基因页面:PCDHA3
总结吗?
GeneID | 56145年 |
象征 | PCDHA3 |
同义词 | PCDH-ALPHA3 |
描述 | protocadherinα3 |
参考 | MIM: 606309|HGNC: HGNC: 8669|运用:ENSG00000255408|HPRD: 07321|织女:OTTHUMG00000163357 |
基因型 | 蛋白质编码 |
地图上的位置 | 5问 |
帕斯卡假定值 | 2.231 e-6 |
eGene | 小脑半球 小脑 迈尔斯的顺式和反式 |
基因数据来源
基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
GSMA_I | 基因组扫描分析 | Psr: 0.0032 | |
GO_Annotation | neuro-related关键字映射到基因本体论注释 | 支安打与neuro-related关键词:1 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
eQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
rs17118547 | chr5 | 139331536 | PCDHA3 | 56145年 | 0.07 | 独联体 | ||
rs965919 | chr5 | 139343388 | PCDHA3 | 56145年 | 0.09 | 独联体 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
![不可用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/PCDHA3_DE_GTEx.png)
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
前10名中的基因 | ||
基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
BAP1 | 0.86 | 0.83 |
AP2M1 | 0.85 | 0.80 |
ADRBK1 | 0.84 | 0.79 |
OTUD5 | 0.83 | 0.80 |
aac格式 | 0.83 | 0.81 |
SEPT5 | 0.83 | 0.79 |
猪 | 0.83 | 0.81 |
DNAJA3 | 0.83 | 0.79 |
NDUFA10 | 0.83 | 0.78 |
RAD23A | 0.82 | 0.77 |
十大负面中的基因 | ||
基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.21 | -0.64 | -0.43 |
AF347015.18 | -0.60 | -0.44 |
AL139819.3 | -0.59 | -0.54 |
MT-CO2 | -0.54 | -0.38 |
NOSTRIN | -0.54 | -0.39 |
AF347015.8 | -0.54 | -0.38 |
AP002478.3 | -0.53 | -0.43 |
AC098691.2 | -0.53 | -0.39 |
AC010300.1 | -0.52 | -0.47 |
AF347015.26 | -0.52 | -0.34 |
第三部分。基因本体论注释
分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005509 | 钙离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
去:0005515 | 蛋白结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
去:0007399 | 神经系统发育 | 助教 | 神经突(术语层面:5) | 10380929 |
去:0007155 | 细胞粘附 | 助教 | 10380929 | |
去:0007156 | 亲同种抗原的细胞粘附 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
去:0005886 | 等离子体膜 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
去:0005887 | 不可或缺的质膜 | 助教 | 10380929 |
部分诉通路注释
路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
---|---|---|---|
KAAB心脏心房和心室DN | 261年 | 183年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
八木AML和11 q23处重新安排 | 351年 | 238年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
米凯尔森ES HCP H3K27ME3 | 41 | 30. | 所有SZGR 2.0基因通路 |
米凯尔森MEF HCP H3 UNMETHYLATED | 228年 | 119年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
miR-124/506 | 2194年 | 2200年 | m8 | hsa - mir - 506 | UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA |
hsa - mir - 124大脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
miR-15/16/195/424/497 | 1015年 | 1022年 | 1、m8 | hsa-miR-15a大脑 | UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG |
hsa-miR-16大脑 | UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG | ||||
hsa-miR-15b大脑 | UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA | ||||
hsa - mir - 195深圳 | UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC | ||||
hsa - mir - 424 | CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA | ||||
hsa - mir - 497 | CAGCAGCACACUGUGGUUUGU | ||||
mir - 153 | 841年 | 847年 | 1 | hsa - mir - 153 | UUGCAUAGUCACAAAAGUGA |
miR-17-5p / 20/93.mr / 106/519.d | 1189年 | 1195年 | m8 | hsa-miR-17-5p | CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU |
hsa-miR-20a大脑 | UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG | ||||
hsa - mir - 106 a | AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC | ||||
hsa - mir - 106 b深圳 | UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU | ||||
hsa-miR-20b深圳 | CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG | ||||
hsa - mir - 519 d | CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU | ||||
hsa-miR-17-5p | CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU | ||||
hsa-miR-20a大脑 | UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG | ||||
hsa - mir - 106 a | AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC | ||||
hsa - mir - 106 b深圳 | UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU | ||||
hsa-miR-20b深圳 | CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG | ||||
hsa - mir - 519 d | CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU | ||||
mir - 181 | 1523年 | 1530年 | 1、m8 | hsa - mir - 181 a大脑 | AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU |
hsa - mir - 181 b深圳 | AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGG | ||||
hsa - mir - 181 c大脑 | AACAUUCAACCUGUCGGUGAGU | ||||
hsa - mir - 181 d大脑 | AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU | ||||
mir - 185 | 52 | 58 | m8 | hsa - mir - 185大脑 | UGGAGAGAAAGGCAGUUC |
hsa - mir - 185大脑 | UGGAGAGAAAGGCAGUUC | ||||
mir - 186 | 791年 | 797年 | m8 | hsa - mir - 186 | CAAAGAAUUCUCCUUUUGGGCUU |
miR-19 | 796年 | 803年 | 1、m8 | hsa-miR-19a | UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA |
hsa-miR-19b | UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA | ||||
mir - 218 | 1791年 | 1798年 | 1、m8 | hsa - mir - 218大脑 | UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU |
miR-221/222 | 60 | 67年 | 1、m8 | hsa - mir - 221大脑 | AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC |
hsa - mir - 222大脑 | AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC | ||||
miR-23 | 1472年 | 1478年 | 1 | hsa-miR-23a大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC |
hsa-miR-23b大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUACC | ||||
hsa-miR-23a大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC | ||||
hsa-miR-23b大脑 | AUCACAUUGCCAGGGAUUACC | ||||
miR-29 | 2355年 | 2362年 | 1、m8 | hsa-miR-29a深圳 | UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU |
hsa-miR-29b深圳 | UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU | ||||
hsa-miR-29c深圳 | UAGCACCAUUUGAAAUCGGU | ||||
mir - 320 | 1512年 | 1518年 | 1 | hsa - mir - 320 | AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA |
hsa - mir - 320 | AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA | ||||
hsa - mir - 320 | AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA | ||||
mir - 329 | 2071年 | 2078年 | 1、m8 | hsa - mir - 329大脑 | AACACACCUGGUUAACCUCUUU |
mir - 330 | 1833年 | 1840年 | 1、m8 | hsa - mir - 330大脑 | GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGA |
mir - 362 | 2320年 | 2326年 | 1 | hsa - mir - 362 | AAUCCUUGGAACCUAGGUGUGAGU |
mir - 369 - 3 - p | 1057年 | 1064年 | 1、m8 | hsa - mir - 369 - 3 - p | AAUAAUACAUGGUUGAUCUUU |
mir - 448 | 841年 | 847年 | 1 | hsa - mir - 448 | UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU |
mir - 495 | 883年 | 889年 | m8 | hsa - mir - 495大脑 | AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU |
mir - 503 | 1016年 | 1022年 | 1 | hsa - mir - 503 | UAGCAGCGGGAACAGUUCUGCAG |
mir - 505 | 1520年 | 1526年 | 1 | hsa - mir - 505 | GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC |
mir - 539 | 1257年 | 1263年 | 1 | hsa - mir - 539 | GGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGU |
米尔- 93. - hd / 291 - 3 - p / 294/295/302/372/373/520 | 2258年 | 2264年 | m8 | hsa - mir - 93大脑 | AAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG |
hsa - mir - 302 a | UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGA | ||||
hsa - mir - 302 b | UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAG | ||||
hsa - mir - 302 c | UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG | ||||
hsa - mir - 302 d | UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGU | ||||
hsa - mir - 372 | AAAGUGCUGCGACAUUUGAGCGU | ||||
hsa - mir - 373 | GAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGU | ||||
hsa - mir - 520 e | AAAGUGCUUCCUUUUUGAGGG | ||||
hsa - mir - 520 a | AAAGUGCUUCCCUUUGGACUGU | ||||
hsa - mir - 520 b | AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGG | ||||
hsa - mir - 520 c | AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGGUU | ||||
hsa - mir - 520 d | AAAGUGCUUCUCUUUGGUGGGUU |