets Group1 136 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACOSTA PROLIFERATION INDEPENDENT MYC TARGETS DN 116 74 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1靶向 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOINUMA TARGETS OF SMAD2 OR SMAD3 824 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY TARGETS OF CTBP1 AND SATB1 UP 87 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMIRNOV RESPONSE TO IR 2HR UP 53 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang 1类由EGF瞬时诱导 516 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-1/206 137 143 1A HSA-MIR-1 Uggaauguaaagaaguaugua
HSA-MIR-206SZ UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
HSA-MIR-613 aggaauguucuuugcc
miR-101 1212 1218 1A HSA-MIR-101 UACAGUACUGUGAUAACUGAAG
mir-124/506 441 447 m8 HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-144 1211 1218 1A,m8 HSA-MIR-144 uacaguauagauguauguaguag
mir-15/16/195/424/497 501 507 m8 HSA-MIR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
HSA-MIR-15b脑 uagcagcacaucaugguuaca
HSA-MIR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
mir-150 469 475 1A HSA-MIR-150 ucucccaacccuuguaccagug
mir-183 583 589 m8 HSA-MIR-183 uauggcacugguagaauucacug
miR-214 499 505 m8 HSA-MIR-214脑 acagcaggcacagacaggcag
mir-24 613 620 1A,m8 HSA-MIR-24SZ UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG
mir-26 478 485 1A,m8 hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
miR-328 602 609 1A,m8 HSA-MIR-328脑 CUGGCCCUCUCUGCCCUUCCGU
mir-33 686 693 1A,m8 HSA-MIR-33 GUGCAUUGUAGUUGCAUUG
HSA-MIR-33B Gugcauugcuguugcauugca
mir-331 1219 1225 1A HSA-MIR-331脑 gccccugggccuauccuagaa
mir-486 1216 1222 m8 hsa-miR-486 UCCUGUACUGAGCUGCCCCGAG
mir-542-3p 415 421 m8 HSA-MIR-542-3P ugugacauugauaacugaaa