基因页：prnp
概括?
| 基因ID | 5621 |
| Symbol | prnp |
| 同义词 | ascr | altprp | cd230 | cjd | gss | kuru | prp | prp | prp27-30 | prp33-35c | prpc | p27-30 |
| 描述 | prion蛋白 |
| 参考 | MIM：176640|HGNC:HGNC:9449|ENSEMBL：ENSG00000171867|HPRD：01453|Vega:OTTHUMG00000031786 |
| 基因type | protein-coding |
| 地图位置 | 20p13 |
| Pascal P值 | 0.508 |
| Sherlock P值 | 0.878 |
| Fetal beta | -1.793 |
| DMG | 3 (# studies) |
| eGene | 小脑半球 Cerebellum |
| 支持 | g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP |
数据源中的基因
| 基因set name | 基因组方法 | 描述 | Info |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG:Jaffe_2016 | Genome-wide DNA methylation analysis | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 3 |
| DMG:Nishioka_2013 | Genome-wide DNA methylation analysis | The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls. | 3 |
| DMG：Vaneijk_2014 | Genome-wide DNA methylation analysis | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 3 |
| PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included. | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | Co-occurance患有精神分裂症keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias | Click to show details |
| 网络 | 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 | PPI网络中最短路径的贡献：16.3147 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | Chromosome | Position | 最近的基因 | P (dis) | beta（dis） | FDR (dis) | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg15993674 | 20 | 4667405 | prnp | -0.02 | 0.98 | DMG:Nishioka_2013 | |
| cg15993674 | 20 | 4667405 | prnp | 4.49E-10 | -0.014 | 8.02E-7 | DMG:Jaffe_2016 |
| cg09614401 | 20 | 4630022-4630071 | prnp | 0.003 | 5.522 | DMG：Vaneijk_2014 |
Section II. Transcriptome annotation
基因ral gene expression (GTEx)
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
Top co-expressed genes in brain regions
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| TF | 0.97 | 0.95 |
| FA2H | 0.97 | 0.94 |
| GJB1 | 0.96 | 0.95 |
| SLC5A11 | 0.96 | 0.92 |
| MAG | 0.95 | 0.94 |
| SLC31A2 | 0.95 | 0.77 |
| CNP | 0.94 | 0.88 |
| PPAP2C | 0.94 | 0.90 |
| HSPA2 | 0.94 | 0.89 |
| DBNDD2 | 0.94 | 0.95 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| nkiras2 | -0.55 | -0.72 |
| TUBB2B | -0.53 | -0.79 |
| HN1 | -0.53 | -0.75 |
| CRMP1 | -0.52 | -0.71 |
| KIAA1949 | -0.52 | -0.75 |
| NR2C2AP | -0.52 | -0.77 |
| trnau1ap | -0.52 | -0.73 |
| RARS2 | -0.52 | -0.74 |
| HMGB3 | -0.51 | -0.76 |
| IFT52 | -0.51 | -0.74 |
Section III. Gene Ontology annotation
| Molecular function | GO term | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0005507 | 铜离子结合 | IEA | - | |
| GO:0005507 | 铜离子结合 | 塔斯 | 16294306 | |
| GO:0005515 | protein binding | IEA | - | |
| 去：0008017 | microtubule binding | 艾达 | 16004966 | |
| GO:0042802 | 相同的蛋白质结合 | 新闻学会 | 16286452 | |
| Biological process | GO term | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| 去：0008152 | metabolic process | 塔斯 | 3755672 | |
| GO:0006979 | response to oxidative stress | IEA | - | |
| GO:0006979 | response to oxidative stress | ISS | - | |
| GO:0006878 | cellular copper ion homeostasis | NAS | 16004966 | |
| GO:0051260 | 蛋白质家庭化 | IEA | - | |
| 细胞分量 | GO term | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| GO:0005794 | Golgi apparatus | IEA | - | |
| GO:0005794 | Golgi apparatus | ISS | - | |
| GO:0005737 | 细胞质 | 塔斯 | 16004966 | |
| GO:0005783 | endoplasmic reticulum | IEA | - | |
| GO:0005783 | endoplasmic reticulum | ISS | - | |
| GO:0016020 | 膜 | IEA | - | |
| GO:0005886 | 质膜 | IEA | - | |
| GO:0005886 | 质膜 | ISS | - | |
| GO：0031225 | anchored to membrane | IEA | - | |
| GO:0019898 | 外膜到膜 | 塔斯 | 16004966 | |
| GO：0045121 | 膜筏 | IEA | - | |
| GO：0045121 | 膜筏 | ISS | - |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| Interactors | Aliases B | Official full name B | Experimental | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| APBB1 | FE65 |MGC：9072 |里尔 | amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family B, member 1 (Fe65) | - | HPRD | 15146195 |
| BAT3 | BAG-6 | BAG6 | D6S52E | G3 | HLA-B相关的成绩单3 | 两个杂交 | BioGRID | 16169070 |
| CAV1 | CAV | MSTP085 | VIP21 | caveolin 1, caveolae protein, 22kDa | - | HPRD | 10988071 |
| CLSTN1 | ALC-ALPHA | CSTN1 | FLJ32258 | KIAA0911 | PIK3CD | XB31alpha | alcalpha1 | alcalpha2 | Calsyntenin 1 | - | HPRD | 15146195 |
| CLU | AAG4 | APOJ | CLI | KUB1 | MGC24903 | SGP-2 | SGP2 | SP-40 | TRPM-2 | TRPM2 | clusterin | - | HPRD | 15146195 |
| CNTN1 | F3 |GP135 | 联系人1 | - | HPRD | 15146195 |
| CSNK2A1 | CK2A1 |CKII | casein kinase 2, alpha 1 polypeptide | PRPC与CSNK2A1（CK2 alpha）相互作用。这种相互作用是在牛PRPC和人CSNK2A1（CK2 alpha）之间的相互作用上建模的。 | BIND | 11062072 |
| CSNK2A2 | CK2A2 | CSNK2A1 | FLJ43934 | casein kinase 2, alpha prime polypeptide | PrPc interacts with CSNK2A2 (CK2 alpha prime). This interaction was modeled on a demonstrated interaction between bovine PrPc and human CSNK2A2 (CK2 alpha prime). | BIND | 11062072 |
| CSNK2B | CK2B |CK2N |CSK2B |g5a |MGC138222 |MGC138224 | casein kinase 2, beta polypeptide | PrPc interacts with CSNK2B (CK2 beta) albeit weakly. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between bovine PrPc and human CSNK2B (CK2 beta). | BIND | 11062072 |
| DNM1 | DNM | Dynamin 1 | - | HPRD | 15146195 |
| DPP6 | dppx |MGC46605 | 二肽基肽酶6 | - | HPRD | 15146195 |
| GRB2 | ASH | EGFRBP-GRB2 | Grb3-3 | MST084 | MSTP084 | 生长因子受体结合蛋白2 | - | HPRD | 11571277 |
| HSPA5 | bip |FLJ26106 |GRP78 |mif2 | heat shock 70kDa protein 5 (glucose-regulated protein, 78kDa) | PRPC与HSPA5（BIP）相互作用。 | BIND | 10970892 |
| HSPD1 | CPN60 | GROEL | HSP60 | HSP65 | HuCHA60 | SPG13 | heat shock 60kDa protein 1 (chaperonin) | PRPC与HSPD1（HSP60）相互作用。这种相互作用是建立在仓鼠PRPC和人HSPD1（HSP60）之间的相互作用上的建模的。 | BIND | 8676499 |
| L1CAM | CAML1 |CD171 |HSAS |HSAS1 |Masa |麦克风5 |n-caml1 |S10 |SPG1 | L1 cell adhesion molecule | - | HPRD | 15146195 |
| MAG | GMA | S-MAG | SIGLEC-4A | SIGLEC4A | 髓鞘相关的糖蛋白 | - | HPRD | 15146195 |
| 猫 | MGC26137 |Mogig-2 | myelin oligodendrocyte glycoprotein | - | HPRD | 15146195 |
| PLG | DKFZp779M0222 | plasminogen | PrPSc interacts with PLG. | BIND | 11438139 |
| prnpip | FLJ22943 | MGC2683 | PINT1 | prion蛋白interacting protein | - | HPRD | 11571277 |
| STIP1 | HOP | IEF-SSP-3521 | P60 | STI1 | STI1L | stress-induced-phosphoprotein 1 | - | HPRD，Biogrid | 12093732 |
V.途径注释
| Pathway name | Pathway size | ＃szgr 2.0基因 | Info |
|---|---|---|---|
| KEGG PRION DISEASES | 35 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID GLYPICAN 1PATHWAY | 27 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome发育生物学 | 396 | 292 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME AXON GUIDANCE | 251 | 188 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME NCAM1 INTERACTIONS | 39 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME NCAM SIGNALING FOR NEURITE OUT GROWTH | 64 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PICCALUGA ANGIOIMMUNOBLASTIC LYMPHOMA DN | 136 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Schuetz乳腺癌导管侵入性 | 351 | 230 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Sengupta鼻咽癌 | 294 | 178 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| thum收缩性心力衰竭 | 423 | 283 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| THUM SYSTOLIC HEART FAILURE DN | 244 | 147 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 迪亚兹慢性巨型性白血病DN | 116 | 79 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 乳腺癌腔与基础DN | 455 | 304 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS MESENCHYMAL DN | 460 | 312 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Laiho结直肠癌锯齿状 | 112 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HORIUCHI WTAP TARGETS UP | 306 | 188 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 奥斯曼膀胱癌 | 404 | 246 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gargalovic对氧化磷脂的反应绿松石 | 79 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gargalovic对氧化磷脂的反应黑色 | 35 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 8D DN | 205 | 127 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bilban B Cll LPL DN | 42 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SENESE HDAC1 TARGETS UP | 457 | 269 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Tien肠益生菌6小时 | 55 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR DN | 214 | 133 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER LMP DN | 199 | 124 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN | 1375 | 806 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gozgit ESR1靶向DN | 781 | 465 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿霉素DN的Graessmann凋亡 | 1781年 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN | 394 | 258 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FARMER BREAST CANCER BASAL VS LULMINAL | 330 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Schlosser MYC靶标和血清反应DN | 47 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Amundson对砷的回应 | 217 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LIEN BREAST CARCINOMA METAPLASTIC VS DUCTAL UP | 83 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Dairkee Tert目标 | 380 | 213 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP | 358 | 245 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YANG BREAST CANCER ESR1 LASER DN | 50 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HUI MAPK14靶向 | 21 | 11 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NUYTTEN EZH2 TARGETS UP | 1037 | 673 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Nanog目标 | 988 | 594 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BENPORATH SOX2 TARGETS | 734 | 436 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 | 893 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN | 546 | 351 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Goldrath免疫记忆 | 65 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GERY CEBP目标 | 126 | 90 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Petrova内皮淋巴与血液DN | 162 | 102 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 1 UP | 182 | 119 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PETROVA PROX1 TARGETS DN | 64 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SESTO RESPONSE TO UV C0 | 107 | 72 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CUI TCF21 TARGETS 2 UP | 428 | 266 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HEDENFALK BREAST CANCER BRCA1 VS BRCA2 | 163 | 113 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WENG POR TARGETS LIVER UP | 41 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 马丁尼trabectedin抗性DN | 49 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BILD HRAS ONCOGENIC SIGNATURE | 261 | 166 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP | 953 | 554 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krige对Tosedostat的反应24小时 | 783 | 442 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MONNIER POSTRADIATION TUMOR ESCAPE DN | 373 | 196 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Creighton内分泌疗法抗性5 | 482 | 296 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gavin Foxp3目标集群P7 | 90 | 52 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Riggins他莫昔芬抵抗DN | 220 | 147 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Martinez RB1靶向DN | 543 | 317 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Martinez TP53目标DN | 593 | 372 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN | 591 | 366 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 克拉斯的iwanaga致癌作用 | 170 | 107 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACEVEDO LIVER CANCER DN | 540 | 340 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿塞维多肝肿瘤与正常的邻近组织DN | 274 | 165 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACEVEDO LIVER CANCER WITH H3K27ME3 UP | 295 | 149 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 黄达沙替尼的抵抗 | 81 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MUELLER PLURINET | 299 | 189 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 甜肺癌克拉斯 | 491 | 316 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MILI PSEUDOPODIA CHEMOTAXIS DN | 457 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YAGI AML WITH INV 16 TRANSLOCATION | 422 | 277 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YAO对孕酮簇6的时间反应6 | 75 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 | 682 | 440 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KIM ALL DISORDERS CALB1 CORR UP | 548 | 370 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 UP | 430 | 288 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BRUINS UVC RESPONSE LATE | 1137 | 655 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PASINI SUZ12 TARGETS DN | 315 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| AZARE NEOPLASTIC TRANSFORMATION BY STAT3 UP | 121 | 70 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KOINUMA TARGETS OF SMAD2 OR SMAD3 | 824 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN | 1080 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D | 882 | 506 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| wakabayashi脂肪形成PPARG RXRA与H4K20me1标记结合 | 145 | 82 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 林乳腺干细胞向上 | 489 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |