基因页：班普
概括？
| 基因 | 54971 |
| 象征 | 班普 |
| 同义词 | bend1 | smar1 | smarbp1 |
| 描述 | BTG3相关核蛋白 |
| 参考 | MIM：611564|HGNC：HGNC：13450|Ensembl：ENSG00000172530|HPRD：16538|Vega：Otthumg00000137678 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 16Q24 |
| Pascal P值 | 0.578 |
| Sherlock P值 | 0.503 |
| 胎儿β | 0.286 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 元 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| 表达 | 基因表达的荟萃分析 | p价值：1.453 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG03551062 | 16 | 88041289 | 班普 | 2.943E-4 | -0.761 | 0.039 | DMG：Wockner_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS16829545 | CHR2 | 151977407 | 班普 | 54971 | 0.01 | 反式 | ||
| RS7584986 | CHR2 | 184111432 | 班普 | 54971 | 0.04 | 反式 | ||
| SNP_A-1815771 | 0 | 班普 | 54971 | 0.03 | 反式 | |||
| RS10241465 | CHR7 | 146018272 | 班普 | 54971 | 0.1 | 反式 | ||
| RS3025425 | Chr9 | 136523165 | 班普 | 54971 | 0.1 | 反式 | ||
| RS16934084 | Chr10 | 33430296 | 班普 | 54971 | 0.11 | 反式 | ||
| RS7076439 | Chr10 | 93286841 | 班普 | 54971 | 0.01 | 反式 | ||
| RS11186601 | Chr10 | 93287199 | 班普 | 54971 | 0.01 | 反式 | ||
| RS2468302 | CHR12 | 84899973 | 班普 | 54971 | 0.19 | 反式 | ||
| RS16955618 | CHR15 | 29937543 | 班普 | 54971 | 0.05 | 反式 | ||
| RS16999433 | CHR19 | 22772700 | 班普 | 54971 | 0.09 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| LDHD | 0.81 | 0.84 |
| RASSF4 | 0.81 | 0.79 |
| SEC14L2 | 0.80 | 0.80 |
| HSPB8 | 0.80 | 0.86 |
| ddit3 | 0.79 | 0.82 |
| C5orf32 | 0.79 | 0.84 |
| TAPBPL | 0.79 | 0.80 |
| IRF9 | 0.78 | 0.85 |
| MX1 | 0.78 | 0.82 |
| gyg1 | 0.77 | 0.76 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| KIAA1949 | -0.65 | -0.62 |
| PCDHB18 | -0.65 | -0.69 |
| setDB1 | -0.65 | -0.65 |
| EPC1 | -0.65 | -0.67 |
| ZNF551 | -0.64 | -0.70 |
| AC004017.1 | -0.64 | -0.70 |
| tubb2b | -0.64 | -0.62 |
| top2b | -0.64 | -0.69 |
| thoc2 | -0.63 | -0.73 |
| hnrnpab | -0.63 | -0.67 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003677 | DNA结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
| 去：0006350 | 转录 | IEA | - | |
| 去：0007275 | 多细胞生物发育 | IEA | - | |
| GO：0016568 | 染色质修饰 | IEA | - | |
| GO：0045786 | 细胞周期的负调控 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 王攀登目标 | 269 | 146 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 胶原蛋白凝胶DN中的Oswald造血干细胞 | 275 | 168 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gargalovic对氧化磷脂的反应蓝色 | 136 | 80 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hatada甲基化在肺癌中 | 390 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nikolsky乳腺癌16q24 Amplicon | 53 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hedenfalk乳腺癌BRACX DN | 20 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zheng由Foxp3绑定 | 491 | 310 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 由PML Rara Fusion绑定的Martens | 456 | 287 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Smirnov对IR 2小时DN的响应 | 55 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-129-5p | 335 | 341 | 1a | HSA-MIR-129脑 | cuuuuugcgguggggcuugc |
| HSA-MIR-129-5P | cuuuuugcgguggggcuugcu | ||||
| mir-320 | 303 | 309 | M8 | HSA-MIR-320 | aaaagcugggugagaggggcgaa |