基因页：ppp3cc
Summary？
| 基因 | 5533 |
| 象征 | ppp3cc |
| Synonyms | Calna3 | CNA3 | PP2BGAMMA |
| Description | 蛋白质磷酸酶3催化亚基伽玛 |
| Reference | MIM：114107|HGNC：HGNC：9316|Ensembl：ENSG00000120910|HPRD：00236|Vega：Otthumg00000163802 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 8p21.3 |
| Pascal P值 | 9.137E-4 |
| Sherlock p-value | 0.91 |
| 胎儿β | 0.292 |
| DMG | 1(# studies) |
| 主持人 | 尾状基底神经节 小脑半球 小脑 皮质 伏隔核基底神经节 元 |
| 支持 | 细胞内信号转导 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 协会 | A combined odds ratio method (Sun等。2008), association studies | 2 | 链接到Szgene |
| GSMA_I | Genome scan meta-analysis | Psr: 0.031 | |
| gsma_iie | Genome scan meta-analysis (European-ancestry samples) | PSR：0.00057 | |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析（所有样品） | PSR：0.03086 | |
| Literature | High-throughput literature-search | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| Network | Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network | PPI网络中最短路径的贡献：31 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg01320780 | 8 | 22298453 | ppp3cc | 4.88e-6 | -0.326 | 0.01 | DMG：Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| KBTBD6 | 0.93 | 0.93 |
| panx1 | 0.92 | 0.95 |
| reep1 | 0.91 | 0.93 |
| CTTNBP2NL | 0.91 | 0.95 |
| KCTD10 | 0.91 | 0.93 |
| pdik1l | 0.91 | 0.95 |
| HSDL1 | 0.91 | 0.94 |
| HMGCR | 0.90 | 0.93 |
| B4GALT5 | 0.90 | 0.95 |
| daam1 | 0.90 | 0.92 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| Gene | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AIFM3 | -0.68 | -0.76 |
| AF347015.31 | -0.67 | -0.87 |
| C5orf53 | -0.67 | -0.74 |
| HLA-F | -0.66 | -0.73 |
| MT-CO2 | -0.66 | -0.87 |
| HSD17B14 | -0.66 | -0.79 |
| AF347015.27 | -0.66 | -0.84 |
| TSC22D4 | -0.66 | -0.76 |
| S100B | -0.65 | -0.79 |
| FXYD1 | -0.65 | -0.84 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005506 | 铁离子结合 | IEA | - | |
| 去：0005516 | 钙调蛋白结合 | IEA | - | |
| GO:0004721 | phosphoprotein phosphatase activity | IEA | - | |
| GO：0016787 | 水解酶活性 | IEA | - | |
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO：0046872 | metal ion binding | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0008633 | 促凋亡基因产物的激活 | 经验 | 15231831 | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0005829 | 细胞质 | 经验 | 10195903 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-382 | 88 | 94 | M8 | HSA-MIR-382brain | Gaaguuucgugguggauucg |
| mir-500 | 103 | 109 | M8 | HSA-MIR-500 | augcaccuggggaggagauucug |