基因页：reln

概括?
基因ID 5649
Symbol reln
同义词 ETL7|LIS2|PRO1598|RL
描述 reelin
参考 MIM:600514|HGNC:HGNC:9957|ENSEMBL：ENSG00000189056|HPRD:02742|Vega:OTTHUMG00000157247
基因type protein-coding
地图位置 7q22
Pascal P值 0.039
Sherlock P值 0.426
TADA P值 0.033
Fetal beta 0.052
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 COMPOSITESET
Darnell FMRP targets

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV:GWAScat 全基因组关联研究 This data set includes 560 SNPs associated with schizophrenia. A total of 486 genes were mapped to these SNPs within 50kb.
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DNM：Fromer_2014 整个外显子组测序分析 This study reported a WES study of 623 schizophrenia trios, reporting DNMs using genomic DNA.
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Association 组合的优势比方法（Sun et al. 2008），协会研究 2 链接到Szgene
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症Co-occurance柯ywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 31

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM table

基因 Chromosome Position Ref Alt Transcript AA change 突变类型 Sift CG46 Trait Study
reln chr7 103194134 T C NM_005045
NM_173054		 p.1981y> c
p.1981y> c		 错过
错过		 精神分裂症 DNM：Fromer_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS2502827 chr1 176044216 reln 5649 0.14 trans
RS3845734 chr2 171125572 reln 5649 0.12 trans
rs7584986 chr2 184111432 reln 5649 5.384E-5 trans
RS1368303 chr5 147672388 reln 5649 0.09 trans
SNP_A-2055204 0 reln 5649 0.2 trans
rs17104720 chr14 77127308 reln 5649 0.04 trans
RS16955618 chr15 29937543 reln 5649 6.42e-7 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
AL161668.2 0.84 0.85
ERBB2 0.84 0.84
GNA12 0.84 0.84
ARAF 0.82 0.79
HeaTr2 0.81 0.77
SMO 0.81 0.77
ASAP3 0.81 0.76
ZNF687 0.80 0.74
CHST14 0.80 0.79
PAK4 0.80 0.77
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.40 -0.46
C5orf53 -0.39 -0.37
SYCP3 -0.37 -0.40
LY96 -0.37 -0.45
CLEC2B -0.36 -0.42
SPHAR -0.36 -0.47
RERGL -0.36 -0.42
GPR160 -0.36 -0.39
KMO -0.35 -0.36
AF347015.27 -0.35 -0.36

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0004252 丝氨酸型内肽酶活性 IEA 谷氨酸（GO期限：7） -
GO:0005509 钙离子结合 IEA -
GO:0005515 protein binding IEA -
GO:0008270 zinc ion binding IEA -
GO:0008233 peptidase activity IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0007155 细胞粘附 IEA -
去：0007275 多细胞生物发育 IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005578 蛋白质细胞外基质 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG FOCAL ADHESION 201 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION 84 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pid reelin途径 29 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID LIS1 PATHWAY 28 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEMNITZ RESPONSE TO PROSTAGLANDIN E2 DN 391 222 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC RESPONSE TO OXIDIZED PHOSPHOLIPIDS BLUE UP 136 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌DN 232 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gaussmann MLL AF4融合靶向G 238 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang Barretts食道和食道癌DN 37 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DARWICHE PAPILLOMA PROGRESSION RISK 74 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROVERSI GLIOMA COPY NUMBER UP 100 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kang lith pdgfra up 50 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS FETAL LIVER DN 514 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
瓦特自动甲状腺腺瘤DN 55 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten EZH2靶向DN 1024 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS UP 811 508 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH EED TARGETS 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI SMALL PRE BII LYMPHOCYTE UP 86 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chesler Brain D6MIT150 QTL Trans 9 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PETROVA ENDOTHELIUM LYMPHATIC VS BLOOD UP 131 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAMALHO STEMNESS DN 74 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kaab心脏中心与心室 249 170 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kayo衰老的肌肉 244 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP 428 266 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU GH1 AUTOCRINE TARGETS DN 142 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG LSD1 TARGETS UP 24 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER SILENCED BY METHYLATION UP 282 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riggi ewing肉瘤祖先 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER DN 540 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝肿瘤与正常的邻近组织DN 274 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER NORMAL LIKE UP 476 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAUCH HEDGEHOG SIGNALING PARACRINE UP 149 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C CLUSTER UP 38 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ICHIBA GRAFT VERSUS HOST DISEASE D7 DN 40 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ICHIBA GRAFT VERSUS HOST DISEASE 35D DN 49 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANASSE BCL2靶向 40 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
霍夫曼大到小的BII淋巴细胞DN 72 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFFMANN SMALL PRE BII TO IMMATURE B LYMPHOCYTE DN 50 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFFMANN IMMATURE TO MATURE B LYMPHOCYTE DN 50 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
具有H3K4ME3和H3K27ME3的Meissner NPC HCP 142 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN MCV6 HCP WITH H3K27ME3 435 318 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA PCA3 DN 69 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO HEPATOBLASTOMA UP 207 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN NPC HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 210 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN MEF HCP WITH H3K27ME3 590 403 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 2 86 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 5 30 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 682 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chicas RB1目标汇合 567 365 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOELZEL NF1 TARGETS UP 139 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANGOLKAR H2AFY TARGETS DN 40 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOSTER KDM1A TARGETS UP 266 142 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA ECM GLYCOPROTEINS 196 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA核心母质 275 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-128 156 163 1A,m8 HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
mir-138 902 909 1A,m8 hsa-miR-138脑 Agcugguuguguugaauc
mir-15/16/195/424/497 507 513 m8 hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 uagcagcacaucaugguuaca
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
miR-205 96 102 1A HSA-MIR-205 uccuucauucccggagucug
miR-218 301 308 1A,m8 HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
mir-27 157 164 1A,m8 hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
mir-34/449 778 784 1A HSA-MIR-34A脑 UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU
HSA-MIR-34C AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC
HSA-MIR-449 uggcaguguauuguagcuggu
HSA-MIR-449b Aggcaguguauuguuagcuggc
mir-378 82 88 1A hsa-miR-378 cuccugacuccaggucugugu
miR-544 536 543 1A,m8 HSA-MIR-544 AUUCUGCAUUUUUAGCAAGU