基因页面:VPS11
总结吗?
| GeneID | 55823年 |
| 象征 | VPS11 |
| 同义词 | END1 | HLD12 | PEP5 | RNF108 | hVPS11 |
| 描述 | VPS11轻型护卫舰/啤酒花核心单元 |
| 参考 | MIM: 608549|HGNC: HGNC: 14583|运用:ENSG00000160695|HPRD: 12258|织女:OTTHUMG00000166355 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 11 q23处 |
| 帕斯卡假定值 | 0.014 |
| 夏洛克假定值 | 0.872 |
| eGene | 尾状基底神经节 小脑半球 小脑 皮质 额叶皮质BA9 下丘脑 伏隔核基底神经节 硬膜基底神经节 迈尔斯的顺式和反式 元 |
| 支持 | G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| GSMA_I | 基因组扫描分析 | Psr: 0.006 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
eQTL注释
eQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs538478 | chr11 | 118925340 | VPS11 | 55823年 | 0.14 | 独联体 | ||
| rs1786141 | chr11 | 118938314 | VPS11 | 55823年 | 0.14 | 独联体 | ||
| rs2508948 | chr11 | 118951641 | VPS11 | 55823年 | 0.12 | 独联体 | ||
| rs4614 | chr11 | 118952370 | VPS11 | 55823年 | 0.16 | 独联体 | ||
| rs494048 | chr11 | 118961230 | VPS11 | 55823年 | 0.09 | 独联体 | ||
| rs12052673 | chr2 | 14325550 | VPS11 | 55823年 | 0.16 | 反式 | ||
| rs1003081 | 11 | 118913993 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 7.875 e-8 | 0 | -24410年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs501351 | 11 | 118917814 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 2.31 e-6 | 0 | -20589年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11217133 | 11 | 118928249 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 4.867 e - | 0 | -10154年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs2509121 | 11 | 118928253 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 3.908 e - | 0 | -10150年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11217137 | 11 | 118931030 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 4.311 e - | 0 | -7373年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs201513376 | 11 | 118935420 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 4.517 e - | 0 | -2983年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7925100 | 11 | 118941596 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 4.901 e - | 0 | 3193年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs10892328 | 11 | 118942654 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 4.697 e - | 0 | 4251年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs3825061 | 11 | 118944675 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 4.748 e - | 0 | 6272年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs150514425 | 11 | 118946251 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 1.383 e - | 0 | 7848年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs1177562 | 11 | 118949331 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 1.813 e - | 0 | 10928年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs2508948 | 11 | 118951642 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 1.416 e-6 | 0 | 13239年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs15818 | 11 | 118952173 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 2.571 e-6 | 0 | 13770年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4614 | 11 | 118952371 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 2.581 e-6 | 0 | 13968年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7924387 | 11 | 118954265 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 1.301 e-6 | 0 | 15862年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs592190 | 11 | 118955314 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 2.274 e-6 | 0 | 16911年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs589925 | 11 | 118955679 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 2.48 e-6 | 0 | 17276年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs1799992 | 11 | 118957246 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 1.24 e-6 | 0 | 18843年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11217148 | 11 | 118957735 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 2.493 e-6 | 0 | 19332年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs474201 | 11 | 118958229 | VPS11 | ENSG00000160695.10 | 2.394 e-6 | 0 | 19826年 | gtex_brain_putamen_basal |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
| 前10名中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| RWDD2A | 0.83 | 0.79 |
| UBE2E1 | 0.81 | 0.78 |
| KLHDC2 | 0.79 | 0.77 |
| EIF1B | 0.79 | 0.78 |
| MRPS35 | 0.78 | 0.75 |
| ACTR10 | 0.78 | 0.71 |
| HACL1 | 0.78 | 0.75 |
| ORC5L | 0.78 | 0.75 |
| CIRH1A | 0.78 | 0.76 |
| NUPL2 | 0.78 | 0.73 |
| 十大负面中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.18 | -0.62 | -0.66 |
| AF347015.26 | -0.62 | -0.59 |
| MT-CO2 | -0.61 | -0.53 |
| AF347015.8 | -0.60 | -0.56 |
| AF347015.2 | -0.60 | -0.54 |
| MT-CYB | -0.60 | -0.54 |
| AF347015.15 | -0.57 | -0.53 |
| AF347015.31 | -0.56 | -0.51 |
| AF347015.21 | -0.56 | -0.49 |
| AC098691.2 | -0.56 | -0.60 |
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0000166 | 核苷酸绑定 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005515 | 蛋白结合 | 新闻学会 | 15231747 | |
| 去:0005524 | ATP结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0008270 | 锌离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0046872 | 金属离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0015031 | 蛋白质的运输 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005765 | 溶酶体膜 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005769 | 早期内体 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0016020 | 膜 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005884 | 肌动蛋白丝 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0031902 | 晚期内体膜 | 国际能源机构 | - - - - - - |
第四部分,注释蛋白质间交互作用
| 扶少团团员 | 别名B | 官方全名B | 实验 | 源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| BCAR1 | 中科院| CAS1 | CASS1 | CRKAS | P130Cas | 乳腺癌抗雌激素电阻1 | 2台混合动力 | BioGRID | 16169070 |
| LSM1 | CASM | YJL124C | LSM1同族体,U6小核RNA相关(酵母) | 2台混合动力 | BioGRID | 15231747 |
| MARK3 | CTAK1 | KP78 | PAR1A | 地图/微管affinity-regulating激酶3 | 2台混合动力 | BioGRID | 16169070 |
| STX1A | HPC-1 | STX1 | p35-1 | 突触融合蛋白1(大脑) | VPS11与STX1A (Syntaxin-1)。这种交互是仿照人类VPS11之间的交互和STX1A (Syntaxin-1)从一个未指明的物种。 | 绑定 | 14623309 |
| STX6 | - - - - - - | 突触融合蛋白6 | Vps11与Stx6 (Syntaxin-6)。这种交互是仿照人类Vps11之间的交互和Stx6 (Syntaxin-6)从一个未指明的物种。 | 绑定 | 14623309 |
| STX7 | - - - - - - | 突触融合蛋白7 | VPS11与STX7 (Syntaxin-7)。这种交互是仿照人类VPS11之间的交互和STX7 (Syntaxin-7)从一个未指明的物种。 | 绑定 | 14623309 |
| STX7 | - - - - - - | 突触融合蛋白7 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 11382755 |
| STX8 | 碳水化合物 | 突触融合蛋白8 | VPS11与STX8 (Syntaxin-8)。这种交互是仿照人类VPS11之间的交互和STX8 (Syntaxin-8)从一个未指明的物种。 | 绑定 | 14623309 |
| VPS16 | hVPS16 | 空泡的蛋白分类16同族体(酵母) | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 11382755 |
| VPS18 | KIAA1475 | PEP3 | 空泡的蛋白分类18同族体(酵母) | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 11382755 |
| VPS33A | FLJ22395 | FLJ23187 | 空泡的蛋白分类33同族体(酵母) | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 11382755 |
| VPS45 | H1 | H1VPS45 | VPS45A | VPS45B | VPS54A | VSP45 | VSP45A | 空泡的蛋白分类45同族体(酵母) | VPS11与VPS45A (VPS45)。这种交互是仿照人类VPS11和老鼠VPS45证明之间的交互。 | 绑定 | 14623309 |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 父母MTOR信号了 | 567年 | 375年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 多德鼻咽癌起来 | 1821年 | 933年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SPIELMAN淋巴母细胞欧洲和亚洲 | 479年 | 299年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 李肝癌ACOX1 DN | 65年 | 39 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 八木AML生存 | 129年 | 87年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 伊万诺娃早期造血祖 | 532年 | 309年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 阿尔茨海默病了布莱洛克的 | 1691年 | 1088年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 马森FOXP3如果绑定 | 1229年 | 713年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 麦凯布受HOXC6 | 469年 | 239年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MCCABE HOXC6目标癌症 | 31日 | 23 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 冬天缺氧METAGENE | 242年 | 168年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 由1日EGF ZWANG瞬变脉冲 | 1839年 | 928年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |