基因页：VPS13C
概括？
| 基因 | 54832 |
| 象征 | VPS13C |
| 同义词 | - |
| 描述 | 液泡蛋白排序13个同源物C（酿酒酵母） |
| 参考 | MIM：608879|HGNC：HGNC：23594|Ensembl：ENSG00000129003|HPRD：12323|Vega：Otthumg00000132801 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 15Q22.2 |
| Pascal P值 | 0.331 |
| Sherlock P值 | 3.694E-4 |
| TADA P值 | 0.007 |
| 胎儿β | 0.472 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 元 |
| 支持 | COMPOSITESET |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：Gwascat | 全基因组关联研究 | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
| CV：GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| DNM：Fromer_2014 | 整个外显子组测序分析 | 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究，该研究使用基因组DNA报告了DNM。 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM表
DNM表| 基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VPS13C | CHR15 | 62266509..62266511 | GAT | G | NM_001018088 NM_017684 NM_018080 NM_020821 |
。 。 。 。 |
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精神分裂症 | DNM：Fromer_2014 |
差异甲基化基因
| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG01678317 | 15 | 62348716 | VPS13C | 1.126E-4 | 0.239 | 0.029 | DMG：Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23岁）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| C16orf84 | 0.86 | 0.88 |
| PSMD8 | 0.86 | 0.85 |
| MRPL4 | 0.86 | 0.85 |
| MRPL38 | 0.85 | 0.84 |
| TBRG4 | 0.85 | 0.84 |
| AC002126.1 | 0.85 | 0.83 |
| WDR45 | 0.84 | 0.82 |
| AES | 0.83 | 0.81 |
| UQCRC1 | 0.83 | 0.79 |
| mpdu1 | 0.83 | 0.82 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.26 | -0.57 | -0.59 |
| AF347015.8 | -0.57 | -0.57 |
| AF347015.18 | -0.56 | -0.63 |
| mt-cyb | -0.56 | -0.58 |
| AL139819.3 | -0.55 | -0.61 |
| MT-ATP8 | -0.55 | -0.62 |
| AF347015.2 | -0.54 | -0.54 |
| AF347015.15 | -0.54 | -0.55 |
| MT-CO2 | -0.53 | -0.54 |
| AF347015.27 | -0.53 | -0.58 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 家长mtor信号向上 | 567 | 375 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kim WT1靶向DN | 459 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 甲状腺癌的Rodrigues分化不佳的DN | 805 | 505 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 哈马凋亡通过Trail Up | 584 | 356 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Perez TP53目标 | 1174 | 695 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 狮子转移 | 539 | 324 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mir192和Mir215的Georges目标 | 893 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Shen Smarca2目标 | 424 | 268 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Creighton内分泌疗法抗性3 | 720 | 440 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kondo EZH2目标 | 245 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 肝癌DN中的阿塞维多甲基化 | 940 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SAGIV CD24目标 | 23 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bonome卵巢癌的生存次优秀 | 510 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 李最近的胸腺移民 | 227 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Han Satb1靶向DN | 442 | 275 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kobayashi EGFR信号24小时 | 101 | 65 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Acosta增殖独立MYC靶向 | 84 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Pilon KLF1靶向 | 504 | 321 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Maekawa ATF2目标 | 24 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Smad2或Smad3的Koinuma目标 | 824 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 杨Bcl3靶向 | 364 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |