基因页：PCDHA4

概括？
基因 56144
象征 PCDHA4
同义词 cnr1 | cnrn1 | crnr1 | pcdh-alpha4
描述 原钙粘蛋白α4
参考 MIM：606310|HGNC：HGNC：8670|Ensembl：ENSG00000204967|HPRD：07322|Vega：Otthumg00000163360
基因类型 蛋白质编码
地图位置 5Q31
Pascal P值 2.497E-6
支持 COMPOSITESET
Darnell FMRP目标

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.0032
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：3.645

第一节遗传学和表观遗传学注释


第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

时间变化的基因表达（brainspan）

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
NDUFAF4 0.37 0.36
htr2c 0.37 0.33
ITGB1BP1 0.36 0.37
PPP1R7 0.36 0.30
CCDC110 0.36 0.33
prkag2 0.36 0.35
SLC25A14 0.36 0.36
Fundc1 0.36 0.30
sec11c 0.35 0.34
CALM2 0.35 0.34
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
KLF4 -0.22 -0.25
KLF2 -0.22 -0.23
mylk2 -0.22 -0.20
SLC38A5 -0.21 -0.19
CXCL2 -0.21 -0.19
Sorbs3 -0.21 -0.20
Cldn5 -0.21 -0.23
NDUFA4L2 -0.21 -0.19
AF347015.18 -0.20 -0.11
Sox17 -0.20 -0.16

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005509 钙离子结合 IEA -
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007399 神经系统的发展 塔斯 神经突（GO期限：5） 10380929
去：0007155 细胞粘附 塔斯 10380929
去：0007156 同粒细胞粘附 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005886 质膜 IEA -
去：0005887 质膜的积分 塔斯 10380929

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

互动者 别名b 官方全名b 实验 来源 PubMed ID
APLP1 APLP 淀粉样β（A4）前体样蛋白1 两个杂交 Biogrid 16169070
C14orf1 ERG28 |Net51 染色体14开放阅读框1 两个杂交 Biogrid 16169070
C1orf103 FLJ11269 |RIF1 |RP11-96K19.1 染色体1开放阅读框103 两个杂交 Biogrid 16169070
C7orf64 DKFZP564O0523 |DKFZP686D1651 |HSPC304 染色体7开放阅读框64 两个杂交 Biogrid 16169070
CCDC90B MDS011 |MDS025 |MGC104239 包含90b 两个杂交 Biogrid 16169070
EEF1A1 CCS-3 |CCS3 |EEF-1 |EEF1A |ef-tu |EF1A |FLJ25721 |graf-1ef |HNGC：16303 |leng7 | MGC102687 | MGC131894 | MGC16224 | PTI1 | eEF1A-1 真核翻译伸长因子1 alpha 1 两个杂交 Biogrid 16169070
gapdh G3PD |GAPD |MGC88685 3-磷酸​​甘油醛脱氢酶 两个杂交 Biogrid 16169070
GDF9 - 生长分化因子9 两个杂交 Biogrid 16169070
IGSF21 FLJ41177 |MGC15730 免疫球蛋白超家族，成员21 两个杂交 Biogrid 16169070
reln Pro1598 |RL reelin - HPRD 10612399
setDB1 eset |kg1t |KIAA0067 |KMT1E 设定域，分叉1 两个杂交 Biogrid 16169070
TLE1 ESG |ESG1 |grg1 分裂1（E（SP1）同源物，果蝇）的透明蛋白样增强剂 两个杂交 Biogrid 16169070
TP53 FLJ92943 |LFS1 |trp53 |p53 肿瘤蛋白p53 两个杂交 Biogrid 16169070
UNC119 HRG4 UNC-119同源物（秀丽隐杆线虫） 两个杂交 Biogrid 16169070


V.途径注释

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
Mikkelsen IPS带有HCP H3K27Me3 102 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen MEF HCP与H3未甲基化 228 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 1839年 928 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-124/506 2194 2200 M8 HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-15/16/195/424/497 1015 1022 1A，M8 HSA-MIR-15A脑 uagcagcacauaugguugug
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
HSA-MIR-15B脑 uagcagcacaucaugguuaca
HSA-MIR-195SZ uagcagaaaaauauuggc
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
HSA-MIR-497 cagcagcacacuguguuugu
mir-153 841 847 1a HSA-MIR-153 Uugcauagucacaaaaguga
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 2259 2265 M8 HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
mir-181 1523年 1530 1A，M8 HSA-MIR-181A脑 aacauucaacgcugucggugagu
HSA-MIR-181BSZ aacauucauugcugucggggg
HSA-MIR-181C脑 aacauucaaccugucggugagu
HSA-MIR-181D脑 aacauucauuguugucggggguggguu
mir-185 204 211 1A，M8 HSA-MIR-185脑 Uggagaaaggcaguuc
HSA-MIR-185脑 Uggagaaaggcaguuc
mir-186 791 797 M8 HSA-MIR-186 caaagaauuuugggcuu
mir-19 796 803 1A，M8 HSA-MIR-19A ugugcaaauaugauaugaaaacuga
HSA-MIR-19B ugugcaaauccaugcaaaacuga
mir-218 1791年 1798年 1A，M8 HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
mir-221/222 60 67 1A，M8 HSA-MIR-221脑 agcuacauugucugugggggguc
HSA-MIR-222脑 agcuacaucuggcuacugggucuc
mir-23 2125 2131 1a HSA-MIR-23A脑 aucacauugccagggauucc
HSA-MIR-23B脑 aucacauugccagggauuacc
HSA-MIR-23A脑 aucacauugccagggauucc
HSA-MIR-23B脑 aucacauugccagggauuacc
mir-29 2355 2362 1A，M8 HSA-MIR-29ASZ uagcaccaucugaaaucgguu
HSA-MIR-29BSZ uagcaccauuugaaaucaguguu
HSA-MIR-29CSZ uagcaccauuugaaaucggu
mir-320 1083 1090 1A，M8 HSA-MIR-320 aaaagcugggugagaggggcgaa
HSA-MIR-320 aaaagcugggugagaggggcgaa
HSA-MIR-320 aaaagcugggugagaggggcgaa
mir-329 2071 2078 1A，M8 HSA-MIR-329脑 aacacaccugguaaccucuuu
mir-330 1833年 1840年 1A，M8 HSA-MIR-330脑 GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA
mir-362 2320 2326 1a HSA-MIR-362 aauccuuggaaccuaggugugugugugugagu
mir-369-3p 1057 1064 1A，M8 HSA-MIR-369-3P aauauacaugguugaucuuu
mir-448 841 847 1a HSA-MIR-448 uugcauauguaggauguccccau
mir-495 883 889 M8 HSA-MIR-495脑 Aaacaaacauggugcacuuuuu
mir-503 1016 1022 1a HSA-MIR-503 uagcagcgggaacaguucugcag
mir-505 1520 1526年 1a HSA-MIR-505 gucaacuugcugguuccuc
mir-539 1257 1263 1a HSA-MIR-539 ggagaauuauccuuggugugu
mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 2258 2264 M8 HSA-MIR-93脑 aaagugcuguucgugcagguag
HSA-MIR-302A uaagugcuugcauguuuguga
HSA-MIR-302B uaagugcuuccauguuuaguag
HSA-MIR-302C uaagugcuuccauguucagugg
HSA-MIR-302D Uaagugcuauguugugugu
HSA-MIR-372 aaagugcugcgacauuugagcgu
HSA-MIR-373 Gaagugcuucgauuuggggugu
HSA-MIR-520E Aaagugcuuuuuugaggg
HSA-MIR-520A aaagugcuucccuuguggugu
HSA-MIR-520B aaagugcuuuuuuagaggg
HSA-MIR-520C aaagugcuuuuuuaggggug
HSA-MIR-520D aaaguguuugugggguggguu