Gene Page:SYTL2

概括?
基因 54843
Symbol SYTL2
Synonyms CHR11SYT|EXO4|PPP1R151|SGA72M|SLP2|SLP2A
Description synaptotagmin like 2
Reference MIM:612880|HGNC:HGNC:15585|Ensembl:ENSG00000137501|HPRD:10260|Vega:OTTHUMG00000166977
Gene type protein-coding
Map location 11q14
Pascal p-value 0.084
Sherlock p-value 0.936
度p-value DEG：Zhao_2015:p=4.51e-04:q=0.0926
Fetal beta -2.918
eGene Myers' cis & trans
Support EXOCYTOSIS

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DEG：Zhao_2015 RNA Sequencing analysis 转录组测序和全基因组的关联分析揭示了精神分裂症和躁郁症中的溶酶体功能和肌动蛋白细胞骨架重塑。
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations 与神经相关关键字的命中：2

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs639688 chr11 85470892 SYTL2 54843 0.03 cis
rs17817179 chr11 85525568 SYTL2 54843 0.12 cis
rs12335203 chr8 73953618 SYTL2 54843 0.09 trans
rs7186114 chr16 66839221 SYTL2 54843 0.2 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
RMI1 0.89 0.86
RECQL 0.88 0.84
SLMO2 0.88 0.86
COPB1 0.87 0.86
ASF1A 0.87 0.81
CPSF3 0.87 0.84
ZNF561 0.86 0.87
KIAA1712 0.86 0.84
LIN9 0.86 0.83
AP002373.1 0.86 0.80
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
MT-CO2 -0.61 -0.72
AF347015.8 -0.60 -0.72
AF347015.31 -0.60 -0.71
MT-CYB -0.60 -0.71
AF347015.27 -0.60 -0.70
AF347015.15 -0.58 -0.72
AF347015.33 -0.58 -0.69
AF347015.2 -0.57 -0.69
IFI27 -0.56 -0.69
AF347015.21 -0.55 -0.69

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0042043 neurexin binding ISS Synap(术语级别:4) -
GO:0005215 运输er activity IEA -
GO:0017137 Rab GTPase binding IEA -
GO:0031177 phosphopantetheine binding IEA -
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006810 运输 IEA -
GO:0006886 intracellular protein transport IEA -
GO:0016192 囊泡介导的运输 ISS -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0008021 synaptic vesicle IEA Synap, Neurotransmitter (GO term level: 12) -
GO:0012505 endomembrane system IEA -
GO:0005624 membrane fraction ISS -
去：0016020 membrane IEA -
GO：0019897 extrinsic to plasma membrane ISS -
GO:0042470 melanosome ISS -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
CHEMNITZ RESPONSE TO PROSTAGLANDIN E2 DN 391 222 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEURIG T CELL PROLYMPHOCYTIC LEUKEMIA DN 320 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASAKI YBX1 TARGETS DN 384 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG LMO4 TARGETS DN 352 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS DN 232 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER LMP UP 265 158 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER GRADES 1 2 UP 137 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 1821 933 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA DN 77 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS DN 781 465 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 3 DN 229 142 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAUSSMANN MLL AF4 FUSION TARGETS G UP 238 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PATIL LIVER CANCER 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YORDY RECIPROCAL REGULATION BY ETS1 AND SP100 DN 87 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS DN 1024 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN TUMOR DIFFERENTIATED MODERATELY VS POORLY UP 121 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIN SILENCED BY TUMOR MICROENVIRONMENT 108 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIKOLSKY BREAST CANCER 11Q12 Q14 AMPLICON 158 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIKOLSKY MUTATED AND AMPLIFIED IN BREAST CANCER 94 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATSUDA NATURAL KILLER DIFFERENTIATION 475 313 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Traynor Rett综合征 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY NO BLOOD UP 222 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY UP 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1 528 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAVIN FOXP3 TARGETS CLUSTER P3 160 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAVIN PDE3B TARGETS 22 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 UNSTIMULATED 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSADA ASCL1 TARGETS UP 46 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO混入甲醇D IN LIVER CANCER DN 940 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IZADPANAH STEM CELL ADIPOSE VS BONE DN 108 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE RECENT THYMIC EMIGRANT 227 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GYORFFY MITOXANTRONE RESISTANCE 57 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI INDUCED T TO NATURAL KILLER UP 307 182 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS CONFLUENT 567 365 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHAT ESR1 TARGETS NOT VIA AKT1 DN 88 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHAT ESR1 TARGETS VIA AKT1 DN 82 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS UP 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KATSANOU ELAVL1 TARGETS UP 169 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 1ST EGF PULSE ONLY 1839 928 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-384 234 241 1A,m8 hsa-miR-384 AUUCCUAGAAAUUGUUCAUA