基因Page:htra1

概括?
基因ID 5654
Symbol htra1
同义词 ARMD7|CADASIL2|CARASIL|HtrA|L56|ORF480|PRSS11
描述 HTRA丝氨酸肽酶1
参考 MIM：602194|HGNC:HGNC:9476|Ensembl:ENSG00000166033|HPRD:03725|Vega:OTTHUMG00000019186
基因type protein-coding
地图位置 10q26.3
Pascal P值 0.281
Sherlock P值 0.395
Fetal beta -1.95
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
Meta

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 2
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） Psr: 0.03487
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg06777002 10 124266269 htra1 3.168E-4 0.421 0.04 DMG:Wockner_2014
cg26274946 10 124220856 htra1 4.479E-4 -0.203 0.045 DMG:Wockner_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs1998345 chr10 124124305 htra1 5654 0.18 cis
RS1891115 chr10 124524750 htra1 5654 0.09 cis

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
EIF2B3 0.91 0.89
TRAPPC3 0.91 0.87
EBNA1BP2 0.89 0.84
PSMA7 0.89 0.91
MYL12B 0.89 0.90
PSMD13 0.88 0.86
LCMT1 0.87 0.85
COPS6 0.87 0.84
VPS25 0.87 0.87
ARPC2 0.87 0.85
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.26 -0.75 -0.70
AF347015.2 -0.74 -0.66
AF347015.8 -0.74 -0.65
AF347015.15 -0.74 -0.67
MT-CYB -0.71 -0.65
AF347015.27 -0.70 -0.66
AF347015.33 -0.70 -0.64
MT-CO2 -0.69 -0.60
AF347015.18 -0.69 -0.67
MT-ATP8 -0.69 -0.65

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0004252 丝氨酸型内肽酶活性 塔斯 glutamate (GO term level: 7) 9852107
GO:0005520 胰岛素样生长因子结合 IEA -
GO:0008233 peptidase activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0001558 regulation of cell growth IEA -
GO:0006508 proteolysis IEA -
GO:0030512 转化生长因子β受体信号通路的负调控 IEA -
GO:0030514 BMP信号通路的负调节 IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005615 extracellular space 塔斯 9852107

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHUETZ BREAST CANCER DUCTAL INVASIVE UP 351 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS BASAL DN 455 304 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS MESENCHYMAL DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Basaki YBX1靶向DN 384 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 8D DN 205 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN NPM1 MUTATED SIGNATURE 1 UP 276 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN NPM1 SIGNATURE 3 UP 341 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC3靶向 501 327 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE NEURAL CREST STEM CELL DN 118 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS 12HR UP 162 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER LMP DN 199 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Landis乳腺癌进展DN 70 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Castellano NRAS靶向DN 14 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 CHRONIC LOF DN 118 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 65 DN 37 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST PRENEOPLASTIC DN 55 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAUSSMANN MLL AF4 FUSION TARGETS A UP 191 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 324 DN 149 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA UP 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK UP 271 175 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL TGFB1 TARGETS UP 169 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG HCP PROSTATE CANCER 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN TUMOR DIFFERENTIATED WELL VS POORLY DN 382 224 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FRIDMAN IMMORTALIZATION DN 34 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发6小时 176 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Colin Pilocytic星形胶质细胞瘤与胶质母细胞瘤UP 35 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH SUZ12 TARGETS 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH EED TARGETS 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zeilstra CD44靶向 7 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CERVERA SDHB TARGETS 1 UP 118 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Jechlinger上皮到间充质转变 71 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO HYPOXIA UP 207 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN 546 351 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RORIE TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION UP 30 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LENAOUR DENDRITIC CELL MATURATION DN 128 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
牙肺纹状横纹肌肉瘤DN 408 274 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LU AGING BRAIN UP 262 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LY AGING MIDDLE UP 14 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bacolod抗烷基化剂的抗性 26 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE AGING MUSCLE UP 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEARMAN LUNG CANCER EARLY VS LATE UP 125 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL UP 260 174 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lin肿瘤从免疫攻击中逃脱 18 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUPER BREAST BASAL VS LUMINAL UP 54 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈代谢综合征网络 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES 389 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO HEPATOBLASTOMA CLASSES DN 210 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ADULT TISSUE STEM MODULE 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LY AGING OLD UP 7 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DASU IL6 SIGNALING UP 59 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金所有障碍少突细胞数量ORR UP 756 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 682 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HIRSCH CELLULAR TRANSFORMATION SIGNATURE DN 103 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 UP 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS UP 112 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS UP 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SERVITJA ISLET HNF1A TARGETS UP 163 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOHOUTEK CCNT1 TARGETS 50 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY LUMINAL MATURE DN 99 74 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA ECM REGULATORS 238 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA女性相关 753 411 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER CLUSTER 4 19 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-494 23 29 m8 hsa-miR-494脑 UGAAACAUACACGGGAAACCUCUU