基因页面:PCDHA13

总结吗?
GeneID 56136年
象征 PCDHA13
同义词 CNR5 | CNRN5 | CNRS5 | CRNR5 | PCDH-ALPHA13
描述 protocadherinα13
参考 MIM: 606319|HGNC: HGNC: 8667|运用:ENSG00000239389|HPRD: 07554|织女:OTTHUMG00000129614
基因型 蛋白质编码
地图上的位置 5问
帕斯卡假定值 4.383 e-5
eGene 前扣带皮层BA24
尾状基底神经节
小脑半球
小脑
皮质
额叶皮质BA9
伏隔核基底神经节

基因数据来源
基因集名称 基因的方法设置 描述 信息
简历:PGCnp 全基因组关联研究 GWAS
GSMA_I 基因组扫描分析 Psr: 0.0032

部分即遗传学和表观遗传学注释

@认为表

基因 染色体 位置 裁判 Alt 成绩单 AA变化 突变类型 筛选 CG46 特征 研究
PCDHA13 chr5 140262375 C G NM_018900
NM_018901
NM_018902
NM_018903
NM_018904
NM_018905
NM_018906
NM_018907
NM_018908
NM_018909
NM_018910
NM_018911
NM_031411
NM_031849
NM_031857
NM_031860
NM_031865		 。
。
。
。
。
。
。
。
。
。
。
。
。
。
。
。
。		 intronic
intronic
intronic
intronic
沉默
intronic
intronic
intronic
intronic
intronic
intronic
intronic
intronic
intronic
intronic
intronic
沉默		 精神分裂症 认为:Gulsuner_2013

@eQTL注释

SNP ID 染色体 位置 eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS距离 eQTL类型
rs251358 5 140233942 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.175 e-6 0 -27851年 gtex_brain_ba24
rs251359 5 140233976 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.629 e-6 0 -27817年 gtex_brain_ba24
rs251360 5 140234863 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.768 e-9 0 -26930年 gtex_brain_ba24
rs251361 5 140235076 PCDHA13 ENSG00000239389.3 3.123 e-6 0 -26717年 gtex_brain_ba24
rs251362 5 140236950 PCDHA13 ENSG00000239389.3 2.022 e-6 0 -24843年 gtex_brain_ba24
rs251363 5 140237109 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.523 e-9 0 -24684年 gtex_brain_ba24
rs251364 5 140237387 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.928 e-9 0 -24406年 gtex_brain_ba24
rs630162 5 140237548 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.933 e-9 0 -24245年 gtex_brain_ba24
rs251365 5 140239423 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.428 e-9 0 -22370年 gtex_brain_ba24
rs251366 5 140239786 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.428 e-9 0 -22007年 gtex_brain_ba24
rs251367 5 140240426 PCDHA13 ENSG00000239389.3 2.889 e-8 0 -21367年 gtex_brain_ba24
rs71574494 5 140241354 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.271 e - 0 -20439年 gtex_brain_ba24
rs11321479 5 140242451 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.428 e-9 0 -19342年 gtex_brain_ba24
rs251369 5 140242479 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.456 e-9 0 -19314年 gtex_brain_ba24
rs251371 5 140247354 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.456 e-9 0 -14439年 gtex_brain_ba24
rs251374 5 140252935 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 -8858年 gtex_brain_ba24
rs251378 5 140257591 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.456 e-9 0 -4202年 gtex_brain_ba24
rs251379 5 140258922 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.861 e-9 0 -2871年 gtex_brain_ba24
rs59479 5 140261677 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.399 e-8 0 -116年 gtex_brain_ba24
rs251380 5 140263290 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.43 e-8 0 1497年 gtex_brain_ba24
rs251381 5 140264855 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.241 e-8 0 3062年 gtex_brain_ba24
rs35160890 5 140272255 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.265 e-8 0 10462年 gtex_brain_ba24
rs3776121 5 140274310 PCDHA13 ENSG00000239389.3 2.1 e - 0 12517年 gtex_brain_ba24
rs13174119 5 140275674 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.809 e-9 0 13881年 gtex_brain_ba24
rs62384484 5 140279665 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.807 e-9 0 17872年 gtex_brain_ba24
rs6874218 5 140280425 PCDHA13 ENSG00000239389.3 2.612 e-8 0 18632年 gtex_brain_ba24
rs34807894 5 140284031 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 22238年 gtex_brain_ba24
rs62384488 5 140285179 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 23386年 gtex_brain_ba24
rs13182228 5 140285674 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 23881年 gtex_brain_ba24
rs7704223 5 140286119 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 24326年 gtex_brain_ba24
rs1606122 5 140288401 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 26608年 gtex_brain_ba24
rs1849054 5 140288787 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 26994年 gtex_brain_ba24
rs1858296 5 140294163 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 32370年 gtex_brain_ba24
rs11167655 5 140295566 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 33773年 gtex_brain_ba24
rs155804 5 140296749 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 34956年 gtex_brain_ba24
rs155803 5 140296871 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 35078年 gtex_brain_ba24
rs155801 5 140297521 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 35728年 gtex_brain_ba24
rs155800 5 140298378 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 36585年 gtex_brain_ba24
rs56003 5 140298532 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 36739年 gtex_brain_ba24
rs56002 5 140298815 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 37022年 gtex_brain_ba24
rs35005979 5 140299567 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 37774年 gtex_brain_ba24
rs155817 5 140301236 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 39443年 gtex_brain_ba24
rs155818 5 140302162 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.885 e-9 0 40369年 gtex_brain_ba24
rs6149268 5 140302804 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.019 e-8 0 41011年 gtex_brain_ba24
rs155820 5 140307746 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.629 e-9 0 45953年 gtex_brain_ba24
rs155821 5 140309124 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.768 e-8 0 47331年 gtex_brain_ba24
rs397724861 5 140311045 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.765 e-9 0 49252年 gtex_brain_ba24
rs201955926 5 140312792 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.852 e-9 0 50999年 gtex_brain_ba24
rs397744827 5 140312794 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.908 e-9 0 51001年 gtex_brain_ba24
rs155823 5 140314090 PCDHA13 ENSG00000239389.3 3.163 e-8 0 52297年 gtex_brain_ba24
rs155824 5 140314280 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.908 e-9 0 52487年 gtex_brain_ba24
rs155825 5 140315570 PCDHA13 ENSG00000239389.3 7.938 e-9 0 53777年 gtex_brain_ba24
rs246073 5 140317371 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.404 e-8 0 55578年 gtex_brain_ba24
rs59072362 5 140318132 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.002 e-8 0 56339年 gtex_brain_ba24
rs199772323 5 140318137 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.379 e - 0 56344年 gtex_brain_ba24
rs155816 5 140320019 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.924 e-9 0 58226年 gtex_brain_ba24
rs155815 5 140320519 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.929 e-9 0 58726年 gtex_brain_ba24
rs5871754 5 140320871 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.179 e-9 0 59078年 gtex_brain_ba24
rs246068 5 140320997 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.117 e-9 0 59204年 gtex_brain_ba24
rs155814 5 140321593 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.961 e-9 0 59800年 gtex_brain_ba24
rs155813 5 140323876 PCDHA13 ENSG00000239389.3 6.06 e-9 0 62083年 gtex_brain_ba24
rs269553 5 140324709 PCDHA13 ENSG00000239389.3 6.341 e-9 0 62916年 gtex_brain_ba24
rs75895301 5 140326216 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.292 e-6 0 64423年 gtex_brain_ba24
rs246040 5 140331136 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.931 e-9 0 69343年 gtex_brain_ba24
rs246039 5 140331337 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.46 e-6 0 69544年 gtex_brain_ba24
rs246015 5 140335575 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.162 e-9 0 73782年 gtex_brain_ba24
rs155799 5 140336168 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.768 e-8 0 74375年 gtex_brain_ba24
rs2307694 5 140336545 PCDHA13 ENSG00000239389.3 4.264 e-8 0 74752年 gtex_brain_ba24
rs5871756 5 140337437 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.713 e-9 0 75644年 gtex_brain_ba24
rs246004 5 140340821 PCDHA13 ENSG00000239389.3 8.976 e-9 0 79028年 gtex_brain_ba24
rs151988 5 140342818 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.426 e-9 0 81025年 gtex_brain_ba24
rs155812 5 140343372 PCDHA13 ENSG00000239389.3 9.456 e-9 0 81579年 gtex_brain_ba24
rs155811 5 140343598 PCDHA13 ENSG00000239389.3 2.213 e-8 0 81805年 gtex_brain_ba24
rs155808 5 140346712 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.584 e-8 0 84919年 gtex_brain_ba24
rs155807 5 140347053 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.679 e-8 0 85260年 gtex_brain_ba24
rs3776114 5 140350545 PCDHA13 ENSG00000239389.3 1.27 e-6 0 88752年 gtex_brain_ba24

第二部分。转录组注释

通用基因表达(GTEx)

不可用

基因表达的时空变化(BrainSpan)

补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。

中的基因在大脑区域

前10名中的基因
基因 皮尔森的相关性 斯皮尔曼的相关性
PHF20 0.97 0.97
HMG20A 0.97 0.98
CSRNP2 0.97 0.97
ZNF512 0.96 0.96
TNPO3 0.96 0.96
POLR3A 0.96 0.98
CAPRIN1 0.96 0.98
EXOC2 0.96 0.97
CTTNBP2NL 0.96 0.96
STAU1 0.96 0.97
十大负面中的基因
基因 皮尔森的相关性 斯皮尔曼的相关性
FXYD1 -0.79 -0.92
AF347015.31 -0.78 -0.91
MT-CO2 -0.78 -0.92
AIFM3 -0.77 -0.82
TSC22D4 -0.77 -0.84
AF347015.33 -0.76 -0.88
S100B -0.76 -0.86
AF347015.27 -0.76 -0.88
HSD17B14 -0.75 -0.83
IFI27 -0.75 -0.88

第三部分。基因本体论注释

分子功能 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0005509 钙离子结合 国际能源机构 - - - - - -
去:0005515 蛋白结合 国际能源机构 - - - - - -
生物过程 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0007155 细胞粘附 国际能源机构 - - - - - -
去:0007156 亲同种抗原的细胞粘附 国际能源机构 - - - - - -
蜂窝组件 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0016021 不可或缺的膜 国际能源机构 - - - - - -
去:0005886 等离子体膜 国际能源机构 - - - - - -

部分诉通路注释

路径名称 通道尺寸 # SZGR 2.0基因通路 信息
桑塞姆APC DN的目标 366年 238年 所有SZGR 2.0基因通路
阿塞维多甲基化在肝癌DN 940年 425年 所有SZGR 2.0基因通路
米凯尔森和HCP H3K27ME3 IPS 102年 76年 所有SZGR 2.0基因通路
DN PEDRIOLI MIR31目标 418年 245年 所有SZGR 2.0基因通路

部分VI. microRNA注释

microrna的家庭 目标位置 microrna的ID microrna的seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-124/506 2194年 2200年 m8 hsa - mir - 506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa - mir - 124大脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-15/16/195/424/497 1015年 1022年 1、m8 hsa-miR-15a大脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
hsa-miR-16大脑 UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG
hsa-miR-15b大脑 UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA
hsa - mir - 195深圳 UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
hsa - mir - 424 CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA
hsa - mir - 497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
mir - 153 841年 847年 1 hsa - mir - 153 UUGCAUAGUCACAAAAGUGA
miR-17-5p / 20/93.mr / 106/519.d 2259年 2265年 m8 hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
hsa-miR-20a大脑 UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG
hsa - mir - 106 a AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC
hsa - mir - 106 b深圳 UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU
hsa-miR-20b深圳 CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa - mir - 519 d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
hsa-miR-20a大脑 UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG
hsa - mir - 106 a AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC
hsa - mir - 106 b深圳 UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU
hsa-miR-20b深圳 CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa - mir - 519 d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
mir - 181 1523年 1530年 1、m8 hsa - mir - 181 a大脑 AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU
hsa - mir - 181 b深圳 AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGG
hsa - mir - 181 c大脑 AACAUUCAACCUGUCGGUGAGU
hsa - mir - 181 d大脑 AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU
mir - 185 52 58 m8 hsa - mir - 185大脑 UGGAGAGAAAGGCAGUUC
hsa - mir - 185大脑 UGGAGAGAAAGGCAGUUC
mir - 186 791年 797年 m8 hsa - mir - 186 CAAAGAAUUCUCCUUUUGGGCUU
miR-19 796年 803年 1、m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA
mir - 218 1791年 1798年 1、m8 hsa - mir - 218大脑 UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU
miR-221/222 60 67年 1、m8 hsa - mir - 221大脑 AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC
hsa - mir - 222大脑 AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC
miR-23 2125年 2131年 1 hsa-miR-23a大脑 AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC
hsa-miR-23b大脑 AUCACAUUGCCAGGGAUUACC
hsa-miR-23a大脑 AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC
hsa-miR-23b大脑 AUCACAUUGCCAGGGAUUACC
miR-29 2355年 2362年 1、m8 hsa-miR-29a深圳 UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU
hsa-miR-29b深圳 UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU
hsa-miR-29c深圳 UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
mir - 320 1512年 1518年 1 hsa - mir - 320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
hsa - mir - 320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
hsa - mir - 320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
mir - 329 2071年 2078年 1、m8 hsa - mir - 329大脑 AACACACCUGGUUAACCUCUUU
mir - 330 1833年 1840年 1、m8 hsa - mir - 330大脑 GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGA
mir - 362 2320年 2326年 1 hsa - mir - 362 AAUCCUUGGAACCUAGGUGUGAGU
mir - 369 - 3 - p 1057年 1064年 1、m8 hsa - mir - 369 - 3 - p AAUAAUACAUGGUUGAUCUUU
mir - 448 841年 847年 1 hsa - mir - 448 UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU
mir - 495 883年 889年 m8 hsa - mir - 495大脑 AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU
mir - 503 1016年 1022年 1 hsa - mir - 503 UAGCAGCGGGAACAGUUCUGCAG
mir - 505 1520年 1526年 1 hsa - mir - 505 GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC
mir - 539 1257年 1263年 1 hsa - mir - 539 GGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGU
米尔- 93. - hd / 291 - 3 - p / 294/295/302/372/373/520 2258年 2264年 m8 hsa - mir - 93大脑 AAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG
hsa - mir - 302 a UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGA
hsa - mir - 302 b UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAG
hsa - mir - 302 c UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG
hsa - mir - 302 d UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGU
hsa - mir - 372 AAAGUGCUGCGACAUUUGAGCGU
hsa - mir - 373 GAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGU
hsa - mir - 520 e AAAGUGCUUCCUUUUUGAGGG
hsa - mir - 520 a AAAGUGCUUCCCUUUGGACUGU
hsa - mir - 520 b AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGG
hsa - mir - 520 c AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGGUU
hsa - mir - 520 d AAAGUGCUUCUCUUUGGUGGGUU