基因页：RNF130
概括？
| 基因 | 55819 |
| 象征 | RNF130 |
| 同义词 | G1RZFP | Goliath | GP |
| 描述 | 环手指蛋白130 |
| 参考 | HGNC：HGNC：18280|Ensembl：ENSG00000113269|HPRD：11504|Vega：Otthumg00000130909 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 5Q35.3 |
| Pascal P值 | 0.521 |
| Sherlock P值 | 0.395 |
| 胎儿β | -1.067 |
| DMG | 2（＃研究） |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 2 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 2 |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析（所有样品） | PSR：0.0276 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG05671636 | 5 | 179401436 | RNF130 | 2.827E-4 | -0.625 | 0.039 | DMG：Wockner_2014 |
| CG21929993 | 5 | 179498114 | RNF130 | 1.89E-8 | -0.009 | 6.68e-6 | DMG：JAFFE_2016 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS6829546 | CHR4 | 12587664 | RNF130 | 55819 | 0.11 | 反式 | ||
| RS6448932 | CHR4 | 12595798 | RNF130 | 55819 | 0.15 | 反式 | ||
| RS1465923 | CHR4 | 77136210 | RNF130 | 55819 | 0.18 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23岁）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| ZFYVE21 | 0.80 | 0.83 |
| gnptg | 0.77 | 0.79 |
| pycr2 | 0.77 | 0.82 |
| PGM1 | 0.77 | 0.80 |
| NT5E | 0.77 | 0.82 |
| BDH1 | 0.76 | 0.80 |
| retsat | 0.76 | 0.79 |
| NLRX1 | 0.75 | 0.78 |
| ITM2C | 0.75 | 0.77 |
| parp3 | 0.74 | 0.77 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| RBMX2 | -0.54 | -0.54 |
| ZNF435 | -0.50 | -0.40 |
| RPL35A | -0.50 | -0.57 |
| RPL23 | -0.50 | -0.56 |
| RPS8 | -0.50 | -0.49 |
| KIAA1949 | -0.49 | -0.27 |
| CCDC23 | -0.49 | -0.42 |
| ZNF300 | -0.49 | -0.31 |
| AC004017.1 | -0.49 | -0.35 |
| ZNF551 | -0.49 | -0.36 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003674 | Molecular_Function | nd | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO：0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0006915 | 凋亡 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0016020 | 膜 | IEA | - | |
| GO：0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 迪亚兹慢性巨态性白血病 | 1382 | 904 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mullighan NPM1突变签名1 DN | 126 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mullighan NPM1签名3 DN | 162 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 奥多内尔转移 | 82 | 58 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿霉素DN的Graessmann凋亡 | 1781年 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gaussmann MLL AF4融合靶向 | 191 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Schaeffer前列腺开发6小时 | 176 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Shen Smarca2目标 | 424 | 268 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zhan多发性骨髓瘤CD1和CD2 DN | 51 | 32 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 伊万诺娃造血晚期祖先 | 544 | 307 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 江VHL目标 | 138 | 91 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Wang对GSK3抑制剂SB216763的响应向上 | 397 | 206 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Pilon KLF1靶向DN | 1972年 | 1213 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lee BMP2目标 | 745 | 475 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Huang Gata2靶向 | 149 | 96 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Wang MLL目标 | 289 | 188 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 林乳腺干细胞DN | 428 | 246 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-182 | 132 | 138 | 1a | HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca |
| mir-96 | 132 | 138 | 1a | HSA-MIR-96脑 | uuuggcacuagcacauuuuugc |