基因页：lims2
概括？
| 基因 | 55679 |
| 象征 | lims2 |
| 同义词 | LGMD2W | Pinch-2 | Pinch2 |
| 描述 | Lim锌指域包含2个 |
| 参考 | MIM：607908|HGNC：HGNC：16084|Ensembl：ENSG0000000072163|Vega：Otthumg00000131529 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 2q14.3 |
| Pascal P值 | 0.517 |
| Sherlock P值 | 9.247E-4 |
| 胎儿β | -1.044 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 元 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.023 | |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析（所有样品） | PSR：0.00755 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG21339084 | 2 | 128422433 | lims2 | 5.757E-4 | 0.24 | 0.049 | DMG：Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| NUP50 | 0.91 | 0.91 |
| USP7 | 0.90 | 0.89 |
| Rabep1 | 0.90 | 0.91 |
| 广告 | 0.90 | 0.89 |
| MORC3 | 0.89 | 0.91 |
| FBXO11 | 0.89 | 0.91 |
| Rab14 | 0.89 | 0.90 |
| UBP1 | 0.89 | 0.89 |
| EHBP1 | 0.89 | 0.90 |
| Cul1 | 0.89 | 0.89 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| MT-CO2 | -0.77 | -0.74 |
| AF347015.31 | -0.76 | -0.75 |
| higd1b | -0.76 | -0.77 |
| FXYD1 | -0.76 | -0.76 |
| AF347015.21 | -0.74 | -0.71 |
| ifi27 | -0.74 | -0.75 |
| mt-cyb | -0.73 | -0.71 |
| AF347015.8 | -0.73 | -0.72 |
| AF347015.33 | -0.73 | -0.70 |
| AF347015.2 | -0.72 | -0.70 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO：0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | IEA | - | |
| 去：0005886 | 质膜 | IEA | - | |
| GO：0030054 | 细胞连接 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| PID幼稚园 | 45 | 32 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bertucci髓质与导管乳腺癌DN | 169 | 118 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Perez TP63目标 | 355 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Schaeffer前列腺开发12小时DN | 57 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Jepsen SMRT目标 | 33 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 开罗肝母细胞瘤课程DN | 210 | 141 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 钱德兰转移DN | 306 | 191 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Sengupta EBNA1反相关 | 173 | 85 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Chicas RB1目标汇合 | 567 | 365 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gobert少突胶质细胞分化DN | 1080 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| boudoukha由IGF2BP2绑定 | 111 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 前列腺癌模型DN中的Acevedo FGFR1靶标 | 308 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 林乳腺干细胞向上 | 489 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-205 | 836 | 842 | M8 | HSA-MIR-205 | uccuucauucccggagucug |