基因页：PPARD

概括?
基因ID 5467
Symbol PPARD
同义词 FAAR | NR1C2 | NUC1 | nuci | nucii | pparb
描述 过氧化物酶体增殖物激活受体三角洲
参考 MIM:600409|HGNC:HGNC:9235|Ensembl：ENSG00000112033|HPRD:02679|Vega：Otthumg0000000014567
基因type protein-coding
地图位置 6p21.2
Pascal P值 0.17
Sherlock P值 0.032
Fetal beta -0.728
DMG 1（＃研究）

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.033
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.04433
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg02943769 6 35310542 PPARD 2.86E-6 -0.289 0.009 DMG:Wockner_2014


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
MRPL38 0.88 0.84
ERI3 0.88 0.85
MRPL4 0.88 0.83
MRPL17 0.88 0.84
MRPS12 0.86 0.83
MRPS7 0.86 0.83
ARF5 0.85 0.82
SLC25A11 0.85 0.83
MRPS11 0.85 0.80
MRP63 0.85 0.80
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
AF347015.18 -0.54 -0.45
AC010300.1 -0.50 -0.55
AF347015.26 -0.48 -0.38
MT-ATP8 -0.46 -0.38
AF347015.2 -0.46 -0.35
AF347015.8 -0.46 -0.36
AC100783.1 -0.45 -0.40
AF347015.15 -0.44 -0.34
AC016705.1 -0.43 -0.43
NSBP1 -0.41 -0.41

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003700 转录因子活性 NAS 11551955
去：0003707 类固醇激素受体活性 塔斯 1333051
GO:0005504 fatty acid binding NAS -
去：0008270 zinc ion binding IEA -
去：0008144 药物绑定 艾达 9113987
GO:0016564 转录阻遏活性 ISS -
GO:0046872 金属离子结合 IEA -
GO：0043565 序列特异性DNA结合 IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0008366 axon ensheathment ISS neuron, axon (GO term level: 12) -
GO：0000122 negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter ISS -
GO:0006350 transcription IEA -
去：0006091 产生前体代谢物和能量 塔斯 1333051
GO:0006006 glucose metabolic process NAS 15793256
去：0008203 cholesterol metabolic process 塔斯 15192438
去：0008283 细胞增殖 ISS -
去：0008283 细胞增殖 塔斯 11847022
GO:0008544 表皮发展 ISS -
GO:0007566 embryo implantation 塔斯 11551955
GO：0015758 glucose transport NAS 15793256
GO:0006635 脂肪酸β-氧化 ISS -
GO:0006635 脂肪酸β-氧化 塔斯 15192438|15803109
GO:0006629 lipid metabolic process ISS -
去：0006915 apoptosis 小鬼 11551955
GO:0014068 磷酸肌醇3-激酶级联反应的阳性调节 IEA -
GO：0015908 脂肪酸转运 ISS -
去：0030154 cell differentiation IEA -
GO:0042640 阿纳根 IEA -
去：0045600 脂肪细胞分化的阳性调节 NAS 10991946
去：0046697 义词化 塔斯 11551955
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 核 NAS 11551955

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
BCL6 bcl5 |bcl6a |laz3 |ZBTB27 |Znf51 B-cell CLL/lymphoma 6 PPAR-DELTA与BCL-6相互作用。这种相互作用是在小鼠PPAR-delta和人BCL-6之间的相互作用上建模的。 BIND 12970571
CEP350 CAP350 | FLJ38282 | FLJ44058 | GM133 | KIAA0480 centrosomal protein 350kDa CAP350与PPAR-delta. BIND 15615782
DUT FLJ20622 | dUTPase deoxyuridine triphosphatase - HPRD 8910358
EP300 KAT3B | p300 E1a结合蛋白p300 - HPRD 10567538
GADD45B DKFZp566B133 | GADD45BETA | MYD118 growth arrest and DNA-damage-inducible, beta - HPRD 10872826
GADD45G CR6 |ddit2 |gadd45gamma |GRP17 growth arrest and DNA-damage-inducible, gamma - HPRD，Biogrid 10872826
HDAC1 DKFZp686H12203 | GON-10 | HD1 | RPD3 | RPD3L1 组蛋白脱乙酰基酶1 - HPRD，Biogrid 11867749
HDAC2 RPD3 | YAF1 组蛋白脱乙酰基酶2 - HPRD，Biogrid 11867749
HDAC3 HD3 | RPD3 | RPD3-2 组蛋白脱乙酰基酶3 Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex		 BioGRID 11867749|12943985
HDAC4 HA6116 | HD4 | HDAC-A | HDACA | KIAA0288 组蛋白脱乙酰基酶4 Reconstituted Complex BioGRID 12943985
HDAC7 DKFZp586J0917 | FLJ99588 | HD7A | HDAC7A 组蛋白脱乙酰基酶7 PPAR-delta interacts with HDAC7. This interaction was modelled on a demonstrated interaction between PPAR-delta and HDAC7 from unspecified sources. BIND 12970571
NCOR1 KIAA1047 | MGC104216 | N-CoR | TRAC1 | hCIT529I10 | hN-CoR nuclear receptor co-repressor 1 两个杂交 BioGRID 11867749
NCOR2 CTG26 | SMRT | SMRTE | SMRTE-tau | TNRC14 | TRAC-1 | TRAC1 nuclear receptor co-repressor 2 - HPRD，Biogrid 11867749
NCOR2 CTG26 | SMRT | SMRTE | SMRTE-tau | TNRC14 | TRAC-1 | TRAC1 nuclear receptor co-repressor 2 PPAR-delta interacts with SMRT. This interaction was modelled on a demonstrated interaction between PPAR-delta and SMRT from unspecified sources. BIND 12970571
spen KIAA0929 | MINT | RP1-134O19.1 | SHARP spen homolog, transcriptional regulator (Drosophila) - HPRD，Biogrid 11867749


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG PPAR SIGNALING PATHWAY 69 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg wnt信号通路 151 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG PATHWAYS IN CANCER 328 259 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG ACUTE MYELOID LEUKEMIA 60 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA NUCLEARRS PATHWAY 15 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta Wnt途径 26 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID PS1 PATHWAY 46 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RXR VDR途径 26 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GENERIC TRANSCRIPTION PATHWAY 352 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NUCLEAR RECEPTOR TRANSCRIPTION PATHWAY 49 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
冬季缺氧 92 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
家长mtor信号向上 567 375 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Doane对雄激素DN的反应 241 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smirnov在癌症中循环内皮细胞 158 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ginestier乳腺癌Znf217扩增DN 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ginestier乳腺癌20Q13扩增DN 180 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mullighan mll签名1 380 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION ERYTHROCYTE UP 157 104 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC3 TARGETS DN 536 332 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED DN 805 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应表皮增强 293 179 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP 769 437 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS DN 637 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
里克曼肿瘤分化了井和DN不良 382 224 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN TUMOR DIFFERENTIATED WELL VS MODERATELY DN 110 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张对IKK抑制剂和TNF的反应 223 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO缺氧DN 289 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE CALORIE RESTRICTION MUSCLE UP 43 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION DN 287 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
URS脂肪细胞分化DN 30 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS UP 317 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION UP 461 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee转移和替代剪接DN 45 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO METHYLATED IN LIVER CANCER DN 940 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Labbe Wnt3a靶向DN 97 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rutella对CSF2RB和IL4的响应 338 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP 418 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 UP 408 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌的生存率差A6 456 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
fontaine卵泡甲状腺腺瘤 75 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta EBNA1反相关 173 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 1HR DN 222 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
figueroa aml甲基化簇1 DN 48 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
figueroa aml甲基化簇3 dn 42 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SERVITJA LIVER HNF1A TARGETS DN 157 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 1839年 928 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-138 368 375 1A,m8 hsa-miR-138脑 Agcugguuguguugaauc
mir-29 1949年 1955年 m8 hsa-miR-29aSZ uagcaccaucugaaaucgguu
hsa-miR-29bSZ uagcaccauuugaaaucaguguu
hsa-miR-29cSZ UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
miR-9 518 524 1A HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga